SHAP 中 violin plot 的颜色修改

通过 SHAP 中的 summary_plot 绘制violin plot,想要修改图的颜色,但是通过输入关键参数color 以及 cmap参数都不能实现

shap.summary_plot(shap_values[0], x_train_tr, color='cool',show=False, plot_type='violin',cmap='cool')

解决办法:

        通过阅读SHAP源码,(shap/_beeswarm.py at 45b85c1837283fdaeed7440ec6365a886af4a333 · slundberg/shap · GitHub)发现,summary_plot 是属于_beeswarm.py文件中的内容,

在_beeswarm.py文件中,你可以发现

403 行

def summary_legacy(shap_values, features=None, feature_names=None, max_display=None, plot_type=None,


683行

 elif plot_type == "violin":


745

pl.fill_between([xs[i], xs[i + 1]], [pos + ds[i], pos + ds[i + 1]], [pos - ds[i], pos - ds[i + 1]], color=colors.red_blue_no_bounds(smooth_values[i]), zorder=2)

源代码对violin只设置了默认颜色,并未提供修改颜色的代码,因此需要自己手动修改源码。

问题的关键在745行,color=colors.red_blue_no_bounds(smooth_values[i]),

将colors.red_blue_no_bounds修改为cmap形式就行,例如:color=cm.cool 如图

成功修改了颜色

每次修改源码很麻烦,所以我再403行 summary_legacy代码段添加了参数 violin_color,然后修改745行代码 color=violin_color,这样就可以通过传入参数的方式对图形颜色进行修改,而不用每次都修改源码。

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