HPC使用 - 解决source activate无法激活anaconda虚拟环境

问题描述

准备用sh脚本提交任务到HPC，但是发现sh脚本中source activate无法激活anaconda虚拟环境，所以导致一直报错 某些package没有安装。

通过比对package的版本，发现anaconda虚拟环境 其实并没有被激活。

sh脚本代码如下：

python -V

conda -V

source activate your_env

python -V

conda -V

解决办法

激活anaconda虚拟环境时，在shell脚本中必须指明conda环境的绝对路径。

sh脚本代码如下：

python -V
conda -V
source /home/.../anaconda3/bin/activate /home/.../anaconda3/envs/your_env
python -V
conda -V

参考

linux下shell脚本激活conda环境后，无法使用相应环境下软件包的解决办法_conda 打包环境到服务器上解压无法使用-CSDN博客