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2.1.2 安装 .NET core 6.0 from Microsoft
1.REVIGO介绍
Revigo是一个用于基因本体(Gene Ontology)数据分析和可视化的在线工具,用于解决GO语义冗余。Gene Ontology是一个描述基因功能、细胞组件和生物过程的标准化词汇系统。
Revigo目前提供的工具有:
在线版本:
http://revigo.irb.hr/
CS版本:
https://github.com/rajko-horvat/RevigoCSExample
Python版本:
https://github.com/rajko-horvat/RevigoPythonExample
github总站:
https://github.com/rajko-horvat
Revigo的主要功能是将大量的基因本体数据进行聚类和摘要处理,以便更好地理解和解释这些数据。它通过使用简化的描述性词汇(即Revigo摘要)来减少基因本体的复杂性,并根据语义相似性对相关的基因和功能进行聚类。
Revigo的工作流程如下:
首先,用户需要提供一个基因表达或基因列表文件,其中包含感兴趣的基因和相关信息。
接下来,Revigo使用基因本体数据和用户提供的基因列表,计算基因之间的相似性。
Revigo将基因相似性转换为距离矩阵,并使用聚类算法将基因分组成意义相近的簇。
然后,Revigo根据每个簇的代表性基因,生成一个摘要词汇描述该簇的功能。
最后,Revigo使用生成的摘要词汇创建可视化图表(如热图或散点图),以便用户更直观地理解基因之间的关系和功能分布。
通过Revigo,研究人员可以更好地理解基因本体数据,发现基因及其功能之间的关联性,并从大规模的基因表达数据中提取出有意义的信息。
2.安装过程
按照以下步骤安装,即可使用python的离线版本,本次使用的python 3.9.13。windows 11
以下的步骤,是按照官方提供的教程进行展示的。旨在为大家解决提供一种学习案例。
官方网站:
2.1安装必要的软件
2.1.1 安装Visual Studio Code
本次使用的是VSCode,如果电脑上有其他编辑器也可以,这里不做详细介绍,根据自己需要安装。
2.1.2 安装 .NET core 6.0 from Microsoft
.NET有 Windows版本和 Linux 版本,安装过程简单,根据需要安装,本次安装的是 Windows 版本的。
.NET for Windows:
.NET for Linux:
2.1.3 安装 pythonnet
RevigoCore使用Pythonnet来与Python交互。在命令提示符(cmd)中执行以下命令以安装Pythonnet库:
pip install pythonnet
完成以上步骤,就完场了前期的必要软件安装,接下来安装核心软件
2.2 安装RevigoCore
首先,
下载:RevigoCore
网址:
将RevigoCore-master的压缩文件,解压到你想要存放该项目的目录中。
确保解压后的文件夹包含源代码和相关文件。
同时改名为RevigoCor
使用WIN + R ,打开CMD
输入以下代码,这里使用的是绝对路径:
dotnet build --configuration Release --os win-x64 H:\RevigoCore-master\RevigoCore.csproj
之后系统会显示如下:
以上完成了核心软件的安装,接下来,
下载RevigoPythonExample。
2.3 下载RevigoPythonExample
从GitHub上下载RevigoPythonExample示例代码。
访问以下链接获取代码:
点击页面右上方的绿色按钮,选择"Download ZIP"来获取代码压缩包。下载完成后,解压缩到你想要存放示例代码的目录中。
解压文件,将其更名为:RevigoPythonExample
2.4 下载RevigoGenerateDatabases
安装RevigoGenerateDatabases,也可以下载官方提供的程序,自行编译,链接:GitHub - rajko-horvat/RevigoGenerateDatabases: REVIGO (REduce + VIsualize Gene Ontology) database generator
但是!!!!!!!!!!
本次使用的是官方已经编译好的数据库文件。
主要是下载两个已经编译文件数据库文件,这两个文件很重要!!!!!!!!!!!!
主要是下载Gene Ontology和Species annotations
打开浏览器,访问以下两个网址,分别下载Gene Ontology和Species annotations两个文件:
Gene Ontology:
Species annotations:
点击链接进行下载后,解压缩这两个文件。
将上述两个文件:
GeneOntology.xml
SpeciesAnnotations.xml
拷贝到RevigoPythonExample文件夹下
如图:
接下下来,还需要将前面我们编译好的
RevigoCore文件下的二进制文件拷贝到RevigoPythonExample文件夹下。
找到,以下文件路径,拷贝如下三个文件。
将上面的三个文件拷贝到RevigoPythonExample文件夹下。
如下:
以上便完成了相关的文件配置了。接下是修改相关python代码的路径。
2.5 运行RevigoPythonExample
打开RevigoPythonExample文件夹中的RevigoPythonExample.py文件,使用文本编辑器打开。找到以下两行代码:
修改这两行代码:用这两个文件的路径代替。
oOntology = GeneOntology.Deserialize(r"H:\RevigoPythonExample\GeneOntology.xml")
oAnnotations = SpeciesAnnotationList.Deserialize(r"H:\RevigoPythonExample\SpeciesAnnotations.xml")
然后运行,即可。
3. 结果展示
看到结果即是运行成功。
python代码中,将上述的结果保存如下:
那么我们查看上一级目录,看到如下:
如果一切顺利,你将看到基因本体数据和物种注释被成功解析并输出相关信息。
恭喜!你已经完成了RevigoCore的安装和使用配置。现在你可以开始利用该工具进行基因本体数据和物种注释的分析和应用了。
如果你遇到了任何问题或有疑问,请随时在评论区留言,我将尽力帮助解决。
祝每一个生信er使用愉快,取得优秀的结果!