Google colab中常用操作

1.执行命令行

1.1 执行python文件

google colab中不能像python代码中直接使用os.system('***')，但可以通过以下方式实现：

%%shell
main.py -p ***

1.2 执行.sh文件

%%shell
bash ***.sh

或者直接使用：

!bash ***.sh 

1.3 执行R程序

1.3.1 加载rpy2.ipython

%load_ext rpy2.ipython

然后就像在R studio中一样可以正常使用命令行了。

• 执行语句

%%R

outfile = "results/tem.txt" # A list of sequence IDs

a=10000

# Write sequence IDs to file
write.table(
  a,
  outfile, row.names=F, col.names=F, quote=F
)

• 执行R文件

%%R
source("***.R")

1.3.2 os.system()

这可是python中调用其他执行程序的常规操作！

os.system("**.R parm1 parm2)

这样就不需要东奔西走，费尽心机去搭建各种环境了。

2.Colab中的Rscript环境

可以通过如下两个网站，直接进入R环境，自由使用colab玩R：

• https://colab.research.google.com/#create=true&language=r,

• https://colab.to/r

参考文献

[1] Rmagic:Magic command interface for interactive work with R in ipython