REVIGO的详细安装与使用教程（官方Python代码版的实现）-CSDN博客

首先，用户需要提供一个基因表达或基因列表文件，其中包含感兴趣的基因和相关信息。
接下来，Revigo使用基因本体数据和用户提供的基因列表，计算基因之间的相似性。
Revigo将基因相似性转换为距离矩阵，并使用聚类算法将基因分组成意义相近的簇。
然后，Revigo根据每个簇的代表性基因，生成一个摘要词汇描述该簇的功能。
最后，Revigo使用生成的摘要词汇创建可视化图表（如热图或散点图），以便用户更直观地理解基因之间的关系和功能分布。
通过Revigo，研究人员可以更好地理解基因本体数据，发现基因及其功能之间的关联性，并从大规模的基因表达数据中提取出有意义的信息。

2.安装过程

按照以下步骤安装，即可使用python的离线版本，本次使用的python 3.9.13。windows 11
以下的步骤，是按照官方提供的教程进行展示的。旨在为大家解决提供一种学习案例。
官方网站：

http://revigo.irb.hr/

2.1安装必要的软件

2.1.1 安装Visual Studio Code

本次使用的是VSCode，如果电脑上有其他编辑器也可以，这里不做详细介绍，根据自己需要安装。

2.1.2 安装 .NET core 6.0 from Microsoft

.NET有 Windows版本和 Linux 版本，安装过程简单，根据需要安装，本次安装的是 Windows 版本的。
.NET for Windows：

https://dotnet.microsoft.com/download

.NET for Linux：

https://learn.microsoft.com/en-us/dotnet/core/install/linux

在这里插入图片描述

2.1.3 安装 pythonnet

RevigoCore使用Pythonnet来与Python交互。在命令提示符(cmd)中执行以下命令以安装Pythonnet库：

pip install pythonnet

完成以上步骤，就完场了前期的必要软件安装，接下来安装核心软件

2.2 安装RevigoCore

首先，
下载：RevigoCore
网址：

https://github.com/rajko-horvat/RevigoCore

在这里插入图片描述

将RevigoCore-master的压缩文件，解压到你想要存放该项目的目录中。

确保解压后的文件夹包含源代码和相关文件。

同时改名为RevigoCor

在这里插入图片描述

使用WIN + R ，打开CMD

输入以下代码，这里使用的是绝对路径：

dotnet build --configuration Release --os win-x64 H:\RevigoCore-master\RevigoCore.csproj

之后系统会显示如下：

在这里插入图片描述
以上完成了核心软件的安装，接下来，

下载RevigoPythonExample。

2.3 下载RevigoPythonExample

从GitHub上下载RevigoPythonExample示例代码。
访问以下链接获取代码：

https://github.com/rajko-horvat/RevigoPythonExample

点击页面右上方的绿色按钮，选择"Download ZIP"来获取代码压缩包。下载完成后，解压缩到你想要存放示例代码的目录中。

在这里插入图片描述

解压文件，将其更名为：RevigoPythonExample

在这里插入图片描述

2.4 下载RevigoGenerateDatabases

安装RevigoGenerateDatabases，也可以下载官方提供的程序，自行编译，链接：GitHub - rajko-horvat/RevigoGenerateDatabases: REVIGO (REduce + VIsualize Gene Ontology) database generator

但是！！！！！！！！！！

本次使用的是官方已经编译好的数据库文件。

主要是下载两个已经编译文件数据库文件，这两个文件很重要！！！！！！！！！！！！

主要是下载Gene Ontology和Species annotations
打开浏览器，访问以下两个网址，分别下载Gene Ontology和Species annotations两个文件：

Gene Ontology:

http://revigo.irb.hr/Databases/GeneOntology.xml.gz

Species annotations:

http://revigo.irb.hr/Databases/SpeciesAnnotations.xml.gz

点击链接进行下载后，解压缩这两个文件。
在这里插入图片描述

将上述两个文件：

GeneOntology.xml
SpeciesAnnotations.xml

拷贝到RevigoPythonExample文件夹下

如图：
在这里插入图片描述

接下下来，还需要将前面我们编译好的
RevigoCore文件下的二进制文件拷贝到RevigoPythonExample文件夹下。

找到，以下文件路径，拷贝如下三个文件。

在这里插入图片描述

将上面的三个文件拷贝到RevigoPythonExample文件夹下。
如下：

在这里插入图片描述

以上便完成了相关的文件配置了。接下是修改相关python代码的路径。

2.5 运行RevigoPythonExample

打开RevigoPythonExample文件夹中的RevigoPythonExample.py文件，使用文本编辑器打开。找到以下两行代码：

在这里插入图片描述

修改这两行代码：用这两个文件的路径代替。

oOntology = GeneOntology.Deserialize(r"H:\RevigoPythonExample\GeneOntology.xml")
oAnnotations = SpeciesAnnotationList.Deserialize(r"H:\RevigoPythonExample\SpeciesAnnotations.xml")

然后运行，即可。