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原创 答疑解惑丨殷赋群聊精选之分子对接篇2

原创 答疑解惑丨殷赋群聊精选之分子对接篇

即使是默默关注的我，也从中受益匪浅。在这里，我为大家整理了一些精彩问答，希望能够对大家有所帮助~殷赋交流群已经建立一段时间，相信大家在这个群里都有所收获。

原创 常见问题丨分子对接高频问题及解答2

原创 常见问题丨分子对接常见问题及解答

原创 蛋白与小分子的分子动力学模拟（显式溶剂）

分子动力学（Molecular Dynamics, MD）模拟技术的一个广泛应用是研究蛋白与小分子之间的相互作用。本教程讲述如何使用殷赋云平台的大方案和小工具，实现蛋白与小分子复合物的MD模拟。在模拟开始前，须事先准备好两者的复合物的初始结构。在实际研究中，复合物结构大多来自分子对接的结果。为方便读者学习，本文采用晶体结构作为示例，分子对接流程请查看相关教程。同时，由于MD分析内容繁多驳杂，因项目而异，本文只介绍简单常规的分析，更多分析内容详见相关教程。敲黑板处，请注意！！！

原创 分子动力学在酚类-葡萄糖苷酶作用机制研究中的应用

研究人员采用亲和超滤结合高效液相色谱法从糙米结合态酚类提取物（BRBPE）鉴定出7种酚类化合物：3种单体（对香豆酸、阿魏酸、阿魏酸甲酯）、3种二聚体（8-5’、5-5’、8-O-4’二阿魏酸）和1种三聚体（5-5’/8-O-4’脱氢三阿魏酸）。分子动力学模拟进一步揭示了酚类-葡萄糖苷酶复合体的结构和分子性质。研究人员运用分子动力学模拟，通过均方根偏差（RMSD）、均方根波动（RMSF）、旋转半径（RG）和结合自由能等指标分析了研究体系的动态稳定性、结构变化和相互作用力，解释了酚类物质抑制酶活性的作用机制。

原创 ECD/UV作图

使用 LaTeX 数学语法可对字符的表现样式做出精细控制，还可以展示希腊字母和数学符号与公式。点击【预览】，稍等片刻即显示图谱。必要时，根据预览图调整上述参数，重新点击【预览】；如此反复，直至满意。平台左侧菜单栏【计算方案】->【小工具】->【波谱分析】->【ECD/UV作图】比如，为Y轴范围填写数值，改变图谱纵坐标，使曲线上下留出一定空白，更为美观；在线定制图谱样式，制作出版级别的高质量ECD/UV图谱。比如，图例与曲线重叠，可调整图例字体大小或者调整纵坐标。通常情况下，【高级设置】采用默认参数即可。

原创 ECD/UV拟合

本篇教程介绍了使用殷赋云计算平台【ECD/UV拟合】小工具进行图谱分析的操作流程及注意事项。ECD/UV分析是一项复杂的探索性的工作，限于篇幅，本文无法详细讨论各种复杂情况。有疑问的读者，请在评论区留言，更推荐加入殷赋科技学术交流群，一起探讨。

原创 光谱平滑滤波

Savitzky-Golay（S-G）平滑滤波法是光谱预处理中常用滤波方法，它的核心思想是对一定长度窗口内的数据点进行k阶多项式拟合。S-Ｇ滤波是一种移动窗口的加权平均算法，但是其加权系数不是简单的常数，而是通过在滑动窗口内对给定高阶多项式的最小二乘拟合得出的。未经处理的实验光谱常伴有大量噪音，本工具采用Savitzky-Golay（S-G）卷积平滑算法对光谱数据进行处理，可提高光谱的平滑性，降低噪音的干扰。文件内容为一或多列数据（多于两列时，截取前两列），并以截取后的最后一列为需要处理的图谱数据。

原创 小分子构象搜索

研究分子构象对于了解化合物结构、反应机理、能量分布等方面非常重要，在ECD/NMR计算、过渡态搜索、活性构象生成等许多计算研究中，通常是必不可少的步骤。系统搜索（Systematic Search）随机搜索（Stochastic Search）和自定义搜索（Custom Search）。

原创 ECD/NMR计算确证天然产物金丝桃酮A-C的绝对构型

从特色天然产物类群和重要药用植物类群中发掘结构新颖、活性显著的化合物是植物化学研究领域的重要内容。多环多异戊烯基间苯三酚衍生物（Polycyclic Polyprenylated Acylphoroglucinols，PPAPs）是一类结构新颖、生物活性显著的天然产物，它们具有非常广泛的生物活性，包括细胞毒性、抗菌、抗氧化和抗抑郁活性。针对复杂且结构新颖的PPAP中所共有的C-1位苯甲酰基寻找、合成替代物正成为有机合成和药理学领域的研究热点。

原创 如何使用ECD/NMR解析内生真菌沉默基因簇的新型天然产物结构

真菌一直是活性天然产物和临床药物的重要来源。真菌基因组中蕴含天然的生物合成基因簇，但这些基因簇在实验室条件下绝大部分是沉默的。基因组测序和生物信息学的进展表明，具有许多生物合成基因簇的真菌相较于标准实验室培养条件下的真菌更具编码次生代谢物的能力。这些未知的沉默基因簇代表着大量未开发的活性天然产物资源。因此，各种基因组挖掘技术不断被开发出来，用于从沉默基因中寻找药源分子。这已成为近年来天然药物化学研究的热点之一。研究简述中国医学科学院药物研究所科研团队。

原创 提取量化数据

从量化计算主流程序（包括Gaussian、ORCA、GAMESS-US和NWChem）的输出文件中提取基本数据，如：电子能量、振动频率、原子坐标。发表文章用到量化计算时，通常需要在支持信息（Supporting Information）中提供这些数据，本工具为此提供便利。平台左侧菜单栏【计算方案】->【小工具】->【量化计算】->【提取量化数据】点击【提取数据】，下载数据文件。，后续更新会增加更多内容。上传量化计算的输出文件。勾选【提取内容】选项。

原创 量化计算（ORCA 4.2）

默认为短信通知，可在平台左侧菜单栏【设置】->【消息提醒】->【计算】处设置其他通知方式。激发态数目越多，ECD/UV图谱覆盖的波长范围越广（从长波长到短波长），同时，计算量（时间）也越大。1、若不清楚总费用是否足够，可先计算一个构象分子，通过【用户中心】-【费用账单】查看其实际费用，然后确定需要计算的构象分子数目和估计总费用。功能入口：平台左侧菜单栏【计算方案】->【大方案】->【量化计算】->【量化计算（ORCA 4.2）】点击【提交】，选择支付方式，点击【确认】，提交任务。可下载所有计算文件。

原创 量化计算 Gaussian 09

默认为短信通知，可在平台左侧菜单栏【设置】->【消息提醒】->【计算】处设置其他通知方式。例如，ECD/UV计算需要选择激发态数目，默认为30个。激发态数目越多，ECD/UV图谱覆盖的波长范围越广（从长波长到短波长），同时，计算量（时间）也越大。因此，上传的分子结构须具有同一性质，不同性质（如，电荷）的分子结构应分别建立任务进行计算。功能入口：平台左侧菜单栏【计算方案】->【大方案】->【量化计算】->【量化计算（Gaussian 09）】点击【提交】，选择支付方式，点击【确认】，提交任务。

原创 ORD计算

比旋光度或旋光色散（Optical Rotatory Dispersion，ORD）计算可用于辅助确证化合物的绝对构型。本教程以一个文献例子，介绍如何使用殷赋云平台的大方案与小工具计算ORD。本教程讲述了ORD计算的标准流程，结合计算与实验数据最终确认正确构型。需要注意的是，与ECD计算类似，ORD计算值受到很多因素的影响，构象和溶剂效应的影响尤甚，计算时千万不能忽视。由于ORD计算值与实验值的偏差可以很大，一般认为，只要符号一致即可认为构型符合，但原则上只适用于对映异构体的区分。

原创 NMR计算

核磁共振（Nuclear Magnetic Resonance，NMR）计算可用于辅助确证相对构型或候选结构。本教程以一个文献例子，介绍如何使用殷赋云平台大方案和相关小工具进行NMR计算。本教程讲述了NMR计算的标准流程，结合计算与实验数据，最终确认了1a为正确构型。实际研究中，经常遇到计算偏差较大的情况，研究者要善于分析结构，推测原因，然后改进。通常而言，NMR对构象的敏感度不如ECD，但不可忽视局部关键区域的构象。这时候NOESY、ROESY等实验数据就派上用场，可帮助筛选构象。

原创 HOMO-LUMO计算教程（赝势）

本教程讲述如何使用殷赋云平台的量化计算方案及相关小工具，计算化合物的HOMO-LUMO能级。**商业软件版权说明：**Gaussian 09为商业软件，我司只提供计算资源与服务，不提供安装包和版权，请用户自觉遵守软件版权相关协议。需要购买Gaussian软件请联系客服。

原创 HOMO-LUMO计算教程（普通理论水平）

本教程讲述如何使用殷赋云平台的量化计算方案及相关小工具，计算化合物的HOMO-LUMO能级。**商业软件版权说明：**Gaussian 09为商业软件，我司只提供计算资源与服务，不提供安装包和版权，请用户自觉遵守软件版权相关协议。需要购买Gaussian软件请联系客服。

原创 优化ECD计算图谱-Gaussian

上一篇文章《【殷赋云教程】ECD/UV计算》》提到，计算的ECD图谱在250-275 nm附近缺少了一个科顿效应（Cotton Effect, CE）。本期教程将讲述如何优化图谱。影响计算图谱的因素有很多，其中最大的是构象。本教程将采用随机搜索算法，以获得不一样的构象。此后的计算步骤与上一篇教程一致。本篇教程讲述了如何根据化合物的结构特点，选择适当的构象搜索算法，获得预期构象。然后，通过过滤构象减少计算量，最终得到优化的计算图谱。

原创 ECD/UV计算-ORCA

电子圆二色谱/紫外光谱（ECD/UV）计算已成为辅助确证化合物绝对构型的常用手段。本期教程以一个简单的例子，介绍如何使用殷赋云平台的方案工具进行ECD/UV计算。本次使用的方案是ORCA方案，没有Gaussian版权的用户可使用本教程。

原创 ECD/UV计算

电子圆二色谱/紫外光谱（ECD/UV）计算已成为辅助确证化合物绝对构型的常用手段。本期教程以一个简单的例子，介绍如何使用殷赋云平台的方案工具进行ECD/UV计算。本教程讲述了ECD/UV计算的标准流程，结合计算与实验图谱最终确认了�R构型为正确构型。然而，仔细观察上图，我们发现计算图谱在250-275 nm附近少了一个CE。虽然该CE较小，不影响构型判断，但本着严谨的科学态度，避免误判，以及适当追求完美的结果，我们将在下一篇文章《改进ECD计算图谱》讲述如何改进它。

原创 分子对接在双酚类似物和牛血清白蛋白相互作用研究中的应用

双酚是生产聚碳酸酯和环氧树脂等材料时使用的一大类化学品。其中，应用最广泛的双酚A（BPA）被公认为内分泌干扰物之一，具有体内、外毒性。它的类似物（如BPB、BPC、BPM、BPP、BPZ和BPAP，统称BPs）也会对健康产生负面影响。血清白蛋白（Serum Albumin，SA）是循环系统中最主要的载体蛋白之一，具有结合和运输内源性与外源性物质到细胞和靶组织的功能。BPs进入血液后与SA结合，会引起蛋白质的结构变化，影响蛋白质的正常功能和生物活性，产生毒性反应。其结合亲和力影响着它在体内的代谢过程。

原创 分子对接在酶学性质、底物识别和催化研究中的应用

淫羊藿素是临床上治疗多种癌症有效且安全的候选药物。最近，淫羊藿素的三期抗癌临床研究已经完成，临床安全性得到证实，有望成为世界上第一个治疗肝细胞癌的小分子免疫调节药物。鉴于其良好的药效和巨大的市场应用，人们希望高效生产淫羊藿素。生产淫羊藿素主要分为化学方法和生物方法。化学方法因为复杂的工艺、低产率和环境问题，在工业应用时受到限制。相比而言，生物方法高效而清洁，受到了研究者们的广泛关注。

原创 分子模拟在氟噁唑酰胺对映体选择性活性及毒性差异机理研究中的应用

手性农药占现代农药的30%，大部分手性农药都是以外消旋混合物的形式生产的。然而，手性农药会因为对映体与生物手性分子（蛋白）的相互作用而表现出不同的生物学性质（活性，bioactivity；毒性，toxicity；残留行为，dissipation behavior；生物代谢，biological metabolism）。效率较高的对映体对非靶标生物的毒性可能较小。因此，鉴定和开发单一对映体产品可以提高农药的效率，降低环境风险和环境污染。

原创 ECD和分子对接在生物大分子与手性分子相互作用研究中的应用

烯康唑是一种具有两个对映体的手性三氮唑类杀菌剂，广泛应用于植物病原体的防治。手性农药对映体以镜像形式存在，具有相似的元素和结构，但可能在环境中表现出不同的行为、生物活性、毒性和代谢特征。传统方法在评估手性化合物的危害性时，将其视为外消旋体是不全面和不准确的，使用生物活性更高、毒性更低的单一异构体可以减少这种危害性。

原创 如何运用分子对接成功筛选减缓细胞衰老的天然产物

人口老龄化是世界各国亟待解决的问题。机体衰老与下丘脑神经干细胞衰竭密切相关。下丘脑是人体的神经-内分泌高级调节中枢，研究衰老的内分泌调控机制，筛选出维持下丘脑干细胞活力的小分子化合物，有助于深入了解与衰老相关的病理过程，提供药理靶向学研究的理论依据，为延缓衰老、预防衰老病变、提高健康寿命带来新的希望。

原创 处理PDB结构（进阶版）

在研究不同物种来源的某种蛋白时，人们发现它们的序列之间存在一定联系（比如，序列进化）或存在某种重要的模式（比如，某些蛋白家族中的motif）。该项列出所有非标准氨基酸和碱基的残基，可能是修饰过的氨基酸或碱基，也可能是有机小分子，平台会尽力给出正确的猜测。一般来说，组氨酸侧链的pKa在6.0-6.5左右，在生理条件下（血浆=7.2-7.4）呈现电中性，为HID或HIE型，而在酸性环境下带正电，呈现HIP型。该项列出存在不同构象的残基及各位置的占有率，默认选择占有率最大的，用户可以分析结构，选择最有利的构象。

原创 蛋白与多肽的对接计算教程

本教程讲述如何使用CABS-dock网站、殷赋云平台分子动力学方案及相关小工具，实现蛋白与多肽的对接计算。本次示例中，受体蛋白分别为3BP1（PDB ID :1ABO），配体多肽序列为APTMPPPLPP。该体系并不清楚具体的氨基酸残基位点，所以采用盲对接方式确定结合位点。首先采用CABS-dock进行刚性对接，挑选若干复合物进行分子动力学模拟，然后根据结合自由能选取最好的结果进行结合模式分析。相对于明确位点的对接方式来说，盲对接的花费较大。

原创 蛋白与蛋白的对接计算教程

本教程讲述如何使用ZDOCK分子对接软件、殷赋云平台分子动力学方案及相关小工具，实现蛋白与蛋白的对接计算。本次示例中，受体蛋白与配体蛋白分别为CDK2（PDB ID :3PY1）和Cyclin-A2（PDB ID :1VIN该体系并不清楚具体的氨基酸残基位点，所以采用盲对接方式确定结合位点。首先采用ZDOCK进行刚性对接，挑选若干复合物进行分子动力学模拟，然后根据结合自由能选取最好的结果进行结合模式分析。相对于明确位点的对接方式来说，盲对接的花费较大。

原创 主客体的分子对接（DOCK 6.9）

本教程讲述如何使用殷赋云平台的【小分子-小分子对接（DOCK 6.9）】方案和相关小工具，实现主客体的分子对接计算。对于环糊精这类分子，用户可从Crystallography Open Database (COD)数据库（)或()找到它（或类似物）的晶体结构，再自行准备三维结构或联系客服处理；对于聚酰胺膜这类较大较复杂的分子，用户应自行准备，本平台暂无相应工具。

原创 小分子与小分子的对接（DOCK 6.9）

本教程讲述如何使用殷赋云平台的【小分子-小分子对接（DOCK 6.9）】方案和相关小工具，实现小分子与小分子的对接计算。两个简单小分子之间可能因无法生成小球、定义口袋而无法进行分子对接计算，请考虑采用【小分子-小分子对接（Vina）】方案。

原创 含共晶配体蛋白与小分子的分子对接（Vina）

本教程讲述如何使用殷赋云平台的【蛋白/核酸/多肽-小分子对接（DOCK Vina）】方案和相关小工具，实现含共晶配体的蛋白与小分子的对接计算。

原创 无共晶配体蛋白与小分子的分子对接（DOCK 6.9）

分子对接需要定义好配体的结合口袋。上一篇教程《【殷赋云教程】含共晶配体蛋白与小分子的分子对接（DOCK 6.9）》介绍了使用共晶配体定义口袋的方法。当受体蛋白没有共晶配体时，又该怎么办呢？在这种情况下，研究者应多方收集信息，尽量从文献中、实验数据中、含有共晶配体的同源蛋白或蛋白家族的晶体结构中，获悉小分子的结合位点，一旦知道关键残基，则可直接选择残基来定位。当该方式不奏效时，可考虑使用软件预测（识别）结合位点。本期教程讲述如何使用殷赋云平台大方案和相关小工具，实现无共晶配体的蛋白与小分子的对接计算。

原创 含共晶配体蛋白与小分子的分子对接（DOCK 6.9）

本教程讲述如何使用殷赋云平台的【蛋白/核酸/多肽-小分子对接（DOCK 6.9）】方案和相关小工具，实现含共晶配体的蛋白与小分子的对接计算。