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生物信息
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使用SMRTlink分析转录组三代测序(PacBio Iso-seq)(未完成)
目录摘要安装流程 摘要 测序三个样品: sample1.subreads.bam # 测序结果,一般都有几百GB的大小 sample1.subreads.bam.pbi # 由pbindex根据bam文件生成的索引文件,与samtools index生成的索引文件不同 sample2.subreads.bam sample2.subreads.bam.pbi sample3.subreads.bam sample3.subreads.bam.pbi 安装 略 流程 1、生成CCS序列,这一步比较耗时原创 2021-03-14 15:50:10 · 6076 阅读 · 2 评论 -
计算基因组染色体长度的Python脚本
调用命令:python cal_chrom_length.py hg19.fasta hg19.len import sys import os fasta_path = sys.argv[1] len_path = sys.argv[2] temp_path = len_path + ".temp" fw = open(len_path, "w+") os.system("fasta原创 2017-06-21 15:00:49 · 5020 阅读 · 0 评论