GROMACS进行蛋白小分子复合物分子动力学模拟流程及遇到的问题

如果体系不为中性会有warning，可在后面加 -maxwarn 1 。以我自己的redocking结果为例，进行具体说明。针对出现的问题有一些解释和猜测，如果有不准确请指正，黄色部分是可选方法。本文只对MD的正确运行方法进行陈述，具体研究方法根据实际情况进行选择。

---

目录

一、复合物的预处理：

二、蛋白的准备

三、【重要】准备配体： 

四、蛋白和配体的组装：

 五、定义盒子

 六、添加溶剂

 七、添加抗衡离子

 八、能量最小化

 九、位置限制性NVT

 十、位置限制性NPT 

十一、正式MD

---

一、复合物的预处理：

RSCB（RCSB PDB: Homepage）下载共晶2FQ9，用Schrodinger进行预处理（由于是共价复合物需要先断开C-S键，注意一定补全蛋白缺失的残基，不然后面加力场会因为原子缺失报错）和minimize，生成grid，XP模式redocking后选取RMSD小于2.0的构象merge后导出，格式为2FQ9.pdb（推荐将蛋白和配体结构分别导出，保存为2FQ9.pdb和ligS3.mol2格式，可省去后续一些步骤）。虽然是共价抑制剂，但是主要为了考察非共价作用，以及能否以稳定的构象使弹头部分被-SH亲核进攻，所以采用非共价对接，而对接后的构象与共晶中配体基本吻合。

二、蛋白的准备

grep CRJ 2FQ9.pdb > ligS3.pdb    

//将复合物中的配体拆分出独立的坐标文件，CRJ是复合物.pdb文件中配体的关键词。

复制一份2FQ9.pdb文件备份，手动删除2FQ9.pdb文件中的配体行和下方的connect信息（connect不重要） 

gmx pdb2gmx -f 2FQ9.pdb -o 2FQ9_pre.gro -ignh               

//将只含有蛋白的pdb文件转换为gro文件

-ignh: 忽略输入pdb文件中的所有氢原子. 因为本pdb文件是由NMR产生的, 含有氢原子, 所以用此选项忽略文件中的氢原子, 统一使用GROMOS力场的氢原子命名规则, 以免出现氢原子名称不一致的情况.

-ff: 指定使用的力场，根据自己的体系进行选择.不输入提示选择力场，蛋白复合物推荐使用Amber99SB-ILDN力场（也有更高级的Amber14SB和Amber19SB）.

-f: 指定需要进行处理的蛋白质结构文件.

-o: 指定一个新生成的GROMACS文件名(也可以是其它的文件类型, 如pdb).

-p: 指定新生成的拓扑文件名, 包含所有原子及原子间的相互作用参数，不输入默认输出topol.top.

-water: 指定水模型. 不输入-water