多组学
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AlisLee
南农大博士,中国农科院基因组所博士后。
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【6】零散记录-EDTA-BUSCO-RepeatMasker
零散记录-EDTA-BUSCO-RepeatMasker-后续再更新原创 2022-01-10 19:58:33 · 579 阅读 · 0 评论 -
【5】基于组装基因组鉴定结构变异--MUMandCo
使用MUMandCo软件对两个组装好的基因组进行结果变异检测原创 2022-01-04 12:16:45 · 756 阅读 · 0 评论 -
【4】RagTag-基于近缘/同物种的基因组同源组装
RagTag简介RagTag可以进行错误组装校正、scaffold组装和修补、scaffold合并等,一共分四步:correct,scaffold,patch,merge。之后,可以用Liftoff进行基因注释。RagTag的conda安装conda install -c bioconda ragtag1. correct校正是使用参考基因组来鉴定和校正contigs中的组装错误,该步骤不会将序列减少或增加,仅仅是将序列在错误组装的位置进行打断。ragtag.py corr.原创 2021-12-16 15:59:46 · 4661 阅读 · 4 评论 -
【3】SALSA-基于HIC数据辅助组装长读长组装结果
使用SALSA和Hi-C对长读长组装结果进行辅助组装原创 2021-12-16 15:25:02 · 1727 阅读 · 0 评论 -
【2】基因功能注释之SwissProt和Interproscan
基因组注释之利用SwissProt 和 Interproscan对基因进行功能注释原创 2021-12-16 13:27:34 · 4546 阅读 · 2 评论