蛋白与蛋白的对接计算教程

1. 前言

本教程讲述如何使用ZDOCK分子对接软件、殷赋云平台分子动力学方案及相关小工具,实现蛋白与蛋白的对接计算。

本次示例中,受体蛋白与配体蛋白分别为CDK2(PDB ID : 3PY1)和Cyclin-A2(PDB ID : 1VIN)。该体系并不清楚具体的氨基酸残基位点,所以采用盲对接方式确定结合位点。首先采用ZDOCK进行刚性对接,挑选若干复合物进行分子动力学模拟,然后根据结合自由能选取最好的结果进行结合模式分析。

  • 相对于明确位点的对接方式来说,盲对接的花费较大。因此,建议尽量通过文献报道、实验数据确定作用残基后再进行对接,选择最好的复合物进行下一步计算;
  • 以下网站(软件)也可进行蛋白-蛋白对接:HDOCK、pyDockWEB、ClusPro2.0、
    HADDOCK。
  • 本教程同样适用于蛋白与多肽对接。

2. 流程图

3. 步骤

3.1 准备蛋白质三维结构

  1. 打开殷赋云计算平台殷赋云 - 科研计算快易准icon-default.png?t=N7T8https://cloud.yinfotek.com/【处理pdb结构】小工具。

  2. 输入PDB ID 3PY1(或上传PDB文件),删除多余结构,保留用于对接的蛋白肽链。

    处理原则:删除不参与对接的肽链、杂原子及水分子。

  3. 处理后,将receptor.pdb改名为3py1.pdb

  4. 重复上述步骤,处理配体蛋白 1VIN,文件命名为1vin.pdb

    注意,ZDOCK对接会将受体和配体合并成复合物。为便于区分,两者应采用不同链名。例如,本例的受体和配体蛋白均为A链,可将配体蛋白改为B链。修改方法:使用文本编辑器Sublime或NotePad++打开配体蛋白1vin.pdb,列选链名A,改为B,或采用字符替换方法,将A替换为B(注意前后各有一个空格,避免替换掉单词中的A)。

3.2 刚性对接

  1. 打开ZDOCK在线服务网页ZDOCK Server: An automatic protein docking servericon-default.png?t=N7T8https://zdock.umassmed.edu/进行刚性对接。由于不清楚具体的作用残基(“盲对接”),所以勾选Skip residue selection

    除了zdock,还有很多可以进行刚性对接的网站或软件,请用户自行搜索或查找相关文献。

    这里选择盲对接,所以勾选"Skip residue selection"。若知道具体结合的氨基酸残基,请不要勾选。

    更多zdock网站的说明,请看Help说明,我们不再解答该网站的相关内容。

  2. 一段时间后,计算结果将发送至预留的邮箱,通常有10个复合物结果。这里,我们选择其中5个进行下一步计算。

3.3 分子动力学模拟

3.3.1 准备复合物三维结构

这里以complex1.pdb为例,介绍分子动力学模拟及结合自由能计算的过程,其他复合物同理。

  1. 打开殷赋云平台【处理PDB结构(进阶版)】小工具。

  2. 上传复合物结构,点击【下一步】。

  3. 点击【生成文件】,下载文件。

    • 有关PDB修复的内容,详见教程《处理PDB结构(进阶版)》。
    • 默认勾选对残基重新编号renumber.csv记录了残基编号的对应关系,方便后续分析,切记保存好。
    • 这里虽然显示receptor.pdb,但实际上是复合物结构。

3.3.2 准备Amber文件
  1. 打开殷赋云平台【准备Amber文件】小工具。

  2. 上传前面准备好的receptor.pdb文件,点击【生成】,下载文件。

  • 无需上传参数文件;

  • amber_files.zip中的residue_numbers.csv文件包含了蛋白、离子和水的残基编号,方便分子动力学模拟时设置约束条件。

3.3.3 开展动力学模拟
  1. 打开殷赋云平台【分子动力学(Amber20)】方案,创建任务,进入任务页面。

  2. 上传准备好的拓扑文件和坐标文件,设置模拟环境。

  3. 设置计算步骤,添加约束条件,点击【提交】。

简单解释上图各计算步骤目的:

  1. Minimization:约束蛋白的原子,优化水分子、盐离子;

  2. Minimization:约束蛋白骨架原子,优化其他原子;

  3. Minimization:不加约束,优化整个体系;

  4. Heat:将体系(从0)升温至300 K,为避免剧烈运动破坏体系,与第1步Minimization
    一样设置约束;

  5. Equilibration:与第2步Minimization一样设置约束,使用NPT系综来控制压强,让体
    系调整自身密度;

  6. Equilibration:体系密度已达平衡,不再有大变动,可使用NVT系综控制体积,并放开
    所有约束,让体系继续平衡;

  • 需要预先估计该体系总费用的用户,请参考以下指导完成分步操作。

    1. 完成第1到第6步操作后,先不设置第7步,点击【提交】,等计算完毕,到 用户中心-费用账单-账单明细查看费用,估算出跑1ns的费用。

    2. 如需完成后续模拟,可以进入我的项目,点击查看,从文件列表中下载prmtop(拓扑)和rst(坐标)文件(下拉文件列表至末尾,选取计算步骤6生成的rst文件)作为后续模拟的起点。

    3. 新建分子动力学任务,上传 prmtop 和 rst 这两个文件,参考步骤7 Production的时长分段建议设置production时长。(步骤1-6的信息已在prmtop和rst文件中,无需设置重跑)

  • 不需要估计该体系总费用的用户,可继续第7步骤。

  1. Production:与上一步Equilibration的条件相同,从此开始长时间采样。

    • 通常所说跑多少ns的动力学,是指生产(Production)阶段的总时长;这里设置一个20 ns。

    • 建议将长时间模拟分成若干小段,例如,100 ns的动力学可分成连续的5个20ns Production。这样好处很多:可避免意外事故发生时毁掉整段轨迹(只要从最后一段完整的轨迹接着算),可方便后期分析时选择理想时段而不用进行轨迹分割处理,可了解进度并在合适时候提前终止任务……

约束条件中的残基编号可从residue_numbers.csv文件中查看。比如,残基编号总是从1开始,该体系最后一个氨基酸残基编号为551,那么复合物残基范围为1-551。

 

第1步Minimization和第4步Heat采用以下约束条件:

 

第2步Minimization和第5步Equilibration采用以下约束条件:

 

3.3.4 分析结果
  1. 待任务完成,点击【查看】,进入分析页面。查看热力学性质。

在平衡(Equilibration)或生产(Production)阶段,能量、温度、压强、体积等曲线应当平稳 。详情见《分子动力学模拟(Amber 20)

热力学分析

热力学分析

  1. 查看生产(production)阶段的RMSD。该曲线在某个高度附近平稳振动,振幅大小在2Å以内,表明体系已达到平衡,可以进一步分析。

RMSD

RMSD

  1. 氢键。仅含有机小分子的体系才有氢键分析数据,纯生物大分子体系无此数据。若有分析需要,请使用《分析轨迹)》方案。

  2. 分子结构。可以下载各个阶段的结构文件,使用PyMOL等软件查看结构。

分子结构

分子结构

3.4 开展结合自由能计算

  1. 打开殷赋云平台【结合自由能计算】方案,创建任务,进入任务页面。

注意:体系平衡后才能进一步计算结合自由能,否则,误差可能会很大。

  1. 从云盘文件选择拓扑文件及轨迹文件,并设置参数,然后【提交】任务。

  • 采样范围:总共20000帧(20 ns),采样间隔为100,则采样数为20000 ÷ 100 = 200帧。可根据体系大小进行设置,一般采样200-500帧即可。

  • 结构划分:查看【处理pdb结构(进阶版)】生成的renumber.csv文件,了解受体和配体蛋白的残基编号范围。如下图,受体为A链,对应残基编号1-299,配体为B链,对应残基编号300-551。

3.5 分析结果
  1. 待任务完成,点击【查看】,进入分析页面,查看结合自由能,并下载mmpbsa.xlsx文件(后面分析用到)。
  • MM/GB(PB)SA方法是指采用MM方法计算ΔGgas​(= ΔGvdw​ +ΔGele​),GB和PB方法计算ΔGsolv​(=ΔGpolar​ + ΔGnonpolar​)。因此,GB和PB列的ΔGvdw​、ΔGele​与ΔGgas​数值相同,而ΔGpolar​、ΔGnonpolar​与ΔGsolv​不同。

  • 总结合自由能(ΔGtotal​)数值越小,结合力越强,各能量项数值越小,越有利于结合。

  1. 同理,其他复合物也分别开展分子动力学模拟和结合自由能计算,最后将总结合自由能(ΔGtotal​)数据整理如下:
ComplexGeneralized Born (GB)Poisson-Boltzmann (PB)
1-98.5613±4.4047-102.4870±5.9701
2-66.3568±2.1541-56.9621±2.3619
3-75.2548±3.2224-70.6548±3.0129
4-50.3648±5.9264-55.6325±4.6387
5-46.8004±7.3251-26.7989±7.9052

由此看出,复合物1的结合力最强,所以我们取其分子动力学模拟的最后一帧进行结合模式分析。

若GB和PB的结论不一致,可分析各能量项,排除$\Delta G_{\mathrm{vdw}} 、、\Delta G_{\mathrm{ele}}与与\Delta G_{\mathrm{gas}} $不利的复合物体系。

3.5 结合模式分析
  1. 进入分子动力学模拟结果页面,下载分子结构。

这里下载7.prod-dry.pdb文件。

分子结构

分子结构

  1. 用PyMOL或自己熟悉的分子图形软件打开分析两个蛋白之间的相互作用。

分子动力学模拟会更改原子编号,请先改回原来编号再进行分析,可查看上面准备复合物三维结构时保留的renumber.csv文件。

mmpbsa.xlsx文件的gb_totalpb_total页可以看出,配体的GLU387与受体的ARG151和ARG158都有非常强的静电力作用。将它们显示在PyMOL上,可见它们之间刚好形成盐桥(图中黄色虚线表示),盐桥距离分别为3.4 Å和3.8 Å。同理,再分析其他氨基酸残基。

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