![](https://img-blog.csdnimg.cn/20201014180756922.png?x-oss-process=image/resize,m_fixed,h_64,w_64)
新手
abc1026497385
这个作者很懒,什么都没留下…
展开
-
R 循环中将变量作为对象名
for (i in c(“tmp1”, “tmp2”, “tmp3”)) {print(i)}[1] “tmp1”[1] “tmp2”[1] “tmp3”for (i in c(“tmp1”, “tmp2”, “tmp3”)) {print(get(i))}[1] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0[1] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0[1] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0但是get(i)[2] = 1 时报错Error in get(i)[1.原创 2021-03-12 22:30:56 · 868 阅读 · 0 评论 -
ens2sym <- select(org.Hs.eg.db, keys=row.names(pc9_removebatch_b12),columns=c(“ENTREZID“,“SYMBOL“),
想要基因ID转换,用select函数时报错,ens2sym <- select(org.Hs.eg.db, keys=row.names(pc9_removebatch_b12),columns=c(“ENTREZID”,“SYMBOL”), keytype=“ENSEMBL” )Error in UseMethod(“select_”) :"select_"没有适用于"c(‘OrgDb’, ‘AnnotationDb’, ‘envRefClass’, ‘.environment’, ‘refCl原创 2020-09-15 19:45:39 · 1862 阅读 · 0 评论 -
R输出当前绘图窗口的图片,字符串作为变量引用,折线图,修改坐标刻度名称
如输出pngpng(filename=" ", …)dev.off()字符串作为变量引用:如abc和gfrt为变量名for (i in c(“abc”,“gfrt”)){get(i)[1,2]}原创 2020-08-23 16:41:42 · 489 阅读 · 0 评论 -
Error in .jcall(“RJavaTools“, “Ljava/lang/Object;“, “invokeMethod“, cl, : java.lang.OutOfMemoryE
R语言"xlsx"包读取xlsx很大的文件,报错Error in .jcall(“RJavaTools”, “Ljava/lang/Object;”, “invokeMethod”, cl, :java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space使用“readxl"包即可原创 2020-08-21 16:59:48 · 3426 阅读 · 0 评论 -
生信文献阅读-netNMF-sc 在单细胞测序数据降维和聚类中保留基因间的相互关联信息
原文献:netNMF-sc: Leveraging gene-gene interactions for imputation anddimensionality reduction in single-cell expression analysis简要的说就是用非负矩阵分解,在聚类时对原始的基因相关性保留的比较好。同时间另一篇文献的目标差不多,只是用的是Random projection:SHARP: Hyper-fast and accurate processing of single-cel原创 2020-07-27 17:10:54 · 1330 阅读 · 0 评论 -
R语言获得多个向量中每个元素出现的次数
将多个向量用list()函数组合为,如list1,然后aaa <- table(unlist(list1))sum(aaa == 1)原创 2020-07-09 09:38:42 · 12052 阅读 · 0 评论 -
R中查找某个向量中元素在另一个向量中的位置
取了向量交集之后,想要找到子集在之前的向量中的位置,进行筛选使用match函数,match(x,y),返回x在y中的位置。原创 2020-07-05 13:53:37 · 7136 阅读 · 0 评论 -
ANNOVAR使用笔记-过流程
gatk的germline mutation call完之后,得到VQSR过滤之后的VCF文件,之前使用了gvcf模式,这里是多个样本合并起来的的文件。首先官网下载ANNOVAR软件,需要注册。官网地址解压后里面有很多.pl文件,这些是用perl写的脚本,可以直接运行,类似于:perl table_annovar.pl +参数初级主要用到的有annotate.pl 下载数据库,注释数据convert2annovar.pl 将变异文件转化annovar可以使用的文件格式annotate_vari原创 2020-07-04 13:35:16 · 2192 阅读 · 1 评论 -
vim ctrl+s 之后无法输入解决
今天和同学说话的时候一不留神,在vim里按了ctrl+s,结果无法输入了,去网上看了一下,vim的ctrl + s是阻止之后的输入,只要按ctrl + p即可。原创 2020-07-03 21:34:34 · 496 阅读 · 0 评论 -
转录组和蛋白质组结合分析-入门笔记
2020/7/2为了防止自己每天学了就忘,记录笔记。1.因为翻译调控的存在,转录组和蛋白组之间存在不一致。2.常见的是算出转录组的差异转录基因和蛋白组的差异表达蛋白,分别作为横纵坐标,可以画九象限图。展示。3.蛋白质组可以用msmsTests包来分析。先写这些,以后补充。...原创 2020-07-02 21:51:24 · 3753 阅读 · 0 评论 -
Rstudio xlsx包读取xlsx报错 Error in .jcall(cell, “D“, “getNumericCellValue“) : java.lang.OutOfMemoryEr
Rstudio xlsx包读取xlsx报错 Error in .jcall(cell, “D”, “getNumericCellValue”) : java.lang.OutOfMemoryError: GC overhead limit exceeded换readxl包即可。原创 2020-07-02 18:55:45 · 1319 阅读 · 0 评论 -
R语言因子理解,转自知乎,mark一下
原文链接:如何理解R中因子(factor)的概念?作者:Sanyo链接:https://www.zhihu.com/question/48472404/answer/455193433来源:知乎著作权归作者所有。商业转载请联系作者获得授权,非商业转载请注明出处。一、定义标准定义: 因子用来存储类别变量和有序变量,这类变量不能用来计算而只能用来分类或者计数。举个例子来看。我们在取用数据的...转载 2019-09-06 11:09:42 · 852 阅读 · 0 评论 -
超级菜鸟-trim_galore linux 下载解压后,在trim_galore前加上perl即可使用
超级菜鸟-trim_galore linux 下载解压后,在trim_galore前加上perl即可使用欢迎使用Markdown编辑器你好! 这是你第一次使用 Markdown编辑器 所展示的欢迎页。如果你想学习如何使用Markdown编辑器, 可以仔细阅读这篇文章,了解一下Markdown的基本语法知识。新的改变我们对Markdown编辑器进行了一些功能拓展与语法支持,除了标准的Mark...原创 2019-04-01 16:30:50 · 1100 阅读 · 0 评论 -
转行生物信息学啦,求帮助指导入门!
转行生物信息学啦,求帮助指导入门!本人生物大四学生,保研生化细胞所,不喜欢做实验,经过大概两个月的思考,最终决定转行生信。老师给的建议是先读两本生信概论书籍,了解个大概,希望各位师兄师姐能够给点建议,推荐几本比较好的生信入门书籍。谢谢啦!!!...原创 2019-02-26 16:30:31 · 1567 阅读 · 1 评论