fMRI原始数据分割的笔记

       我们从核磁机器上得到最初的数据,它包含了我们的功能数据、结构数据还有DTI的数据,我们要对它们进行一个整理,将Function DICOM data放入FunRaw文件夹,将Structural DICOM data放入T1Raw文件夹。但是面对这么多的数据,我们如何分出功能数据和结构数据呢?

       这就需要我们对这些最原始的数据进行分割,分出功能数据和结构数据,这是我们进行数据预处理之前要做的事情。

       我们可以使用dpabi来进行分割。

       首先,把一个被试的所有数据放在同一文件夹中(如sub_01),其余非数据文件全部删除,同一组别的被试放在同一文件夹(如control)。

      打开matlab,输入dapabi回车,开始使用dpabi分割数据。点击Utilities,在新窗口点击DICOM Sorter。然后在DICOM Sorter窗口中将Suffix改为none(如果是西门子的机器可以为IMA,其他机器可以改为与之对应的,不知道到的话就改为none)。接下去点击Add All进行数据文件夹的选择(如control),它会读取该文件夹下的数据。点击修改Output Dir将分割后的文件放在你想要输出的地址。Anonymize DICOM这个地方一般不选中,最后点击Sort,就会开始分割。        分割结束之后,会在Output文件夹的每个被试下产生几个子文件夹用以存放不同的数据。bold文件为功能数据,mpr文件为结构数据,diff为DTI数据,根据自己的需要进一步选择数据文件夹进行预处理。

注:在进行分割时有可能会报错,大概率是版本的问题。可以根据matlab的提示找到报错文件,在另一台电脑上进行处理。

 

 

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Matlab中使用DPABI(Data Processing & Analysis for Brain Imaging)处理数据,需要依次进行以下步骤: 1. 安装DPABI软件包:首先,需要从DPABI官方网站上下载最新版本的DPABI。然后将下载的文件解压缩到本地目录中。 2. 设置Matlab路径:打开Matlab,将DPABI解压后的文件夹添加到Matlab的工作路径中。点击“Home”按钮,在右侧的“Environment”部分点击“Set Path”按钮,然后点击“Add with Subfolders”,选择DPABI解压后的文件夹。 3. 运行DPABI:在Matlab命令窗口中输入“DPABI”命令,并按回车键运行。这样就会启动DPABI的主界面。 4. 选择数据:在DPABI主界面中,点击左上方的“Data”按钮,弹出数据选择对话框。在对话框中选择要处理的数据文件,如fMRI图像数据。 5. 设定处理参数:在DPABI主界面中,点击右上方的“Data Processing”按钮,弹出处理参数设置对话框。在对话框中可以设定一些处理参数,如滤波器频率和截断值等。 6. 开始处理:设定好处理参数后,点击对话框中的“Run”按钮,开始进行数据处理。DPABI会自动运行相应的预处理步骤,如头动补偿、切片时间校正、空间标准化等。 7. 查看结果:处理完成后,可以在DPABI主界面的右下方查看处理结果。点击相应的结果按钮,如“ReHo”、“ALFF”、“fALFF”等,可以显示对应的图像结果和统计信息。 8. 保存结果:若需要保存处理结果,可以点击结果窗口中的“Save”按钮,选择保存的路径和文件名,将结果保存为mat文件或NIfTI格式的图像。 总之,要在Matlab中使用DPABI处理数据,首先需要安装DPABI软件包并将其添加到Matlab的工作路径中,然后运行DPABI主界面,选择数据并设定处理参数,点击运行按钮开始处理,最后查看结果并保存。
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