2018 AI Challenger全球AI挑战赛‘眼底水肿病变区域自动分割’赛道比赛总结

科研民工plus

于 2019-08-13 20:32:42 发布

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分类专栏：科研磕盐深度学习 MedSeg

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2018 AI Challenger全球AI挑战赛‘眼底水肿病变区域自动分割’赛道比赛总结

苏州的十月，无论是天气还是桂香都觉得让人无所适从，忙碌的低年级学生一阵风似的从身边经过，恍惚才觉得，这是我最真真切切的体会到的苏州的秋，大概是因为快离开这个校园的缘故吧，一切都是那么匆忙，就连一场夜间的秋雨都是那么急促而又清冷。

这大概是半个月之前的事了，那个时候正值国庆，几乎所有同学都回家了，我们三个却忙了一整个国庆节，这是我准备了将近一个月的比赛，结局却以0.7145而告终，伤心却也庆幸。

赛后感想

从os.walk到glob

这个小标题并没有说明什么实际意义，只是我在这个比赛过程中真的学到了很多，由于比赛数据是类似于三维cube，每128张slice都在一个文件夹里面，所以读取数据这方面真的学到了不少，从之前的os.dirlist到最后的glob，逐渐发掘最简单的最有效的读取数据程序。

从return到yield

以前并不明白生成器是什么东西，自从参加了这个比赛后，觉得生成器真的是神经网络的必备套餐，因为你不可能用一个array存储你所有的数据，这里最好就用生成器，特别在数据增强这一块，如果你训练网络不会数据增强，那要你何用！

赛题简介

训练集包含原始图片和标注图片，分别对应70个cube的128张图片。

标注图片中各标记值如下所示：


 
 
   
   
    
    
   
   
   
   
    
    
     
     Background：0
    
    
   
   

   
   
    
    
   
   
   
   
    
     
    
    
   
   

   
   
    
    
   
   
   
   
    
    
     
     PED: 128
    
    
   
   

   
   
    
    
   
   
   
   
    
     
    
    
   
   

   
   
    
    
   
   
   
   
    
    
     
     SRF: 191
    
    
   
   

   
   
    
    
   
   
   
   
    
     
    
    
   
   

   
   
    
    
   
   
   
   
    
    
     
     REA: 255

例（原图、标记图像对比）：

验证集含有15个cube，除了原始图片和标注图片之外还给出了“groundtruth”文件，作为提交结果的标准。

测试集含有15个cube，只有原始图片。

结果提交说明

提交结果包括检测结果和分割结果两部分，要求与验证集中的“groundtruth”格式相同。

1) 检测结果：

每个cube对应一个npy文件，命名格式为“cube名称”+“_detections”，文件中存储[128，3]的矩阵，分别对应1-128号图片的3种水肿的检测结果，水肿顺序为REA，SRF，PED，用0.0-1.0之间的概率值表示。

2) 分割结果：

每个cube对应一个npy文件，命名格式为“cube名称”+“_volumes”，文件中存储[128，1024，512]的矩阵，分别对应1-128号图片的体素级分割结果，分别用体素标记0，1，2，3来代表背景和水肿区域，详细标记如下：


 
 
   
   
    
    
   
   
   
   
    
    
     
     1
     
     .Retina 
     
     Edema 
     
     Area, 
     
     REA
    
    
   
   

   
   
    
    
   
   
   
   
    
     
    
    
   
   

   
   
    
    
   
   
   
   
    
    
     
     2
     
     .Subretinal 
     
     Fluid, 
     
     SRF
    
    
   
   

   
   
    
    
   
   
   
   
    
     
    
    
   
   

   
   
    
    
   
   
   
   
    
    
     
     3
     
     .Pigment 
     
     Epithelial 
     
     Detachment, 
     
     PED
    
    
   
   

   
   
    
    
   
   
   
   
    
     
    
    
   
   

   
   
    
    
   
   
   
   
    
    
     
     其余部分标记为0.

评价标准

本次比赛的评价标准包括两部分：(1)检测结果，(2)分割结果，因此会产生两份榜单，两份榜单上分数的平均值将决定比赛的最终排行。

1) 检测结果：

检测结果将与专家标注的结果进行比较。分别计算REA，SRF，PED的AUC值，并将三者的平均值作为最终分数。

2) 分割结果：

检测结果将与专家标注的结果进行比较。分别计算REA，SRF，PED的骰子系数，并将三者的平均值作为最终分数

正题——从数据预处理说起

数据统计

进行一个比赛，第一步就是要做数据分析，分析这些数据的特征已经是否样本平衡，由于主要有3类疾病分割，也就涉及到多类分割的问题，但是并不是没张图片上面都有3类疾病，有一半的图片上面是什么都没有的，也就是全为背景。

训练集：

验证集：

具体数据分布：


 
 
   
   
    
    
   
   
   
   
    
    
     
     训练集：8960
    
    
   
   

   
   
    
    
   
   
   
   
    
    
     
     000: 数量：4296    不含任何一种病   比例是：0
     
     .479
    
    
   
   

   
   
    
    
   
   
   
   
    
    
     
     100: 数量：1571    仅含
     
     rea          0
     
     .1753
    
    
   
   

   
   
    
    
   
   
   
   
    
    
     
     101: 数量：159     含
     
     rea和
     
     ped       0
     
     .017
    
    
   
   

   
   
    
    
   
   
   
   
    
    
     
     110: 数量：2691    含
     
     rea和
     
     srf       0
     
     .3
    
    
   
   

   
   
    
    
   
   
   
   
    
    
     
     111：数量：243    三种都含          0
     
     .027
    
    
   
   

   
   
    
    
   
   
   
   
    
     
    
    
   
   

   
   
    
    
   
   
   
   
    
     
    
    
   
   

   
   
    
    
   
   
   
   
    
    
     
     验证集：1920
    
    
   
   

   
   
    
    
   
   
   
   
    
    
     
     000：数量：1086    比例：0
     
     .5656
    
    
   
   

   
   
    
    
   
   
   
   
    
    
     
     100：      446           0
     
     .2322
    
    
   
   

   
   
    
    
   
   
   
   
    
    
     
     101：      28            0
     
     .01458
    
    
   
   

   
   
    
    
   
   
   
   
    
    
     
     110：      347           0
     
     .1807 
    
    
   
   

   
   
    
    
   
   
   
   
    
    
     
     111：      13            0
     
     .0067

二类分割统计（去掉了label不标准的2个cube(256张)）：

训练集：

验证集：

具体数据分布：

数据分布分析：

可以看出数据分布也是极不均衡的，大概8960张图片中有一半的图片是无病的,如果进行二类分割的话，PED数量极少，而且目标区域很小，下面给出三个常见的三种疾病区域大小：

REA

SRF

PED

难点分析

数据不均衡，背景图片占一大半，比着自然场景的分类，类别不均衡，PED和SRF相对较小，PED的一点偏移都会影响Dice系数。
数据量有点大，网络的选取很重要，还有Loss的选取同样重要

策略

在这里我就不过多分析了，直接说我们用的策略

（1）2D-Vnet

输入：无处理送入

输出：4类分割（背景算一类）

Loss: softmax-CE+Dice

这个网络要比U-net好，经过我快一个月的调试，事实证明应该可以应付一般数据的分割，我认为在Loss上做手脚更好。在这个网络中，我们一开始用的是Dice，最后又加了softmax-CE,加了softmax-CE之后效果明显有提升，最后又加了一个Focal-Loss，效果提升不明显

（1.2）2D-Vnet(只送前景)

输入：只训练有前景的图片

输出：4类分割（背景算一类）

Loss: softmax-CE+Dice

怎么说呢，这个想法主要是不让当Dice Loss做主导的时候，出现一直等于1，而不可导的情况，另一方面也可以解释为减少单纯的背景类。由于数据量减少了一半，所以这里用了数据增强，但是在增强的过程中，发现label的数据值会发生改变。会出现0和255之间的灰度值。对小面积前景有稍微影响

结果：其实在验证集上的结果是最好的，可以达到0.766，但是在测试集上超级差，也不知道为什么，可以怀疑是测试集和验证集数据分布差距较大，还可能是我们的网络对验证集已经过拟合了，OMG ！这是一个非常可怕的事情，但是如果测试集和验证集分布式一样的，不知道这样会不会是一个比较好的方法，我觉得这个可以深入尝试一下，还有很有潜力的。

(2) PPM1248与PPM1236+Vnet

这个模块来源于PSPnet，感觉应该好呢，结果在验证集上有所提升，但是在测试集上表现并不是很好，但是最好的结果也是在PPM1236上面产生的。验证集和测试集差距较大，这一点真让人头疼。

(3) 作为3个二类分割（3个Vnet）

这个思路是通过联合策略来解决数据不平衡问题的，将3个前景分别提出来，每个都是只有一类前景和背景组成，但是解果并不理想，PED分的不清晰，噪点太多，这个会大大影响分数，可能原因：由于REA和PED,SRF面积差距较大，应该用不同网络来分割。

(4) Ensemble

我能说这是一个很牛逼的方法吗，几个结果进行整合产生一个更好的结果，这个在很多比赛中都会用到，也是我学到的最主要的一个方法。最后Ensemble后可得到0.7145的结果。

总结

其实在整个过程中，我发现有价值的就是：

1.softmax-CE+Dice

今天中午还在想怎么解决Dice系数隐藏的没有梯度的问题（如果是一类前景没有出现，那么在整个Loss中这个前景的Dice Loss就会一直是1，并没有进行梯度回传，也就是权重值也不会往这个方向修改）加入softmax-CE后，就是如果出现前面所述问题时就变成优化交叉熵了，也就是总有一个Loss在work.

2.只训练有前景图片的策略

我觉得这个策略可以尝试尝试，或者是因为标的金标准不好，导致在测试集上很差。

3.二类分割策略

这个策略或许会在以后分割过程中对多类分割进行分解，是一个好的方法。