最近使用HPC集群,提交作业的脚本需要用到特殊的conda环境,因此需要在脚本中激活conda环境。在网上查了很多教程,最终的结果是在脚本中虽然相应的环境激活了,但是该环境下安装的软件包无法使用,还是指向了系统路径下的软件。最终的解决办法是在shell脚本中必须指明conda环境的绝对路径。如下:
#!/bin/bash
source /public/software/anaconda3/bin/activate /public/home/hpc_xhk/.conda/envs/alphafold
注:环境alphafold必须指定绝对路径才能正常访问alphafold环境下安装的软件包,否则相应的软件还是指向系统路径下软件