GROMACS运行MD时对含有ANISOU的PDB文件的处理。

最新推荐文章于 2023-08-01 16:26:02 发布

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分类专栏： GROMACS 分子动力学文章标签：学习

本文链接：https://blog.csdn.net/Viccccccc/article/details/124795611

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该博客介绍了如何处理含有ANISOU字段的pdb文件，这些字段用于存储原子的各向异性热膨胀系数。通过grep和sed命令，从蛋白-配体文件中提取并处理配体信息，删除多余构象以适应RESP2电荷计算。在处理过程中，首先提取HETATM配体字段，然后利用sed提取奇数行以保留单一构象，并将坐标后的系数修改为1.00和0.00。处理后的文件可用于进一步的分子动力学模拟计算。

摘要由CSDN通过智能技术生成

含有ANISOU字段的pdb文件如下所示，此时可看见，每个原子的信息有4行。

HETATM 3642  C4 AQ1N A1008      13.084  12.101  19.106  0.50 16.03           C  
ANISOU 3642  C4 AQ1N A1008     1570   1930   2580    300    100   -240
HETATM 3643  C4 BQ1N A1008      12.704  11.616  19.522  0.50 16.56           C  
ANISOU 3643  C4 BQ1N A1008     1950   1860   2480   -180    240     10
HETATM 3644  C5 AQ1N A1008      14.901  11.150  17.812  0.50 17.26           C  
ANISOU 3644  C5 AQ1N A1008     1900   1870   2790    250    350    -60
HETATM 3645  C5 BQ1N A1008      15.062  12.010  19.007  0.50 14.51           C  
ANISOU 3645  C5 BQ1N A1008     1950   1920   1650   -380    120    -60
HETATM 3646  C6 AQ1N A1008      15.282  10.205  18.970  0.50 14.84           C  
ANISOU 3646  C6 AQ1N A1008     1540   1560   2540    410    410   -340
HETATM 3647  C6 BQ1N A1008      15.439  10.686  19.713  0.50 14.14           C  
ANISOU 3647  C6 BQ1N A1008     1690   2060   1630   -160    -40    -50