win系统下使用Rpackage

python中使用cdt模块时需要用到Rpackage中的某些包，记录下一路踩的坑。。。

一、安装Rscript

直接 win+r 看下Rscript是否安装好

Rscript --version

• 安装好，直接下一步
• 没有安装好，安装教程参考 https://blog.csdn.net/W_chuanqi/article/details/123626811
  ps：Rstudio是可视化界面，可装不装

💡： 答应我，一定一定一定不要去配置系统环境变量

二、R终端或cmd终端安装必需的包

只是两种安装方式，任选其一即可。我基于R终端安装的，以下主要以R终端安装为例介绍。

R终端

install.packages("pcalg")
install.packages("igraph")
install.packages("data.table")

BiocManager::install("RBGL")

如果安装包中报错缺少相应依赖，根据情况进行安装即可。

cmd终端

步骤相同，只是安装语法与R语言略有差异，比如 install.packages(“pcalg”)可替换为

Rscript -e 'install.packages("pcalg")'

tips：BiocManager的安装

参考：https://blog.csdn.net/x_yAOTU/article/details/123422705

三、设置Rscript.exe的路径

• 先找到Python位置（一般的Python和anaconda有区别，anaconda还需要找到对应的environment）
• 然后找到lib/site-packages中的cdt文件夹
• 找到/utils/Settings.py，打开
• 在__init__下找到self.rpath，等号后改成R路径的字符串，如：
• self.rpath = r’C:\Program Files\R\R-4.2.3\bin\Rscript.exe’

四、测试demo

import cdt
import networkx as nx
import pandas as pd
import matplotlib.pyplot as plt
from cdt.causality.graph import PC

# Load the data
data = pd.read_csv('csv_path')

# Infer the causal diagram
pc_output = PC().create_graph_from_data(data)

# Visualize the diagram
nx.draw_networkx(pc_output)
plt.show()

如果报错如下，可检查上述步骤是否ok：
R Package (k)pcalg/RCIT is not available. RCIT has to be installed from…