跑nnUnet的一些血淋淋的教训 【BLOODY LESSONS】

1. Label预处理

1.1  labelsTr文件夹里的label一定要提前处理成int16或者uint8格式的0或1!!!

1.2 千万不要保留原affine!!!

        如果用 ‘new_label = nib.Nifti1Image(label_data, label.affine, label.header)’ 这句保存转换完的label的话,你的label又会自动存为uint16!

        得用 ‘new_label = nib.Nifti1Image(label_data, np.eye(4))’ 存!!

        这样存之后你的label和训练图像可能spacing,origin,direction就不一样了,怎么办,去把训练图像也处理一下吧...

要是nnunet的preprocessing那一步一直卡在“Verify label values”的话也许你也掉上面那俩坑里了,不哭,继续debug吧。

评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值