使用SMRTlink分析转录组三代测序（PacBio Iso-seq）（未完成）

最新推荐文章于 2024-06-28 14:46:45 发布
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分类专栏： 生物信息 文章标签： shell
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版权
本文详述了使用SMRTlink进行三代转录组测序数据分析的完整流程，包括生成CCS序列、去除barcode、polyA修剪、聚类、抛光、比对和折叠等步骤，并指出了在实际操作中遇到的文件命名和排序问题。
摘要由CSDN通过智能技术生成

目录

摘要

测序三个样品：

sample1.subreads.bam			# 测序结果，一般都有几百GB的大小
sample1.subreads.bam.pbi		# 由pbindex根据bam文件生成的索引文件，与samtools index生成的索引文件不同
sample2.subreads.bam
sample2.subreads.bam.pbi
sample3.subreads.bam
sample3.subreads.bam.pbi

安装

略

流程

1、生成CCS序列，这一步比较耗时，可以适当分配多一些CPU：

ccs --skip-polish --min-passes 1 --min-rq 0.99 -j 40 sample1.subreads.bam ccs/samples1.bam
ccs --skip-polish --min-passes 1 --min-rq 0.99 -j 40 sample2.subreads.bam ccs/samples2.bam
ccs --skip-polish --min-passes 1 --min-rq 0.99 -j 40 sample3.subreads.bam ccs/samples3.bam

2、去除barcode序列：

lima --isoseq -j 20 ccs/sample1.bam primers.fasta demux/sample1.bam
lima
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PacBio三代全长转录组/Iso-Seq技术及案例分析
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01-04 2640
读透一篇文章比粗读100篇文章都要有用！！！ 参考：产品手册 PacBio三代全长转录组有什么优势？ 近年来，随着高通量测序技术的发展，转录组测序已经成为研究基因表达调控的主要手段。但二代的转录本重构准确率很低，三代可以直接得到全长转录本，无需组装。可改善基因表达定量结果，发现新的基因和转录异构体，鉴定可变剪切及基因融合现象。 Google第一个就是官网介绍，可以立马理解Iso-Seq的字...
SMRT link软件使用手册
06-07
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smrtlink
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11-30 891
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PacBio or Nanopore：测序技术简单对比
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鬼话
06-28 904
在基因组学和生命科学领域，追求知识的旅程不断演变，由揭示DNA和RNA奥秘的技术创新推动。我们熟知的两大测序技术——PacBio和Nanopore，正位于这一领域的前沿。这些由 Pacific Biosciences 和 Oxford Nanopore Technologies 分别开发的先进仪器，开启了基因组探索的新纪元。但这两种技术有何不同呢？本文将简单理解PacBio与Nanopore，剖析它们在解码生命蓝图和照亮遗传景观中的角色。
PacBio三代甲基化分析流程(不包含序列组装)
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12-26 1048
PacBio公司的SMRTLink11代版本的甲基化修饰分析流程,不含序列组装
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cs_mary的博客
03-22 1165
PacBio PacBio测序平台基于其独特的单分子实时测序技术（Single Molecule Real Time，SMRT），通过其超长读长，均一的覆盖度，高度的一致性准及确性提供无与伦比的遗传信息深度解析。该技术帮助科学家获得超越碎片化的基因组草图，得到最完整的从头组装结果，已经使许多极富挑战性的基因组学研究成为可能。 Pacific Biosciences Pacific Bioscie
2020.10.14丨ISO-Seq分析
10-14 5969
Sequel II 平台介绍 零模波导孔(ZMW)：是Sequel II平台的最小测序单元，每个SMRT cell包含800万个零模波导孔。测序时，落入孔中的序列会被反复读取，每读取1次得到1条subread，即一个ZMW中的所有subreads来源于同一条转录本 subread(子序列): 是ploymerase read去掉接头（adapter）后的序列。每个ploymerase read可以分割成一个或多个子序列(subread)，图中共有3条subreads，其中full passes的subr
2021-10-27【WGS】丨Pacbio三代甲基化修饰流程
10-27 3138
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三代测序知识学习----Sequel
wangprince2017
06-13 1879
三代测序知识学习----Sequel (2017-03-26 22:38:34) 转载▼ 分类：三代 知识链接：http://www.pacb.com/blog/new-chemistry-software-sequel-system-improve-read-length-lower-project-costs/ 1：2017年1月23号，发布了新的测序试剂V2 che...
Iso-Seq3|三代全长转录组分析
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​Iso-Seq 3 大家都知道全长转录组（Full-length transcriptome）是基于PacBio和Nanopore三代测序平台，它的优势在于无需打断拼接，直接获得包含5’UTR、3’UTR、polyA尾的mRNA全长序列及完整结构信息，有利于解决二代转录本重构准确率低的问题，从而准确分析有参考基因组物种可变剪接及融合基因等结构信息，克服无参考基因组物种转录本拼接较短、信息不完整的难题。同时还可以借助二代测序数据，进行转录本特异性表达分析，获得更加全面的注释信息。 而Iso-Seq3是最新的
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单细胞测序流程(http://learn.gencore.bio.nyu.edu) 在过去的十多年里，高通量测序技术被广泛应用于生物和医学的各种领域，极大促进了相关的研究和应用。其中转录组测序（RNA-seq）被广泛应用于测定和描绘各类物种的基因或转录本的表达情况。但传统的转录组测序技术（bulk RNA-seq）是基于群体细胞，每个样本包含成千上万个细胞，所以最终反映...
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​一、Smart Link产生背景 当下游设备连接到上游设备时，使用单上行方式容易出现单点故障，造成业务中断。因此通常采用双上行方式，即将一台下游设备同时连接到两台上游设备，以最大限度地避免单点故障，提高网络可靠性。双上行组网虽然能提高网络可靠性，但又引入了环路问题。通常可通过STP（生成树协议），但STP在收敛速度上只能达到秒级，不适用于对收敛时间有很高要求的用户。 Smart Link是一种针对双上行组网的解决方案，实现了高效可靠的链路冗余备份和故障快速切换。 说明：1.Smart Lin..
pb dropdownlistbox 代码设置日期_神灯宝典之PB三代重测序分析实录（一）
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神灯宝典▶◀ PB三代重测序分析实录(一)以PacBio公司SMRT技术为代表的第三代单分子荧光测序平台，相较于传统NGS平台，虽测序费用较高，在CLR模式下测序错误率达5~15%，然而其长读长(十KB到几十KB)，且在HiFi模式下测序准确，无需PCR扩增等优点为以测序为基础的科学研究带来了革命性的突破。目前PB三代测序广泛应用于基因组Denovo、全长转录本检测、宏基因组...
PacBio三代测序专业术语解读
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PacBio三代测序专业术语解读 测序百家•2017年3月28日 pm3:57•生命科学•阅读 844 以下是Pacbio官方的Pacific Biosciences Terminology英文版的中文翻译，仅供参考，如有问题请纠正。 1. 基本技术 circular consensus sequencing (CCS) read:环形一致性序列，这种一致性序列通过对来自单个...
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​ 2018年发的老文章了，文章不错，所以决定再捞一下。文中有3段视频，如需观看请大家移步“基因Share”观看。Pacbio测序原理及SMRT bell文库构建流程简述（二）​mp.weixin.qq.com大家好，今天跟大家继续分享关于PacBio SMRT测序仪的相关知识，分享内容主要参考PB官方的《Template Preparation and Sequencing Guide》并...
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如何拆分pacbio的数据 原创生信阿拉丁生信阿拉丁5月15日 收录于话题 #三代专辑 7个 点击上方关注我们吧 随着pacbio测序的通量不断增加，样品的pooling也越来越常用。如何对混合测序的数据进行拆分呢，这是分析的第一步，也是很重要的一步。 lima是PacBio官方提供的拆分工具，在SMRT的v5.1.0版本中开始提供。替代之前版本的pbbarcode 和 bam2bam，可以为用户提供更好的使用体验。 支持的模式 支持每个样品有自...
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