【昔昔学习笔记】da3 0131

学习安装Miniconda

• 什么是Miniconda

【以下内容引用自微信公众号生信星球】
最方便快捷的软件下载器，没有之一。它的作用就相当于App store，90%以上的软件都能搜到，一键安装。日常生信使用小而精的Miniconda即可🤒

• 在哪下载：清华conda镜像网站
• 什么是镜像

【以下内容引用自微信公众号生信星球】
所谓镜像网站，相当于主网站的副本，conda在国外，我们在国内下载软件速度会很慢，因此配置镜像，从镜像网站下载，可以加快下载速度。

下载

• 登陆服务器（ssh）
• 进入目标文件夹（cd）
• 使用【wget】指令下载，wget 下载地址
  wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
• 下载成功页面界面
  

安装

• 使用【bash】指令安装，bash 文件名
  bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
  这里我打错字了，提示No such file or directory，用ls检查了一下有没有下载成功
  

• 开始安装界面
  
  过程中看到问题，回答yes按回车
  

• 安装成功界面
  

激活

• 使用source ~/.bashrc指令（注意空格）
  source ~/.bashrc
  我的出现报错：
  
  据说可能是我不小心加了点东西进去，多次尝试之后解决办法是
  1.命令 vim ~/.bashrc 进入到文件；
  2.直接按 i 键可以对文件进行修改，在结尾加上fi， Esc + ：+ wq 退出并保存修改之后的文件
  3.命令 ：source ~/.bashrc 更新 .bashrc

使用conda

• 【conda list】查看软件列表
  
• 安装软件【conda install】
  conda install fastqc -y #-y是yes，安装过程中conda问你的问题全部回答yes
  我安装失败了
  
  经过小吴同学诊断和指导，应该是镜像的问题，解决方法如下：
  1.清除原来的镜像：conda config --remove-key channel
  conda config --remove-key channels
  
  2.填加镜像代码
  # 使用北外的镜像conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ conda config --set show_channel_urls yes
  
  3.添加源：conda config --show-sources（我也不太懂这是什么意思）
  conda config --show-sources
  
  4.重新安装：conda install fastqc -y
  conda install fastqc -y
  这里可能会比较慢，和网络有关，成功界面
  
  测试一下是否安装成功：fastqc --help
  fastqc --help
  成功了！
  
  非常感谢小吴的指导！

思维导图

• 缩略图截图
  

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