R 语言 Error in cmaxstat : no data between minprop, maxprop 问题分析

Error in cmaxstat(scores, x, weights = weights, pmethod, minprop, maxprop, : no data between minprop, maxprop

在R语言调用package survminer::surv_cutpoint 的过程中:

res.cut <- surv_cutpoint(fit_km,
    time = colnames(fit_km)[2], event = colnames(fit_km)[1],
    variables = feature_
)

遇到了如下的报错:
Error in cmaxstat(scores, x, weights = weights, pmethod, minprop, maxprop, : no data between minprop, maxprop

回溯了surv_cutpoint的内容,找到相关定义:

max_stat_i <- maxstat::maxstat.test(survival::Surv(time, 
            event) ~ var, data = surv_data, smethod = "LogRank", 
            pmethod = "none", minprop = minprop, maxprop = 1 - 
                minprop, alpha = alpha)

进一步发现,是在调用maxstat::maxstat.test 函数时出现问题,在相关的说明文档中找到了相关参数定义

	minprop at least minprop*100% of the observations in the first group.
	maxprop not more than minprop*100% of the observations in the first group

结合上面的报错,我们可以找到原因,即我们的数据并不满足,有10% (default) 可以分到第一组的条件,回到我们原来的数据,我们期望分组的变量feature_

table(fit_km[3])

0.00165806975954163    0.50702684967885    1.24737339591117    1.99175607994398    2.28709250413939    32.9729817356532    37.8594623237149     63.912455539034 
                 73                   1                   1                   1                   1                   1                   1                   1 
   107.903345424417 
                  1

发现绝大多数的数据都等于其中某值,因此不满足条件。


解决方案:

具体问题具体分析吧,如果是我就直接删掉这个了,如果有什么其他的特殊情况欢迎评论区沟通。

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