手把手教你看KEGG通路图!
亲爱的小伙伴们,是不是正关注代谢通路研究?或者你正面对数据,绞尽脑汁?小编当然不能让亲们这么辛苦,今天就跟大家分享KEGG代谢通路图的正确解读方法,还在迷糊中的小伙伴赶紧mark起来吧~
怎么看KEGG中代谢通路图?
KEGG,Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,京都基因和基因组百科全书,是系统分析基因功能,联系基因组信息和功能信息的知识库。其中包含有大量的通路图,如下图所示:
1、代谢通路中各种符号标识:
代谢通路图中,一般就是酶,方框里面的数字代表EC编号;
小圆圈代表代谢物,点开会出现C00668的信息,C代表compound,00668是这种化合物在KEGG中的编号。
2、代谢通路中(绿)和(白)底框:
一般,KEGG中存在两种代谢图:
① reference pathway,根据已有的知识绘制的、概括的、详尽的具有一般参考意义的代谢图,为白色小框,在KEGG中名字以map开头,比如map00010;
② species-specific pathway,绿色小框为该物种特有的基因或酶,只有这些绿色的框有更详细的信息。KEGG中名字为特定物种种属英文缩写,比如酵母的糖酵解通路图,sce00010。
3、KEGG富集分析:
统计该物种的富集结果,红色边框的为上调的,绿色边框的为下调的。
KEGG Pathway富集分析不仅仅基于富集分析数据,人为的解读和挑选是必不可少的。因为:
(1) 基因调控是个系统,而不仅作为1个孤立的pathway。
a. 1个基因的改变可以造成整个系统的改变;
b. 1个基因往往有多个功能,但执行具体的功能往往是不同蛋白复合物共同作用。
(2) pathway富集分析的统计假设,并非在任何情况下都适用pathway富集分析,要观察、理解某个核心pathway中基因的相互作用,才能判断其中的基因变化是否有生物学意义。
(3) 现存KEGG等数据库收录的是已有研究结果,更详细的pathway信息需进一步完善。
总 结
Pathway 和 GO富集分析结果的解读,应该从生物学意义的角度出发,Pvalue 和 Q value只是个参考而已,那些不显著的通路也值得解读(从功能注释的角度解读,而不是从富集分析的角度解读)。只要结果可以解释,有意义,真的不用太执着哦!