打开DICOM文件需要注意到的点

大路诗人路小果

已于 2024-04-08 22:07:10 修改

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文章标签： python 开发语言

于 2024-04-01 01:04:12 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/a14285700/article/details/137213815

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本文讲述了在Python中处理DICOM医学图片时，特别关注窗口信息的重要性，以及如何正确读取、预处理和调整图像以避免信息丢失，包括使用PIL.Image库和窗口中心、宽度计算等技巧。

摘要由CSDN通过智能技术生成

DICOM图片用来存储医学信息

我一般处理的是图像信息，总结一下踩过的坑

在这里插入图片描述

打开DICOM文件需要注意到的点

DICOM图片使用python进行打开一定要注意窗口问题，dicom文件里面存储了很多其他的附加信息，不仅仅是图片，其中最重要的一个条就是要使用窗口信息。如果窗口信息不正确，由于dicom文件不是8位或者标准的浮点图片存储，它的位数很大，你直接读取，可能就是黑色的图。同时 窗口信息 可能不止一个，有多个，需第一组，或者最后一组就行。
进行dicom文件显示的时候，我们一般使用PIL.Image库，但是要注意dicom文件加载出来的是 浮点数，直接使用Image进行存储都是黑漆漆的，Image支持uint8，float32的图片如果在不乘以255就进行数据格式的改变的话，它截取所有小于1的为0，1值，在0-255区间就是黑色，所以信息全部损失了。所以在展示保存或者其他操作之前，一定要将图片先乘以255，然后再改变数据格式，这样才能正确的显示实际的信息。

在这里插入图片描述

我在处理DICOM文件时的一些操作

def preprocess_image(self, image_path, target_height=1350, target_width=900, fill=0, change_side='right', padding_mode='constant'):
        dicom = pydicom.dcmread(image_path)
        try:
            window_center = dicom.WindowCenter
            window_width = dicom.WindowWidth
            
            # 如果WindowCenter和WindowWidth是列表，选择第一个值
            if isinstance(window_center, pydicom.multival.MultiValue):
                window_center = window_center[0]
            if isinstance(window_width, pydicom.multival.MultiValue):
                window_width = window_width[0]
        except Exception as e:
            print(f"文件 {image_path} {e} 没有窗口参数")
        dicom_image = apply_voi_lut(dicom.pixel_array, dicom)
        min_val = window_center - (window_width / 2)
        max_val = window_center + (window_width / 2)
        dicom_image = np.clip(dicom_image, min_val, max_val)
        dicom_image = (dicom_image - min_val) / (max_val - min_val)
        dicom_image = dicom_image.astype(np.float32)
    
        original_height, original_width = dicom_image.shape
        new_height = target_height  # 保持高度不变
        new_width = int(original_width * (new_height / original_height))  # 根据新的高度比例调整宽度
    
        # 根据目标宽度调整图像
        if new_width < target_width:
            padding = target_width - new_width
            if change_side == 'left':
                img_padded = cv2.copyMakeBorder(dicom_image, 0, 0, padding, 0, cv2.BORDER_CONSTANT, value=fill)
            else:
                img_padded = cv2.copyMakeBorder(dicom_image, 0, 0, 0, padding, cv2.BORDER_CONSTANT, value=fill)
        elif new_width > target_width:
            crop = int((new_width - target_width) / 2)
            if change_side == 'left':
                img_padded = dicom_image[:, crop*2:]
            else:
                img_padded = dicom_image[:, :-crop*2]
        else:
            img_padded = dicom_image
    
        img_resized = cv2.resize(img_padded, (target_width, target_height), interpolation=cv2.INTER_LANCZOS4)
        img_resized = np.clip(img_resized, 0, 1)
    
        preprocess = transforms.Compose([
            transforms.ToTensor(),
        ])
        return preprocess(img_resized)