linux下的source命令

背景：在一个项目中，需要在shell脚本文件中激活虚拟环境，然后在指定的虚拟环境中执行python脚本。遇到了各种坑，主要有：conda命令找不到、conda activate命令找不到、Docker相关问题。文本主要记录source命令含义，以及解决在脚本中激活虚拟环境的问题。
 

source命令

• 语法：source filename [arguments]
• 返回值：退出状态码
• 参数：传递给filename的参数
• 功能：source是bash shell的内置命令，用于读取filename脚本文件中的命令，并在当前shell执行。由于filename的执行环境是在当前shell，因此常用source命令在配置文件改变后，重新执行配置文件，避免重新登录。
   

source filename 与sh filename的区别

sh 会新建一个子shell，并在子shell中读取执行filename中的命令。子shell会继承父shell的环境变量，但子shell中新生成的变量或者环境变化并不会传播到父shell中，如需将新变量导入到父shell中，需使用export命令。
 

source activate激活虚拟环境报错

当使用source activate env_name时，提示“bash: activate: No such file or directory”错误，表示bash在环境变量中找不到activate命令，此时需要设置conda路径到环境变量。解决方案：

export PATH="~/miniconda3/bin:$PATH"

source activate 与conda activate的区别

• 重要的一点: source activate 可以在shell脚本开头处激活虚拟环境，而用conda activate则提示“CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use ‘conda activate’.”错误。这点很重要，因为经常需要在脚本中先激活特定的环境，然后在特定环境中执行python脚本。观察下列实例，假设test.sh的代码如下：

  #! /bin/bash
  source activate python3.6
  

命令 sh -c “source activate python3.6” 不会对当前shell环境产生影响，因为sh会开启一个子shell，然后在子shell中激活了环境python3.6，然后结束命令退出子shell。

命令 sh -c "conda activate python3.6" 相当于在shell脚本开始处，激活环境，但出现conda activate NotFoundError，该问题的解决办法见后面。

命令source test2.sh不会报错，并且在当前shell中成功激活python3.6虚拟环境。

• 在网上还发现两者的另外一个区别：“从conda 4.4.0起，conda activate和conda deactivate是激活和退出环境的首选命令。它们比以前conda版本的source activate和source deactivate命令要灵活得多。conda activate命令还具有以下优点：（1）在所有操作系统，shell和平台上都是通用的，以及（2）没有与其他软件包（如python virtualenv的激活脚本）的脚本发生路径冲突。”
   

source 与source activate的区别

这是个简单但容易混淆的点，本质上source命令还是上面提到的bash的内置source命令，而activate本质是在 ~/miniconda3/bin目录下的一个可执行文件（同理deactivate也是位于同一位置的可执行文件）。activate后接的虚拟环境名称将作为参数输入到activate可执行文件中执行，源码如下所示：

 

shell脚本中激活conda虚拟环境

当在shell脚本中用conda activate激活虚拟环境时，会包如下错误：

查看conda init相关信息，发现在安装miniconda3时，会将下列信息自动写入~/.bashrc配置文件中，源码如下所示：

注意，打马赛克的地方是用户主目录地址，这个地方每个人不一样，后续用得上这段代码，将这段代码复制到需要调用虚拟环境的脚本最上面，然后激活虚拟环境。例如代码test3.sh所示：

#!/bin/sh
# >>> conda initialize >>>
# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
__conda_setup="$('~/miniconda3/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
if [ $? -eq 0 ]; then
    eval "$__conda_setup"
else
    if [ -f "~/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
        . "~/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh"
    else
        export PATH="~/miniconda3/bin:$PATH"
    fi
fi
unset __conda_setup
# <<< conda initialize <<<

# conda启动虚拟环境
conda activate python3.6

# 在指定的虚拟环境中启动特定脚本
python main.py

综合参考文献2、3， 当使用sh test3.sh命令时，会开启一个子shell，然后在子shell中激活python3.6虚拟环境，然后执行main.py(假设main.py依赖于python3.6环境），执行完毕后正常退出子shell，并进入当前shell环境。注意这种模式下当前环境是没有变化的，若需要当前环境也切换到python3.6，则使用source test3.sh。
 

参考资料

【anaconda】激活环境失败

在Linux的shell脚本里激活conda 虚拟环境

用shell脚本激活conda虚拟环境