1. Label预处理
1.1 labelsTr文件夹里的label一定要提前处理成int16或者uint8格式的0或1!!!
1.2 千万不要保留原affine!!!
如果用 ‘new_label = nib.Nifti1Image(label_data, label.affine, label.header)’ 这句保存转换完的label的话,你的label又会自动存为uint16!
得用 ‘new_label = nib.Nifti1Image(label_data, np.eye(4))’ 存!!
这样存之后你的label和训练图像可能spacing,origin,direction就不一样了,怎么办,去把训练图像也处理一下吧...
要是nnunet的preprocessing那一步一直卡在“Verify label values”的话也许你也掉上面那俩坑里了,不哭,继续debug吧。