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原创 GROMACS运行MD时对含有ANISOU的PDB文件的处理。

含有ANISOU字段的pdb文件如下所示,此时可看见,每个原子的信息有4行。HETATM 3642 C4 AQ1N A1008 13.084 12.101 19.106 0.50 16.03 C ANISOU 3642 C4 AQ1N A1008 1570 1930 2580 300 100 -240HETATM 3643 C4 BQ1N A1008 12.704 11.616 19.522 0.50 16

2022-05-16 11:12:19 1077

原创 GROMACS进行蛋白小分子复合物分子动力学模拟流程及遇到的问题

以我自己的redocking结果为例,进行具体说明。针对出现的问题有一些解释和猜测,如果有不准确请指正,黄色部分是可选方法。本文只对MD的正确运行方法进行陈述,具体研究方法根据实际情况进行选择。

2022-04-30 18:46:15 8709 4

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