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RSS订阅原创 python聚类模型评价，无监督
判断聚类效果，评价指标分为外部指标和内部指标两种，外部指标指评价过程中需要借助数据真实情况进行对比分析的指标，内部指标指不需要其他数据就可进行评估的指标。
2023-01-12 20:05:12
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原创 分子描述符
写的非常通俗易懂，good什么是分子描述符？所谓分子描述符，是指分子在某一方面性质的度量，既可以是分子的物理化学性质，也可以是根据分子结构通过各种算法推导出来的数值指标一般选择合适分子描述符的要求（1）具有结构解释性；（2）与至少一种性质具有良好的相关性；（3）具有区分异构体的优势；（4）能够应用于局部结构；（5）独立性好；（6）简洁；（7）不是基于实验性质；（8）与其他描述符不相关；（9）可以有效构建；（10）使用熟悉的结构概念，（11）具有正确的大小依赖性；（ 12）随结构的改变而变化。分子
2021-05-14 18:44:57
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原创 特征工程
数据预处理 Preprocessing & Impute菜菜第3章1. 无量纲化？？需要无量纲化的情况原始数据不同维度的尺度（量纲）不一致时，need在分类、聚类算法中，需要使用距离来度量相似性时，或使用PCA降维时，标准化（standardization，也叫Z-score）表现更好（数据均值为0，方差为1），实际上不改变分布!!!在希望压缩数据，却不影响数据的稀疏性时（不影响矩阵中取值为0的个数时），我们会使用***MaxAbsScaler***!!!这个评述对选标准化还是归一化
2021-05-14 18:43:50
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原创 Python中使用extend方法和‘+‘方式拼接list选择
extend会使两个空列表合并后消失，并不是list。这个在跑大型程序时容易出错。例如循环时out of rangelist相对较长时，+ 耗时更长，因为是在循环做加法.
2021-05-12 19:32:30
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原创 RDKit原子和键的环性质
1. 引入所需库#! /usr/bin/python# coding: utf-8# rdkit 操作分子对象from rdkit import Chem2. test 分子smi='[C:0]1-[C:1]-[C:2]1-[C:3](-[CH2:4])(-[CH:5])'mol = Chem.MolFromSmiles(smi)atoms = mol.GetAtoms()bonds = mol.GetBonds()3. 获取分子中所有的环信息atom.IsInRing() #
2021-05-08 16:29:51
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转载 python 多层列表深拷贝浅拷贝问题 copy
python 多层列表深拷贝浅拷贝问题 copy有用的单层list copy方式（转载于此篇文章）解决了多层list copy后，操作仍使列表元素改变的问题一，问题说明及原因分析简单来说，切片[:]， 浅拷贝.copy()等方法，对于这种多层list的第一层（下图中的第1,3元素），是实现了深拷贝，但对于嵌套的list（下图中的第2元素），仍然是浅拷贝。这其实很好理解，内层的list保存的是地址，复制过去的时候是把地址复制过去了。嵌套的list在内存中指向的还是同一个。示例原理图二，解决方
2020-12-18 13:12:22
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原创 将列表中有相同元素的集合合并（保留值相同的重复元素，不想保留+sorted）
python 多层列表 合并有相同数值的元素BKN_BOND_LIST = [[1,2],[2,3],[9,10],[3,7],[11,12],[12,13]]a = []break1 = False while BKN_BOND_LIST: pair1 = BKN_BOND_LIST.pop(0) for i,pair2 in enumerate(BKN_BOND_LIST): for atomid in pair1: if ato
2020-12-17 22:23:08
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空空如也
空空如也
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