基因组学
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这个作者很懒,什么都没留下…
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ANNOVAR使用笔记-过流程
gatk的germline mutation call完之后,得到VQSR过滤之后的VCF文件,之前使用了gvcf模式,这里是多个样本合并起来的的文件。首先官网下载ANNOVAR软件,需要注册。官网地址解压后里面有很多.pl文件,这些是用perl写的脚本,可以直接运行,类似于:perl table_annovar.pl +参数初级主要用到的有annotate.pl 下载数据库,注释数据convert2annovar.pl 将变异文件转化annovar可以使用的文件格式annotate_vari原创 2020-07-04 13:35:16 · 2192 阅读 · 1 评论 -
Germline mutation annovar注释后的结果之后的分析
2020/7/2遵循GATK的germline mutation 流程,得到vcf文件后,用annovar软件给予注释,其中multianno.txt文件是最终得到的多种突变的注释文件。可以导入Rstuodio进行分析。读取时,分隔符为 \t 。随项目进展更新。...原创 2020-07-02 22:15:37 · 3798 阅读 · 0 评论