Linux运行DPABISurf过程记录(持续更新)

在这里记录下我的台式机跑DPABISurf做功能脑网络分析的流程。
cpu:i7-11700k,内存:64g,平台:Linux20.04LST
DPABIV6.0_210501,DPABISurf1.6
这次跑的数据不多,20个被试。

一、运行时间

开始时间:2021年10月10日16点46分
在这里插入图片描述
结束时间:2021年10月11日,23点59分
在这里插入图片描述
运行选项:DPABISurf Pipeline默认的所有参数,包括数据预处理,alff,reho,dc等等,没有Functional Connectivity。
在这里插入图片描述
parallel works 我设置的是8,因为这颗cpu是8核心(后悔了贪便宜了,当时应该选择i9的cpu,有10核心),所以这次20个数据跑了3个周期。

数据预处理+计算常用指标,程序一共跑了32小时13分钟。
11日晚上6点左右的时候,其实就已经开始跑Degree Centrality了,中午还在fmriprep,所以DC大概跑了6个小时以上(不足12小时)。
在跑的过程中,cpu负载是最高100%,最低50%。

所以如果用我的台式机配置的话,1次跑8个被试,跑完数据的预处理(主要是皮层重建耗时间)需要8小时。如果加上reho,alff,DC的计算,大概需要4小时吧。

二、硬盘内存变化

20个被试,初始的FunRaw和T1Raw加一起,是2.6GB,
在这里插入图片描述
跑完上面的程序(数据预处理和一些指标),最后是250.4GB
在这里插入图片描述
好家伙,20个被试就是250G,我这1t的固态满打满算也就够50个被试数据。

通过这次经历,我发现我目前最需要的就是加一块2t的固态硬盘,看来贫穷才是科研的第一限制因素。

(福利:附上我的学习笔记,未完待续)
在这里插入图片描述

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