编译FVCOM

1. FVCOM编译

编译主要代码及其库:

  1. 打开一个终端。
  2. 设置MPI环境。在Fedora / Red Hat / CentOS上, yum install mpich 提供了一个mpich环境,可以将其加载 module load mpi/mpich-x86_64
  3. 更改下载FVCOM的目录并解压缩代码。
  4. 输入 FVCOM_source目录。
  5. 编辑  make.inc 文件以启用/禁用其他功能,例如润湿/干燥以满足您的要求。
  6. 将     TOPDIR 变量更改为您当前所在的路径(即 pwdLinux命令的输出)。
  7. 输入   libs 子目录。
  8. 输入  make 并等待编译完成。
  9. 切换回父  FVCOM_source 目录。
  10. 输入  make 并等待编译完成。
  11.  fvcom 二进制文件复制到模型输入目录,然后切换到该目录。
  12. 使用以下命令启动模型 mpirun
 
    mpirun -n $num_proc fvcom --casename test --dbg=0 --logfile=fvcom.log

$num_proc 处理器的数量 在哪里。

该 make.inc文件包含可能感兴趣的一系列环境变量,特别是编译器选项。参见第463-469行。对于gfortran,以下环境变量可make.inc用于Fedora。

#--------------------------------------------------------------------------
#  MPIF90/GFORTRAN Compiler Definitions (PML)
#--------------------------------------------------------------------------
         CPP      = cpp
         COMPILER = -DGFORTRAN
         FC       = mpif90
         DEBFLGS  =
         OPT      = -O3 -L/usr/lib64/mpich-x86_64/lib -I/usr/include/mpich-x86_64 -I/usr/lib64/gfortran/modules/
         CLIB     =
         CC       = mpicc

2. 非静液压和半隐式FVCOM

Non-hydrostatic and semi-implicit FVCOM

 

2.1 依存关系

对于非静水,半隐式,数据同化,卡尔曼滤波器和波电流相互作用,FVCOM需要PETScHYPRE。FVCOM是根据PETSc库的2.3.3版本编写的; PETSc版本3.x不适用于FVCOM。反过来,PETSc依赖于HYPRE,并且我们已经成功使用了HYPRE 2.0.0版

2.2 编译

在您的中make.inc,在TOPDIR声明之后添加一个新部分,其中包括两个新变量:

#--------------------------------------------------------------------------
#  PETSC library locations (for non-hydrostatic/semi-implicit/data assimilation)
#--------------------------------------------------------------------------
            PETSC_LIB     =  -L$(PETSC_DIR)/lib/linux-gnu-intel/
            PETSC_FC_INCLUDES =  -I$(PETSC_DIR) -I$(PETSC_DIR)/bmake/$(PETSC_ARCH) -I$(PETSC_DIR)/include

确保您的PETSc安装将PETSC_DIRPETSC_ARCH环境变量设置为PETSc安装的根目录(如果您自己编译了PETSc,PETSC_DIR则是使用--prefix in 指定的路径configure.py)。如果PETSC_ARCH未定义,则应该可以通过查找$PETSC_DIR/lib/; 来识别有效值。有效值将是该目录中目录的名称。

然后,对于非流体力学,请编辑您的内容make.inc以取消注释该FLAG_30 = -DNH行及其include $(PETSC_DIR)/bmake/common/variables下方以及该FLAG_9 = -DSEMI_IMPLICIT行。对于其他选项(非静液压,半隐式,数据同化,卡尔曼滤波器和波电流相互作用),请取消注释相关的FLAGs

最后,将PETSC_LIBPETSC_FC_INCLUDES变量附加到LIBSINCLUDES定义的末尾make.inc

            LIBS  = $(LIBDIR) $(CLIB)  $(PARLIB) $(IOLIBS)  $(DTLIBS)\
            $(MPILIB) $(GOTMLIB) $(KFLIB) $(BIOLIB) \
            $(OILIB) $(VISITLIB) $(PROJLIBS) $(PETSC_LIB)

            INCS  =     $(INCDIR) $(IOINCS) $(GOTMINCS) $(BIOINCS)\
             $(VISITINCPATH) $(PROJINCS) $(DTINCS) \
             $(PETSC_FC_INCLUDES)

要编译FVCOM,请make像往常一样键入。

 

3. FVCOM-GOTM

可在GOTM网站上找到GOTM的安装指南。

这些说明假定您使用的是Intel Fortran编译器(ifort)。

  • 按照上面网站上的说明下载并提取GOTM存档。
  • 打开一个终端窗口,将目录更改为GOTM源代码,然后键入以下内容:
    export NETCDFINC=/YOUR/FVCOM/LIBS/DIR/libs/install/include
    export NETCDFLIBNAME=/YOUR/FVCOM/LIBS/DIR/libs/install/lib/libnetcdf.a
    export GOTMDIR=$(pwd)/gotm-4.0.0
    export FORTRAN_COMPILER=IFORT
    cd src
    make

 $TOPDIR 里面的make.incFVCOM中/YOUR/FVCOM/LIBS/DIR的值替换。 

  • 这将产生类似于上面网站所述的输出,以及一个名为  gotm_prod_IFORT
  • 通过从GOTM网站下载并运行测试用例来测试您的GOTM构建。

要将GOTM与FVCOM链接,您需要对FVCOM进行以下更改make.inc

    FLAG_11 = -DGOTM
    GOTMLIB       = -L/YOUR/GOTM/DIR/gotm-4.0.0/lib/IFORT/ -lturbulence_prod -lutil_prod -lmeanflow_prod
    GOTMINCS      = -I/YOUR/GOTM/DIR/gotm-4.0.0/modules/IFORT/

和以前一样,/YOUR/GOTM/DIR/使用包含GOTM版本的目录进行调整。

.nml文件中设置以下选项:

    BOTTOM_ROUGHNESS_TYPE           = 'gotm'

最后,将GOTM输入包含casename_gotmturb.inp在与其他FVCOM输入相同的目录中的文件中。

 

4. FVCOM-FABM:支持生物地球化学模型

要构建FVCOM-FABM,首先要编译FABM,然后将FVCOM链接到它。要下载FVCOM-FABM代码,请先向UMASSD 注册,然后向PML 注册以访问FVCOM-FABM代码。注册后,FABM-ERSEMPML GitLab存储库下载分支。

FABM

  1. 提取FABM源代码(以下示例代码将代码提取到$HOME/Code/fabm/src
  2. 如果您想将FVCOM-FABM与ERSEM结合使用,请注册访问ERSEM源代码,从PML GitLab下载稳定的代码,然后提取源代码(下面的示例代码将代码提取到$HOME/Code/ersem
  3. 确保已安装CMake 2.8.8或更高版本。
  4. 编译FABM:
cd $HOME/Code/fabm/src
mkdir build
cd build
cmake $HOME/Code/fabm/src -DFABM_HOST=fvcom -DFABM_ERSEM_BASE=$HOME/Code/ersem -DCMAKE_Fortran_COMPILER=$(which mpif90)
make install

-DFABM_ERSEM_BASE=...如果您不使用ERSEM,请 忽略该开关。

要启用调试版本,请将cmake命令更改为以下内容:

cmake $HOME/Code/fabm/src -DFABM_HOST=fvcom -DFABM_ERSEM_BASE=$HOME/Code/ersem -DCMAKE_Fortran_COMPILER=$(which mpif90) -DCMAKE_BUILD_TYPE=debug -DCMAKE_Fortran_FLAGS_DEBUG="-g -traceback -check all"

在上文中,的值-DCMAKE_Fortran_FLAGS_DEBUG特定于Intel Fortran编译器;如果您使用其他编译器,则将其替换为适合使用该编译器进行调试的标志。

默认情况下,FABM的构建具有双精度。如果-DDOUBLE_PRECISION在编译FVCOM时使用该标志,则这是适当的。如果您打算改用单精度,则需要添加-DFABM_REAL_KIND='SELECTED_REAL_KIND(6)'对的调用cmake

5. FVCOM-FABM

要在FABM支持下编译FVCOM,请FLAG_25按如下所示编辑make.inc并正常编译FVCOM。如果已将FABM安装到自定义位置,请根据需要调整BIOLIBBIOINCS路径。

            # Online configuration
            FLAG_25 = -DFABM
            BIOLIB       = -L$(HOME)/local/fabm/fvcom/lib -lfabm
            BIOINCS      = -I$(HOME)/local/fabm/fvcom/include

To enable offline FVCOM-ERSEM runs, change FLAG_25 to -DFABM -DOFFLINE_FABM.

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