蛋白与蛋白的对接计算教程

1. 前言

本教程讲述如何使用ZDOCK分子对接软件、殷赋云平台分子动力学方案及相关小工具，实现蛋白与蛋白的对接计算。

本次示例中，受体蛋白与配体蛋白分别为CDK2（PDB ID : 3PY1）和Cyclin-A2（PDB ID : 1VIN）。该体系并不清楚具体的氨基酸残基位点，所以采用盲对接方式确定结合位点。首先采用ZDOCK进行刚性对接，挑选若干复合物进行分子动力学模拟，然后根据结合自由能选取最好的结果进行结合模式分析。

• 相对于明确位点的对接方式来说，盲对接的花费较大。因此，建议尽量通过文献报道、实验数据确定作用残基后再进行对接，选择最好的复合物进行下一步计算；
• 以下网站（软件）也可进行蛋白-蛋白对接：HDOCK、pyDockWEB、ClusPro2.0、
  HADDOCK。
• 本教程同样适用于蛋白与多肽对接。

2. 流程图

3. 步骤

3.1 准备蛋白质三维结构

1. 打开殷赋云计算平台殷赋云 - 科研计算快易准https://cloud.yinfotek.com/【处理pdb结构】小工具。

   

2. 输入PDB ID 3PY1（或上传PDB文件），删除多余结构，保留用于对接的蛋白肽链。

   处理原则：删除不参与对接的肽链、杂原子及水分子。

   ​

   

3. 处理后，将receptor.pdb改名为3py1.pdb。

4. 重复上述步骤，处理配体蛋白 1VIN，文件命名为1vin.pdb。

   注意，ZDOCK对接会将受体和配体合并成复合物。为便于区分，两者应采用不同链名。例如，本例的受体和配体蛋白均为A链，可将配体蛋白改为B链。修改方法：使用文本编辑器Sublime或NotePad++打开配体蛋白1vin.pdb，列选链名A，改为B，或采用字符替换方法，将A替换为B（注意前后各有一个空格，避免替换掉单词中的A）。

3.2 刚性对接

1. 打开ZDOCK在线服务网页ZDOCK Server: An automatic protein docking server