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RSS订阅原创 【faers数据库-R语言】
摘要：本文详细介绍了FAERS数据库不良反应信号挖掘的完整流程，包括数据解压导入（R代码示例）、数据结构理解、数据清洗（缺失值处理、标准化、合并和编码映射）、信号挖掘准备（药物-反应组合表创建）以及信号强度指标计算（PRR和ROR）。重点阐述了数据清洗的关键步骤，如缺失值处理（colSums(is.na())）、数据标准化（toupper()、as.Date()）和表合并（merge()），并提供了完整的R语言实现代码。最后强调结果需结合临床知识解读，建议使用data.table等高效工具处理大数据。整个流
2025-12-05 21:17:27
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原创 【无标题】
WSL（Windows Subsystem for Linux）是微软推出的革命性工具，可在Windows11/10上原生运行Linux环境，无需虚拟机。文章详细介绍了WSL的安装方法（一键或手动）、基本命令操作、实用场景（开发/运维/数据分析）和常见问题解决方案。WSL2推荐版本具有100%系统调用兼容性，支持Docker等高级功能，实现了Windows与Linux的无缝集成，极大提升了开发效率，是替代双系统的理想选择。
2025-10-13 19:59:19
216
原创 使用Gromacs进行蛋白和配体小分子的动力学模拟
本文详细介绍了使用Gromacs软件进行分子动力学模拟的完整流程。从分子对接后提取蛋白和配体结构开始，包括结构修补、拓扑文件生成、溶剂化处理、能量最小化、平衡和正式模拟等步骤。重点阐述了MD模拟后的轨迹分析技术，包括RMSD、RMSF、回转半径、氢键分析等11种分析方法，以及自由能形貌图和模拟动画的制作方法。该教程为研究蛋白-配体复合物的动态行为和相互作用提供了系统的方法指导，涵盖了从预处理到结果分析的全过程，适用于药物设计和分子相互作用研究。
2025-10-10 08:48:06
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原创 分子动力学模拟自由能形貌图绘制教程
自由能形貌图(FEL)通过将分子动力学模拟数据映射到二维坐标空间(RMSD和Rg)，可视化体系能量状态。计算过程包括提取轨迹文件的RMSD和回转半径数据，合并后生成2D和3D形貌图。2D图显示单一主稳态沿PC2(Rg)方向波动，3D图进一步揭示深谷状的全局最低能盆地被高能垒包围。结果表明体系主要处于单一稳定构象，构象转变受限，需延长采样时间观察跨越能垒的构象变化。该方法直观展现了分子构象空间特征和动力学限制因素。
2025-10-10 08:23:48
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原创 小米平板的鼠标的方向是反向的，困惑我很久
小米平板调整鼠标方向方法：进入设置→更多设置/辅助功能→找到"鼠标和触控板"选项→关闭"自然滚动"或调整"指针方向"开关。若无效可尝试重置设置、重启设备或更换兼容鼠标，实测成功解决了滚轮方向问题。
2025-10-04 06:21:42
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原创 【GROMACS 通常是笔误（把字母 L 写成数字 1）】
摘要：GROMACS预处理工具gmxgrompp报错提示拓扑文件merged_top.top中引用未定义的分子类型"1igands"。错误原因是[molecules]段中的分子名必须与.itp文件里[moleculetype]定义的名称完全一致。解决方法：1）通过预处理拓扑文件（gmxgrompp -pp）检查实际定义的分子类型名；2）修正[molecules]中的拼写错误（如将"1igands"改为正确的"LIG"）；3）确保.itp文件的#in
2025-10-02 10:52:34
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原创 32.R脚本对蛋白受体和小分子药物配体合并
摘要：本文介绍了配体与受体文件合并的操作流程。首先需准备处理好的受体文件和配体文件（包括GRO、ITP、MOL2、TOP格式），并按修改时间排序。通过R脚本实现文件合并：设置工作路径后，分别读取受体和配体的GRO文件内容，解析原子数并提取坐标行进行合并。ITP和TOP文件则通过内容读取、合并后写入新文件。最终输出合并后的complex.gro（99KB）和merged_top.top（1.278KB）文件，为后续分子动力学分析提供基础。关键步骤包括文件复制、内容解析和脚本操作，需注意保持文件结构完整性。
2025-10-02 09:13:27
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原创 30.1gromacs软件手动添加charmm36力场
本文介绍了手动添加CHARMM36力场到GROMACS软件的方法。首先通过cmd使用Win+R快捷键打开文件管理器，找到GROMACS安装目录下的力场文件夹。然后将下载的CHARMM36力场文件重命名为"charmm36.ff"并复制到该目录。最后运行GROMACS验证命令，确认力场已成功添加。这种方法适用于需要扩展GROMACS力场支持的情况，特别是使用CHARMM力场进行分子动力学模拟时。整个过程不需要重新编译软件，只需正确放置力场文件即可完成配置。
2025-10-01 17:37:56
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原创 30.蛋白受体水模型和力场选择
本文详细介绍了蛋白受体水模型和力场选择的完整操作流程，包括文件准备、软件操作、命令运行等步骤。重点讲解了使用PyMOL和SPDBV软件处理PDBQT文件的方法，以及如何添加水模型和力场参数。文章特别强调了处理非标准残基（如MSE）导致的错误，提供了删除或修改为MET残基的解决方案。操作过程中需注意文件格式转换、命令参数选择（CHARMM36力场和TIP3P水模型）以及输出文件管理。该流程最终生成三个核心文件用于分子动力学模拟，为后续研究奠定基础。
2025-10-01 17:26:11
721
原创 28.分子对接
本文介绍了分子对接的准备工作流程，主要包括：1）文件准备（配体mol2和受体pdb格式文件的获取与存放）；2）文件处理（蛋白受体加氢保存为pdb/pdbqt格式，配体转换为pdbqt格式）；3）对接盒子设置（调整三维盒子尺寸并保存gpf参数文件）。关键注意点包括：正确设置工作路径、保持文件格式规范、合理设置盒子尺寸（完整包裹目标结构且不过大）以及避免文件覆盖。这些准备工作为后续分子对接计算奠定了基础。
2025-10-01 04:32:55
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原创 【26.获得小分子药物配体文件】
摘要：获取小分子药物配体文件时需确保工作路径不含中文。通过PubChem等网站搜索目标药物，下载2D结构的SDF文件后，使用3Dbio或ChemBio3D软件进行3D结构优化，运行MM2能量最小化计算生成最低能量构象，最终保存为MOL2格式文件。注意文件覆盖和路径一致性，优化过程可能需要数分钟。（97字）
2025-10-01 04:14:28
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原创 【27.蛋白受体的处理】
文章摘要：本研究通过蛋白受体处理流程，从基因差异分析结果中筛选高表达基因IFNAR1（UniProt编号P17181），利用UniProt和PDB数据库获取其晶体结构文件（3S98）。使用PyMOL软件去除溶剂和有机分子后，保存为纯净PDB格式（Protein_gene_receptor_processed.pdb）用于后续分子对接。重点介绍了基因选择标准、数据库查询技巧和蛋白处理步骤，为蛋白-配体相互作用研究提供标准化操作流程。（149字）
2025-10-01 04:10:11
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原创 使用Gromacs进行蛋白和配体小分子的动力学模拟+结果分析全流程教程
先选protein，选择non-water，使用pymol打开delWater.pdb，输入util.ss('all')展示cartoon，点击file-Export Moive as-MPEG。这一步完成后，文件夹中会出现以下三个文件，其中gro 文件用于记录蛋白的初始坐标，top 文件记录蛋白的拓扑信息和力场信息，itp 与top文件类似。接下来使用Spdbv软件打开蛋白，如果蛋白中存在原子缺失情况，就会出现以下的提示，如果不存在就不会显示，同时保存为rep.pdb。
2025-09-27 07:50:49
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原创 看不懂分子动力学模拟的结果？一文读懂RMSD曲线
随后，将每一帧结构与初始模板进行叠合，计算对应原子的平均偏移量，即RMSD。总之，掌握 RMSD 的解读方法，就等于抓住了评估分子动力学模拟成败与质量的“总开关”。①在模拟初始阶段，RMSD会从0迅速上升，这是蛋白质从静态晶体或模型结构释放到溶液环境中并逐渐适应的正常过程。②经过一段时间后，曲线不再系统性上升或下降，而是围绕一个平均值，小幅度地上下波动，形成一个稳定的“平台”。这种情况下，RMSD 在初始快速上升后，并未进入平台，而是持续甚至加速上升，始终未见收敛。🔍 如何解读不同趋势的RMSD曲线。
2025-09-27 07:29:57
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原创 分子蛋白模拟----XVG文件可视化_
计算蛋白质骨架的RMSD并绘制曲线，线条颜色设为红色，宽度为2，坐标轴间距通过。通过RMSF（均方根波动）评估残基柔性，结果以柱状图展示，颜色和宽度可调。加载PDB格式的蛋白和配体文件，支持其他格式（如GRO、XTC）。散点图展示配体原子位置，边距设置为0.2单位，颜色参数可自定义。统计蛋白与配体间的氢键数量，生成折线图并保存为SVG。残基柔性分析：评估蛋白结构中残基的柔性和动态特性。回旋半径文件：操作中需要拖入的特定文件。文件操作：拖入容积可及面积文件进行修改。1) 拖入蛋白和配体的msd文件。
2025-09-27 07:18:38
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原创 蛋白分子模拟——xvg文件生成
以下提供基于Python的分子动力学模拟后处理代码框架，结合GROMACS工具链实现所需功能。代码按模块化设计，可直接嵌入现有分析流程。
2025-09-27 07:13:01
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原创 分子动力学——推荐文章以及网站
本文推荐GROMACS蛋白质模拟入门必看的3篇优质教程：1)微信公众号文章提供简明步骤和详细命令解释；2)Jerkwin博客详解多肽-蛋白相互作用模拟流程；3)CSDN博客介绍空蛋白模拟的一般步骤。同时推荐计算化学公社论坛作为问题解决平台。这些资源对初学者理解命令含义、掌握整体流程很有帮助，适合作为入门参考长期保存。
2025-09-27 07:07:25
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原创 GROMACS非标准残基教程2：芋螺毒素小肽实例
在本教程的第一部分中, 我们整理了GROMACS处理非标准残基的理论流程, 但如果你不熟悉GROMACS的力场结构, 单单根据那个流程来处理非标准残基仍然存在很大困难. 为此, 在本教程的第二部分中, 我们以一个具体实例来说明使用GROMACS时, 如何处理非标准残基, 如何在GROMACS力场文件中添加新的残基数据.
2025-09-27 06:57:57
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原创 GROMACS分子动力学模拟教程：多肽-蛋白相互作用
该教程介绍了运行蛋白质分子动力学（MD）模拟的完整流程，重点考察多肽结合蛋白受体的构象选择与诱导匹配机制。教程分为三部分：前期准备（Linux环境设置、结构获取与处理）、MD模拟（体系构建、能量最小化、平衡与成品模拟）以及数据分析（质量检查、构象分析、自由能形貌等）。学生将学习使用GROMACS设置模拟参数，运行50ns的MD模拟，并通过回旋半径、RMSD、氢键网络等分析评估多肽构象采样情况。教程特别强调周期性边界条件处理、模拟收敛性判断以及不同初始构象对采样结果的影响，最终通过自由能形貌图识别代表性构象，
2025-09-27 06:55:43
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原创 Building GROMACS
本文介绍了GROMACS 2025.3的安装与构建指南，主要内容包括： 快速安装：需要C/C++编译器、CMake 3.28+，解压源码后创建独立构建目录运行cmake、make和make install。 硬件支持：支持多种CPU架构（x86、PowerPC、ARMv8等）和GPU加速（CUDA、OpenCL、SYCL等），针对不同厂商GPU提供了推荐的后端选择。 依赖项： 必须的FFT库（推荐FFTW或MKL） MPI支持（用于多节点并行） 线性代数库（BLAS/LAPACK） 构建选项： SIMD指令
2025-09-27 06:51:44
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原创 Free Energy Calculations: Methane in Water自由能计算：甲烷在水中的情况
本教程详细介绍了如何使用GROMACS 2018.x版本计算甲烷在水中的自由能变化，重点演示了通过Bennett接受比(BAR)方法解耦范德华相互作用的过程。教程包含七个主要步骤：理论基础、拓扑结构检查、工作流程设计、能量最小化、平衡过程、生产模拟和数据分析。通过21个λ值窗口的模拟，最终获得甲烷水合自由能为2.18±0.02 kcal/mol，与文献值2.24±0.01 kcal/mol高度吻合。教程还探讨了该方法在配体-受体结合自由能计算等高级应用中的扩展使用，并提供了完整的脚本和参数文件。该案例为理解
2025-09-27 06:47:30
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原创 GROMACS Tutorial GROMACS 教程Protein-Ligand Complex 蛋白质-配体复合物
我们现在面临的问题是 JZ4 配体在任何 GROMACS 提供的力场中都不是一个被识别的实体，因此如果你尝试通过 pdb2gmx 处理这个文件，它将给出致命错误。我们还有 cgenff_charmm2gmx.py 生成的"jz4_ini.pdb"文件，其中包含所有必要的氢原子，并与 JZ4 拓扑中的原子名称匹配。我们将重点关注名为"JZ4"的配体，它是 2 丙基酚。这种交互式选择是必要的，因为 N 端残基是蛋氨酸（MET），这会导致 pdb2gmx 选择一种不兼容的末端类型，该类型是为碳水化合物设计的。
2025-09-27 06:42:08
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原创 GROMACS Tutorial GROMACS 教程Building Biphasic Systems构建双相系统
本教程详细介绍了如何使用GROMACS构建环己烷-水双相系统。主要步骤包括：1)通过随机插入或网格构建方法准备环己烷层；2)使用editconf模块调整系统尺寸并将环己烷层定位在特定位置；3)用水溶剂化剩余空间。教程还提供了向水层添加蛋白质的方法，以及扩展系统尺寸的技巧。作者强调本教程仅涉及系统构建，不包含模拟方法细节，并提供了平衡后的环己烷层文件下载。该教程适用于GROMACS 2018.x系列版本，旨在帮助用户掌握在特定位置构建双相系统的基本原理。
2025-09-27 06:37:11
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原创 GROMACS Tutorial GROMACS 教程Umbrella Sampling
本文介绍了使用GROMACS进行伞形采样的完整流程，用于计算两种分子间的结合自由能（ΔGbind）。教程详细说明了从系统准备到数据分析的七个步骤：1)准备拓扑文件；2)定义单元胞；3)添加溶剂和离子；4)能量最小化和平衡；5)沿反应坐标生成构型；6)进行伞形采样模拟；7)使用加权直方图分析(WHAM)提取平均力势(PMF)并计算结合能。特别强调了拉力模拟的参数设置技巧和注意事项，包括力常数、拉拔速率的选择，以及如何避免周期性边界条件带来的伪影。教程以Aβ42原纤维肽解离为例，展示了从5.0nm拉拔距离中提取
2025-09-27 06:33:40
1142
原创 Membrane Protein: KALP15 in DPPC膜蛋白：KALP 15 在 DPPC
本教程详细介绍了如何在DPPC脂质双层中构建和模拟膜蛋白KALP15的系统。主要内容包括：1. 准备拓扑结构：使用GROMOS9653A6力场处理KALP15肽段，并整合Berger脂质参数；2. 系统构建：通过InflateGRO方法将脂质围绕蛋白质排列，并进行溶剂化和离子添加；3. 平衡阶段：先进行NVT平衡稳定温度，再进行NPT平衡稳定压力；4. 生产模拟：运行1ns的分子动力学模拟；5. 分析方法：介绍了氘序参数、密度分布、脂质面积和扩散系数等膜蛋白特有的分析方法。教程特别强调由于Berger脂质参
2025-09-27 06:26:25
842
原创 GROMACS Tutorials Lysozyme in Water 水中的溶菌酶
本教程详细介绍了使用GROMACS 2025.2版本进行溶菌酶水溶液模拟的完整流程。从蛋白质结构准备开始（1AKI PDB文件处理），通过pdb2gmx生成拓扑文件，使用editconf定义模拟盒子，solvate添加水分子，genion中和系统电荷。随后进行能量最小化消除空间冲突，分NVT和NPT两个阶段进行系统平衡（分别稳定温度和压力）。最后进行10ns的生产模拟，并特别说明新版GROMACS可利用GPU显著加速计算（如Titan Xp GPU可达196ns/天）。教程强调关键参数设置和结果验证方法，包
2025-09-27 06:12:02
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原创 GROMACS Tutorials 《GROMACS 教程》
GROMACS教程系列由弗吉尼亚理工大学Justin A. Lemkul博士编写，包含7个分子动力学模拟实践指南，已更新至2018版本。教程涵盖从基础（溶菌酶水溶液模拟）到进阶内容（膜蛋白模拟、伞采样、自由能计算等），适合不同水平用户学习使用这款开源分子动力学软件。作者强调需使用GROMACS 2018及以上版本，并欢迎反馈错误，但谢绝一般性咨询请求。相关教程理论背景已发表在《Living Journal of Computational Molecular Sciences》，文档采用开源协作模式持续更新
2025-09-27 06:04:11
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原创 皮肤科规培考点-40病理
色素痣、表皮样囊肿、汗管瘤、脂肪瘤、多发性脂囊瘤、.皮肤纤维瘤、皮脂腺痣、表皮痣、基底细胞癌、鳞状细胞癌、鲍恩病、湿疹样癌、黑色素瘤。
2025-02-27 16:03:08
338
原创 皮肤科规培考点----红斑丘疹鳞屑性皮肤病--- 多形红斑
重症多形红斑=黏膜损害+前驱感冒症状+四肢远端大小不一红色丘疹+多形态皮疹+同心圆状环形红斑，部分中央暗红色或点状结痂+病程自限性+否认药物服用及过敏史。前驱感冒症状+四肢远端大小不一红色丘疹+多形态皮疹+同心圆状环形红斑，部分中央暗红色或点状结痂+病程自限性+否认药物服用及过敏史。以泼尼松为例，> 1 mg/kg·d或者1-1.5mg/(kg*d)中等剂量：以泼尼松为例，0.5 ~ 1 mg/kg·d；小剂量：以泼尼松为例，< 0.5 mg/kg·d；大剂量：以泼尼松为例，> 1 mg/kg·d；
2025-02-27 15:46:39
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原创 【R语言进阶】手把手教你绘制精美雷达图[特殊字符]】
person1 = data.frame(skills = c("沟通能力", "团队合作", "问题解决能力", "创新能力", "领导能力"), values = c(7, 8, 6, 9, 7)),person2 = data.frame(skills = c("沟通能力", "团队合作", "问题解决能力", "创新能力", "领导能力"), values = c(6, 9, 7, 8, 6)),🚀 雷达图，又叫蜘蛛图或星形图，是一种超酷的可视化工具，能帮你轻松展示多维数据的关系。
2025-01-23 20:39:49
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原创 如何在data.table中处理缺失值
今天我要和大家分享一个超实用的R语言技巧——如何在data.table中处理缺失值，并且提供了一个自定义函数calculate_missing_values来帮你快速找到缺失值所在的行和列。通过本文介绍的 calculate_missing_values 函数，R语言用户可以更加高效地处理包含缺失值的 data.table 数据集。为了更好地理解上述方法，下面是一个具体的示例代码，展示了如何使用 calculate_missing_values 函数来处理一个包含缺失值的 data.table 数据集。
2025-01-23 20:32:26
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原创 数据可视化小技巧 | R语言ggplot2包绘制分组点图[特殊字符]
用scale_fill_manual函数为每个分组的点设定不同的颜色，用theme_minimal函数将绘图主题设置为简约风格。然后，我们来创建一个模拟数据框data，里面包含Group和Value两列，模拟三个分组数据，每个分组都有100个观测值。这样我们就能动手绘制分组点图啦！用ggplot函数创建绘图对象，指定x轴和y轴变量及分组信息，然后调用geom_dotplot函数绘制分组点图。分组点图的灵活性很强哦！今天来和大家分享一个超实用的数据可视化技巧——用R语言的ggplot2包绘制分组点图！
2025-01-23 20:23:28
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原创 生存网络与mlr3proba
通过结合生存网络和mlr3proba，可以使用生存网络模型来预测个体在给定时间点发生事件的概率，并使用mlr3proba提供的工具进行模型的训练、评估和选择最佳模型。iii）基本的机器学习（ML）方法，如重新排序和调整。在本文中，我们将只讨论前五种，因为它们在文献中得到了更好的建立，并且它们具有相同的接口，这简化了调优，我们将在下面看到。我们不会为模型指定自定义架构，而是使用默认架构，如果你熟悉PyTorch，那么你可以选择创建自己的架构，如果你愿意的话，通过将其传递给模型中的custom_net参数。
2025-01-23 20:15:37
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原创 【Survival Analysis and Time-Dependent ROC Curve Script】代码--实测可行
【代码】【Survival Analysis and Time-Dependent ROC Curve Script】代码--实测可行。
2025-01-23 20:01:21
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原创 生存数据cox-nomogram-临床预测研究代码-实测可行
传统的模型评估方法常存在一个关键误区：在训练集和验证集中分别建立独立模型。这种做法实际上会严重扭曲模型的真实预测能力。正确的方法是在训练集中建立统一模型，并使用相同的模型参数分别对训练集和验证集进行性能评估。在临床预测研究中，构建一个可靠、准确且具有广泛适用性的预测模型是研究者面临的核心挑战。模型的有效性不仅取决于其在开发阶段的性能，更重要的是其在未知数据集上的泛化能力。这种方法不仅能准确反映模型的实际预测能力，还能确保研究结果的科学性和可重复性。对于临床预测研究而言，方法的严谨性与结果的可靠性同等重要。
2025-01-23 17:41:53
508
原创 “““【运用 R 语言里的“predict”函数针对 Cox 模型展开新数据的预测以及推理。】“““
本文详细介绍了在R语言中使用predict函数对Cox比例风险模型进行新数据预测的具体步骤。核心观点包括导入必要的包、准备新数据集、使用predict函数的不同参数（type = "survival" 和 type = "risk"）来进行生存概率和风险比的预测，以及如何输出和查看这些预测结果。本文主要介绍了如何在R语言中使用predict函数对已拟合的Cox比例风险模型进行新数据的预测和推理。首先需要导入R语言中的survival包，该包提供了实现Cox比例风险模型和其他生存分析方法的功能。
2025-01-23 17:14:52
1404
原创 【configparser.NoSectionError: No section: ‘versioneer‘】
下载后本地安装：pythonsetup.pyinstall。自行修改两个文件：我已经上传，自行下载。如果还没有成功，请留言。
2025-01-20 00:00:06
602
原创 【MLR3_Terminate after a specific performance has been reached：达到特定性能指标后停止】
需要达到的性能水平。如果性能超过（相应的度量必须最大化）或福尔斯（相应的度量必须最小化）此值，则终止。如果终止条件为正，则为TRUE，并且 否则，请执行以下操作。：在给定迭代次数中确实找到表现很好的参数组合后停止。这个类的对象可以用这个方法克隆。类在达到性能级别后终止优化。Super class 超类。Dictionary 字典。：达到特定性能指标后停止。：达到特定性能指标后停止。Arguments 论点。Arguments 论点。See also 另见。创建此R6类的新实例。Examples 示例。
2024-12-24 16:06:53
855
原创 WSL安装过程中出现 0x80072EE2 错误
这个问题应该是由DNS解析服务出现了某些问题导致“第一次打开子系统时的初始化安装操作”出现错误，在[以太网 状态]中我发现DNS服务器使用的是本机路由器的地址，我将它替换为。我的问题解决了，如果没解决，评论区留言。现在我可以正常安装了。关于这个问题我在刚刚。
2024-12-15 00:52:46
5673
前列腺癌GWAS研究（GCST006085）29892016-GCST006085-EFO-0001663-build37.f
2024-09-25
py -m pip install nvidia-cudnn-cu12
2024-09-24
01-MorphableModel.mat
2023-06-05
mxnet==1.7.0.post2
2022-06-07
torchvision-0.11.1+cu113-cp38-cp38-win_amd64
2022-06-02
org.Hs.eg.db_3.5.0.tar.gz下载一直报错
2022-05-26
Chromoblastomycosis
2022-05-10
SEER数据库简介 Documentation of SEER*Stat Variables
2022-05-09
pycocotools_windows-2.0.0.2-cp38-cp38-win_amd64.whl
2022-05-04
空空如也
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