gradle 3.5预处理jar文件内全部classes.dex问题

gradle 3.5使用的安卓打包插件com.android.tools.build:gradle-2.3.x（最新是2.3.3）有一个对jar预处理的逻辑，即pre-dexed。
负责dx处理的插件是com.android.tools.build:builder-2.3.x。注意，它没有使用sdk里面的build-tools\[version]\lib\dx.jar。这一点跟adt有点差异。这也是存在以下问题的根本。

这个pre-dexed处理主要是加速dx过程。然而，这个过程对jar的处理跟其它版本有个差异，即它会处理全部classes[i].dex文件。
这个文件的过滤逻辑在com.android.tools.build:builder-2.3.x的com.android.dx.command.dexer.Main类方法isClassesDexFile()。代码如下：

  private boolean isClassesDexFile(String name) {
    File file = new File(name);
    String fileName = file.getName();
    return (fileName.startsWith("classes")) && (fileName.endsWith(".dex"));
  }

这个过滤逻辑，对于大部分用户而言不会有影响，因为项目依赖的jar要么没有dex要么就只有一个classes.dex。然而，有时设计自定义分包的时候，我们会把其它分包加到依赖里面。
但是，自定义分包的dex（序号>=2，例如classes2.dex）并不用参与pre-dexed，因为这个已是分包结果，不用再去合并，只要作为资源打包进apk即可。
因为这个版本的文件过滤逻辑，自定义分包被迫加入合并，结果出现函数计数越界等代码重复问题。

处理方法是修改以上函数的判断逻辑，把条件限制在classes.dex。插件的其它版本（例如3.1.4等），还有sdk的dx.jar，都是这个判断逻辑。有些电脑使用同样版本的插件，但是没有以上合并问题，推测是使用sdk的dx.jar。我没有深入分析如何把dx改为引用sdk的方案，知道的朋友可以补充一下。

插件com.android.tools.build:builder-2.3.x（2.3.x需要换成具体版本，例如2.3.3）的缓存（Windows平台）：
%USERPROFILE%\.gradle\caches\modules-2\files-2.1\com.android.tools.build\builder\2.3.x
从这个缓存里面获取builder-2.3.x.jar（例如builder-2.3.3.jar）并按照以上逻辑修改后覆盖即可。我是直接修改class的字节码，把startsWith参数“classes”字符串改为“classes.dex”字符串。由于常量池有“classes.dex”字符串定义（索引#0048），所以不用添加字符串，直接修改ldc引用的字符串即可。

这是已经修改的builder-2.3.3.jar，大家可以下载后替换:
https://pan.baidu.com/s/1ZlSRmDLEHoFC8fDL1Y__vA
提取码: czmr