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博客停更转战简书http://www.jianshu.com/u/7ac4047c9cfa转载于:https://www.cnblogs.com/think-and-do/p/7862468.html
2017-11-19 22:13:00
395
转载 Python GUI 编程
Python GUI编程(Tkinter)Python 提供了多个图形开发界面的库，几个常用 Python GUI 库如下：Tkinter：Tkinter 模块(Tk 接口)是 Python 的标准 Tk GUI 工具包的接口 .Tk 和 Tkinter 可以在大多数的 Unix 平台下使用,同样可以应用在 Windows 和 Macintosh 系统里。Tk8.0 的...
2017-09-26 21:40:00
337
转载 画饼图
from matplotlib import pyplot as plt #调节图形大小，宽，高plt.figure(figsize=(6,9))#定义饼状图的标签，标签是列表labels = [u'第一部分',u'第二部分',u'第三部分']#每个标签占多大，会自动去算百分比sizes = [60,30,10]colors = ['red','yel...
2017-09-19 11:15:00
495
转载 MYSQL 命令大全
1、连接Mysql格式： mysql -h主机地址 -u用户名 －p用户密码1、连接到本机上的MYSQL。首先打开DOS窗口，然后进入目录mysql\bin，再键入命令mysql -u root -p，回车后提示你输密码.注意用户名前可以有空格也可以没有空格，但是密码前必须没有空格，否则让你重新输入密码。如果刚安装好MYSQL，超级用户root是没有密码的，故直接回车即可进入到M...
2017-09-11 17:13:00
175
转载 06 基数排序
import mathdef radixSort(list, radix = 10): ''' math.ceil 为x取整，结果是不小于x的最小整数. math.log(x, a) 返回 log 以 a 为底 x 的对数，若不给定 a 则底默认为 e ''' k = int(math.ceil(math.log(max(list...
2017-09-08 21:55:00
140
转载 05 希尔排序
'''希尔排序：将数组列在一个表中并对列分别进行插入排序，重复这过程，不过每次用更长的列来进行。最后整个列表就只有一列了。'''import timestart1 = time.time()def shell_sort(alist): n = len(alist) # 初始步长 gap = n//2 while gap >0:...
2017-09-08 16:58:00
127
转载 04 快速排序
'''快速排序通过一趟排序将要排序的数据分割成独立的两部分，其中一部分的所有数据都比另外一部分的所有数据都要小，然后再按此方法对这两部分数据分别进行快速排序，整个过程可以递归进行，以此达到整个数据变成有序序列'''import timestart = time.time()def quick_sort(alist, start, end): ...
2017-09-08 15:49:00
109
转载 03 插入排序
'''插入排序：通过构建有序序列，对于未排序的数据，在已排序列中从后向前扫描，找到相应的位置并插入'''import timestart = time.time()def insert_sort(alist): # i 从第二个开始遍历[9,8,7,6,5,4,3,2,1] for i in range(1, len(alist)):...
2017-09-08 14:10:00
111
转载 02 选择排序
'''选择排序， 找到最大或最小的，放一边，然后继续找'''import timestart = time.time()def selectionSort(alist): for i in range(len(alist)-1): min_index = i for j in range(i+1,len(alist)): if alist[mi...
2017-09-08 12:55:00
131
转载 01 冒泡排序
'''冒泡排序：比较相邻的元素，如果第一个比第二个大，就交换位置'''import timestart = time.time()def bubble_sort (alist): # 从8-0遍历，step = -1，倒着来. for j in range (len(alist)-1,0,-1): # j = 8,7,6,5,4,3,...
2017-09-08 12:52:00
126
转载 16 Finding a Protein Motif
ProblemTo allow for the presence of its varying forms, a protein motif is represented by a shorthand as follows: [XY] means "either X or Y" and {X} means "any amino acid except X." For example,...
2017-08-04 10:55:00
326
转载 15 Independent Alleles
ProblemFigure 2.The probability of each outcome for the sum of the values on two rolled dice (black and white), broken down depending on the number of pips showing on each die. You can verif...
2017-08-04 09:18:00
248
转载 14 Finding a Shared Motif
ProblemAcommon substringof a collection of strings is asubstringof every member of the collection. We say that a common substring is alongest common substringif there does not exist a lon...
2017-08-03 14:46:00
283
转载 13 Calculating Expected Offspring
ProblemFor arandom variableXXtaking integer values between 1 andnn, theexpected valueofXXisE(X)=∑nk=1k×Pr(X=k)E(X)=∑k=1nk×Pr(X=k). The expected value offers us a way of taking the long...
2017-08-03 10:53:00
201
转载 12 Overlap Graphs
ProblemA graph whose nodes have all been labeled can be represented by anadjacency list, in which each row of the list contains the two node labels corresponding to a unique edge.Adirected ...
2017-08-03 09:01:00
442
转载 11 Mortal Fibonacci Rabbits
ProblemFigure 4.A figure illustrating the propagation of Fibonacci's rabbits if they die after three months.Recall the definition of theFibonacci numbersfrom“Rabbits and Recurrence Re...
2017-08-02 15:13:00
307
转载 10 Consensus and Profile
ProblemAmatrixis a rectangular table of values divided into rows and columns. Anm×nm×nmatrix hasmmrows andnncolumns. Given a matrixAA, we writeAi,jAi,jto indicate the value found at ...
2017-08-02 13:07:00
307
转载 09 Finding a Motif in DNA
ProblemGiven twostringsssandtt,ttis asubstringofssifttis contained as a contiguous collection of symbols inss(as a result,ttmust be no longer thanss).Thepositionof a symbol...
2017-08-02 11:18:00
183
转载 08 Translating RNA into Protein
ProblemThe 20 commonly occurring amino acids are abbreviated by using 20 letters from the Englishalphabet(all letters except for B, J, O, U, X, and Z).Protein stringsare constructed from th...
2017-08-02 10:37:00
300
转载 07Mendel's First Law
ProblemFigure 2.The probability of any outcome (leaf) in a probability tree diagram is given by the product of probabilities from the start of the tree to the outcome. For example, the proba...
2017-08-01 18:32:00
256
转载 06 Counting Point Mutations
ProblemFigure 2.The Hamming distance between these two strings is 7. Mismatched symbols are colored red.Given twostringsssandttof equal length, theHamming distancebetweenssandt...
2017-08-01 18:27:00
111
转载 05 Computing GC Content
ProblemThe GC-content of aDNA stringis given by the percentage ofsymbolsin the string that are 'C' or 'G'. For example, the GC-content of "AGCTATAG" is 37.5%. Note that thereverse compleme...
2017-07-30 13:47:00
297
转载 04 Rabbits and Recurrence Relations
ProblemAsequenceis an ordered collection of objects (usually numbers), which are allowed to repeat. Sequences can be finite or infinite. Two examples are the finite sequence(π,−2–√,0,π)(π,−2...
2017-07-29 22:01:00
182
转载 03 Complementing a Strand of DNA
ProblemInDNA strings,symbols'A' and 'T' are complements of each other, as are 'C' and 'G'.Thereverse complementof aDNA stringssis the stringscscformed by reversing the symbols ofss...
2017-07-29 13:57:00
238
转载 02 Transcribing DNA into RNA
ProblemAnRNA stringis astringformed from thealphabetcontaining 'A', 'C', 'G', and 'U'.Given aDNA stringttcorresponding to a coding strand, its transcribedRNA stringuuis formed by ...
2017-07-29 13:37:00
165
转载 01 A Counting DNA Nucleotides
ProblemAstringis simply an ordered collection of symbols selected from somealphabetand formed into a word; thelengthof a string is the number of symbols that it contains.An example of a...
2017-07-29 13:33:00
138
转载 002 生信基础题
001 'GATCCAGATCCCCATAC'， 计算这串数列中两个出现最高的频率。t = 'GATCCAGATCCCCATAC'L = [ ]for i in range(len(t)-1): L.append(t[i:i+2])x = reduce(lambda x,y: x if L.count(x)>L.count(y) else y...
2017-07-28 12:52:00
154
转载 PCA 原理
PCA的数学原理(转)1 年前PCA（Principal Component Analysis）是一种常用的数据分析方法。PCA通过线性变换将原始数据变换为一组各维度线性无关的表示，可用于提取数据的主要特征分量，常用于高维数据的降维。网上关于PCA的文章有很多，但是大多数只描述了PCA的分析过程，而没有讲述其中的...
2017-07-25 19:04:00
135
转载 基于保守性和规则性的预测方法SIFT和PolyPhen
有什么特征可以帮助我们来区分导致功能和表型变化的变异和其他变异，然后我们如何综合特征来做出一个预测模型？表型或功能的改变(phenotypical/functional effect)a,个体表型上的体现（导致疾病的或不导致疾病的）b,演化上的概念（它是不是会影响这个人的适应性，deleterious,还是说它对人的 这个 适应性没有影响，即neutral）c,特征（比如头发，身高...
2017-07-10 20:46:00
2050
转载 BWA/BWT 比对软件
名称 bwa– Burrows-Wheeler Alignment Tool内容摘要描述命令行与选项SAM 比对格式短序列比对注意事项 比对精确性 估计插入大小分布 内存需求 速度Bwa-0.6中的改变其他作者引用与授权历史摘要b w a i n d e x r e f . f ab w a m e m ...
2017-07-09 10:52:00
876
转载 Linux Basic学习笔记01
介绍课程： 中级： 初级：系统基础 中级：系统管理、服务安全及服务管理、Shell脚本； 高级： MySQL数据库； cache & storage 集群： Cluster lb: 4layer 7layer ha: 分布式： zookeeper 分布式文件系统 虚拟化技术： xen kvm Openstack：I...
2017-07-04 09:32:00
337
转载 bash 环境配置及脚本
bash是 Bourne Again Shell简称 ，从unix系统的sh发展而来查看当前shellecho $SHELL查看系统支持的shellcat /etc/shellscd /binls -la *sh一、 bash shell的配置变量可分为自定义变量和环境变量他们作用范围不同set 可以查看所有变量set|more 查看 enter一行一行查看set|less ...
2017-07-01 19:54:00
166
转载 Linux vi/vim
Linux vi/vim所有的 Unix Like 系统都会内建 vi 文书编辑器，其他的文书编辑器则不一定会存在。但是目前我们使用比较多的是 vim 编辑器。vim 具有程序编辑的能力，可以主动的以字体颜色辨别语法的正确性，方便程序设计。相关文章：史上最全Vim快捷键键位图 — 入门到进阶什么是 vim？Vim是从 vi 发展出来的一个文本编辑器。代码补完、...
2017-07-01 18:55:00
73
转载 Linux 正则表达式
正则表达式中各种字符的含义正则表达式(regular expression)描述了一种字符串匹配的模式，可以用来检查一个串是否含有某种子串、将匹配的子串做替换或者从某个串中取出符合某个条件的子串等。列目录时， dir *.txt或ls *.txt中的*.txt就不是一个正则表达式,因为这里*与正则式的*的含义是不同的。正则表达式是由普通字符（例如字符 a 到 z...
2017-07-01 12:31:00
110
转载 001 KNN分类 最邻近算法
1.文件5.0,3.5,1.6,0.6,apple5.1,3.8,1.9,0.4,apple4.8,3.0,1.4,0.3,apple5.1,3.8,1.6,0.2,apple4.6,3.2,1.4,0.2,apple5.3,3.7,1.5,0.2,apple5.0,3.3,1.4,0.2,apple7.0,3.2,4.7,1.4,orange6.4,3.2,4.5,1.5,orange...
2017-06-27 11:21:00
125
转载 测序名解
测序名解高通量测序领域常用名词解释大全看看这么多不会的知识降降温Q啥是高通量测序技术啊？A英文名叫High-throughput sequencing，简称HTS,就是一次对几十到几百万条核酸分子进行序列测定呗。外号叫 下一代测序，也有人叫它深度测序。Q那Sanger法测序又是什么玩意儿？高通量测序叫下一代测序，它叫一代测序。是高通...
2017-06-22 14:20:00
694
转载 CircRNA 环化RNA
2016国自然新秀CircRNA的研究策略和分析转载于:https://www.cnblogs.com/think-and-do/p/6940459.html
2017-06-04 14:32:00
284
空空如也
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