- 博客(49)
- 收藏
- 关注
RSS订阅转载 R语言ggplot中的颜色
ggplot2分组时默认使用的颜色，可以从另一个hadley写的包，scales包中调用。这个包算是一个工具包，用于和hadley写的其他包配合使用，颜色是其中一部分。library(scales)show_col(hue_pal()(3))# show_col(hue_pal(h = c(0, 360) + 15, c = 100, l = 65)(3)) # 和上面一...
2019-08-21 09:59:00
5754
转载 Converting mouse to human gene names with biomaRt package
musGenes <- c("Hmmr", "Tlx3", "Cpeb4") # Basic function to convert mouse to human gene namesconvertMouseGeneList <- function(x){ require("biomaRt")human = useMart("ensembl", d...
2019-07-04 17:48:00
380
转载 利用conda创建工作环境
unset PYTHONPATHecho $PYTHONPATH# https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/# https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/ wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn...
2018-12-12 10:34:00
362
转载 R语言分组计数
输入数据如下：分组计数tapply(cancer.type.gender$Count,list(cancer.type.gender$Gender,cancer.type.gender$Project),sum)aggregate(x=cancer.type.gender[c('Count')], by = list(cancer.type.gender$Gend...
2018-11-07 14:11:00
3646
转载 MAC电脑R语言路径不显示中文
MAC电脑R语言路径不显示中文，可以设置显示为UTF-8Sys.setlocale("LC_CTYPE", "UTF-8") 转载于:https://www.cnblogs.com/qiniqnyang/p/9896062.html
2018-11-02 14:26:00
1196
转载 将一行分成多行.R
Roptions(stringsAsFactors=FALSE)df <- data.frame(x1=c("A","B","D","E"), x2=c("中国、美国","德国、日本","意大利",NA) )country_list <- strsplit(with(df,x2),"、")count_n <- sa...
2018-08-14 17:39:00
1026
转载 temp1
1.从bam文件中提取位点的测序深度samtools depth -b intervals.bed 1.bamintervals.bed文件包括需要提取的位点chr1 39717581chr1 39898741chr1 40928207chr1 91405097chr1 99225626chr1 150812033chr1 155448...
2018-07-18 17:44:00
209
转载 MAC电脑修改ssh端口
简单的把过程写一下：1.备份ssh.plist：cp /System/Library/LaunchDaemons/ssh.plist /Library/LaunchDaemons/ssh2.plistchmod o+w /Library/LaunchDaemons/ssh2.plistvim /Library/LaunchDaemons/ssh2.plistsudo ...
2018-05-08 17:34:00
1271
转载 根据list调取特定基因的fasta序列
fasta序列：>ORF type:5prime_partial len:117 (+) 2T_between1k2k_c100001_f2p26_1105:1-351(+)CCCCAGGACATGAAGGGTGCCTCTCGAAGCCCCGAAGACAGCAGTCCGGATGCCGCCCGCATCCGAGTCAAGCGCTACCGCCAGAGCATGAACAACTTCCAGG...
2017-11-27 14:47:00
318
转载 Ubuntu apt-get不到最新版软件包解决方案
1.可能是系统版本太老的问题解决办法换新系统2.可能是apt源的问题在/etc/apt目录下面有一个source.list文件，修改它，在后面加上下面几个源或者选择性加入#官方源：deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ vivid main restricted universe multiversedeb http://arc...
2017-10-13 09:45:00
584
转载 getGeneLengthFromGTF.R
## Please see https://www.biostars.org/p/196548/#196757## Transcript Lengthlibrary(GenomicRanges)library(rtracklayer)## reading your mm10 gtf file and read only exonsGTFfile <- g...
2017-09-14 09:26:00
270
转载 TCGA_DNA_seq Analysis
DNA-Seq Alignment Command Line ParametersSTEP 1: CONVERTING BAMS TO FASTQS WITH BIOBAMBAM - BIOBAMBAM2 2.0.54bamtofastq \collate=1 \exclude=QCFAIL,SECONDARY,SUPPLEMENTARY \filename...
2017-09-06 13:57:00
251
转载 DecisionCurve决策曲线分析法
这里有一份示例数据，是NHLBI（美国国家心肺血液研究所）的Framingham心脏研究专项数据集的一个子集，4000多个样本。自变量分别为性别（sex）、收缩压（sbp）、舒张压（dbp）、血清胆固醇（scl）、年龄（age）、身体质量指数（bmi）等，因变量为冠心病相关死亡事件（chdfate）。因变量必须是二元变量，随访时间内死亡为1，未死亡为0。一个是简单模型，以血清胆固...
2017-06-13 15:24:00
3313
转载 limma package计算差异表达
test.txt:文件格式： geneTCGA-3M-AB46-01A-11R-A414-31TCGA-3M-AB47-01A-22R-A414-31TCGA-B7-A5TK-01A-12R-A36D-31TCGA-B7-A5TN-01A-21R-A31P-31A2LD14316062731194A2M358...
2017-03-17 09:35:00
536
转载 绘制热图
首先准备数据： gene_ididTCGA-2J-AAB101A-11R-A41B-07TCGA-2J-AAB4-01A-12R-A41B-07TCGA-2J-AAB6-01A-11R-A41B-07TCGA-2J-AAB8-01A-12R-A41B-07TCGA-2J-AAB9-01A-11R-A41B-07TCGA-2J...
2017-01-25 13:43:00
599
转载 查找fasta文件中每条染色体的gc含量
test.fa>chr_1ATCGTCGaaAATGAANccNNttGTAAGGTCTNAAccAAttGggG>chr_2ATCGAATGATCGANNNGccTAAGGTCTNAAAAGG>chr_3ATCGTCGANNNGTAATggGAAGGTCTNAAAAGG>chr_4ATCGTCaaaGANNAATG...
2017-01-12 21:25:00
778
转载 利用tcga数据做生存分析
####teach code####library(survival)#read expression data and modify its class and colnames/rownames#PAAD_gene_expression.csv数据已经经过Z_转换的数据。z_rna <- read.csv(file="PAAD_gene_expression.csv",...
2017-01-12 10:30:00
2122
转载 计算基因组外显子长度
下载基因组外显子信心网站ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/CCDS/current_human/wgetftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/CCDS/current_human/CCDS.current.txt运行下列代码 得到外显子大约36Mimport reimport osfrom collec...
2017-01-09 23:51:00
1924
转载 quantile normalization原理
对于芯片或者其它表达数据来说，最常见的莫过于quantile normalization啦。那么它到底对我们的表达数据做了什么呢？首先要么要清楚一个概念，表达矩阵的每一列都是一个样本，每一行都是一个基因或者探针，值就是表达量咯。quantile normalization 就是对每列单独进行排序，排好序的矩阵求平均值，得到平均值向量，然后根据原矩阵的排序情况替换对应的平均值，所以no...
2016-12-29 11:00:00
1777
转载 做矩阵的相关性
A.txtA1 10.5318295 10.99222177 11.03562467 10.96557789 10.83035429A2 6.739434821 7.116196513 6.580855876 6.373403461 6.171394699A3 8.211470461 7.408179667 8.609446009 7.703020111 8.136612015A4 ...
2016-12-29 10:20:00
221
转载 R中数据拆分和整合
library(data.table)ID <- c(NA,1,2,2)IDTime <- c(1,2,NA,1)TimeX1 <- c(5,3,NA,2)X1X2 <- c(NA,5,1,4)X2mydata <- data.table(ID,Time,X1,X2) mydata`````````````````````````` ID Time ...
2016-12-19 13:57:00
371
转载 三列数据转换为矩阵
1.首先转被数据A1:C62.公式G1:L7SUMPRODUCT(($G2&H$1=$A$1:$A$6&$B$1:$B$6)*($C$1:$C$6))转载于:https://www.cnblogs.com/qiniqnyang/p/6186207.html
2016-12-16 11:33:00
2404
转载 利用cytoscape做网络图
首先做出下面的基因间相互关系图1.准备sif文件data.sif 网络数据文件gene1 pp gene2 gene3 gene4 gene5 gene6 gene7 gene8 gene9node.txt 网络属性文件gene expgene1 0.2gene2 0.3gene3 0.7gene4 0.3gene5 0.9gene6 0.7gene7 0....
2016-12-08 20:40:00
2534
转载 exel按行查找或按列查找
表1：sheet11). 在表1中找出ID号位0928的基因相对应的数值在相对应的单元格输入：B2=VLOOKUP(A:A,Sheet1!A:D,3,0)既可以得到：····························································································...
2016-10-17 18:37:00
210
转载 exel中合并一列相同的数据到一行
Sub 按钮1_Click() Application.ScreenUpdating = Falsearr = Range("a1:c" &[a65536].End(xlUp).Row)[g1].CurrentRegion.ClearContentsCells(1, "g") = arr(1, 1)Cells(1, "h") = arr(1, 2)Ce...
2016-10-14 18:21:00
101
转载 awk中分隔符转换
awk中分隔符转换的问题（转）在awk中明明用OFS重新设置了分隔符，为什么在输出的时候还是原样输出呢！ 他是这么写的： echo 1,2,3,4 | awk 'BEGIN{FS=",";OFS="|"}{print}'”。 其实在awk中，只设置分隔符而不改变文件的内容，重新设置的分隔符是不会生效的，所以必须让awk认为你改变分隔符的同时也改变了文件的...
2016-10-12 17:04:00
478
转载 合并excel中多个sheet
Sub 合并当前工作簿下的所有工作表()Application.ScreenUpdating = FalseFor j = 1 To Sheets.Count If Sheets(j).Name <> ActiveSheet.Name Then X = Range("A65536").End(xlUp).Row + 1 Shee...
2016-10-12 16:40:00
82
转载 合并文件夹里多个excel
Sub 合并当前目录下所有工作簿的全部工作表()Dim MyPath, MyName, AWbNameDim Wb As workbook, WbN As StringDim G As LongDim Num As LongDim BOX As StringApplication.ScreenUpdating = FalseMyPath = ActiveWor...
2016-10-12 16:30:00
150
转载 利用excel拆分数据
要求：将sheet1中的数据按照公司名称拆分到不同的工作表使用VBA：1：打开sheet1的查看代码2：运行······························································································Sub cfs()Dim GSArr() As String '公...
2016-09-25 19:23:00
111
转载 利用RNAseq数据做聚类分析
library(ConsensusClusterPlus)library(factoextra)library(cluster)library(NbClust)# 读入数据data = read.table("T_405_ex.txt",header = T, row.names = 1)b = matrix(data, nrow = 1, ncol = 1)new<-as.mat...
2016-09-19 09:57:00
2070
转载 根据癌变细胞的外显子数据获取肿瘤的“进化树”史
##################################################################################################################### ############## CNA and SNA input ############## #############################...
2016-09-15 17:09:00
275
转载 ConsensusClusterPlus根据基因表达量对样品进行分类
#http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2881355/一致聚类方法，采用重抽样方法来验证聚类合理性。library(ALL)data(ALL)d=exprs(ALL)d[1:5,1:5]#对上面这个芯片表达数据我们一般会简单的进行normalization （本次采用中位数中心化），然后取在各个样品差异很大的那些gene...
2016-09-12 15:14:00
4236
转载 用excel绘制基因芯片热力图
1. 首先我们通过一些方法得到了如下的数据，基于篇幅以及为了教学隐去了其他一些信息。2.选中表达数据，执行 开始—条件格式—色阶 选择一个合适的色阶：3.选择好颜色之后得到了如下结果：4.怎么样，已经有热力图的基本样式了吧，我们需要把文字隐藏掉。首先选择数据区域，然后执行 开始—格式—设置单元格格式：5.在弹出的对话框内，选择数字——自定义，在类...
2016-09-01 16:02:00
540
转载 使用clusterprofile做聚类分析
library(clusterProfiler )#cat test.txtgene_symbolEXOSC10ARHGEF10LVWA5B1SRRM1PTAFRCSMD2SH3GLB1GBP6ZNF326AKNAD1STRIP1GOLPH3L...............a <- read.table("test.txt",colClasses = "charac...
2016-08-31 17:39:00
1674
转载 用excel做差异表达
首先准备数据：表达矩阵ACC.uncv2.mRNAseq_RSEM_normalized_log2.txt（以下载的TCGA的数据，log之后的）上面数据中01为tumor，11为normal我们进行差异分析，就是看两组的表达值，是否差异，而检验的方法就是T检验a=AVERAGE(B2:G2) ##求tumor组的平均表达量b=AVERAGE(H2:O2) ...
2016-08-30 14:03:00
1025
转载 使用R进行倾向得分匹配
pacman::p_load(knitr, wakefield, MatchIt, tableone, captioner)set.seed(1234)library(wakefield)df.patients <- r_data_frame(n = 250, age(x = 30:78, ...
2016-08-26 16:02:00
3208
转载 GSEA的使用
下载GSEA网址：http://software.broadinstitute.org/gsea/downloads.jspgsea2-2.2.2.jarc2.cp.kegg.v5.1.symbols.gmtP53.clsP53_hgu95av2.gctHG_U95Av2.chip运行示例：java -cp gsea2-2.2.2.jar -Xmx1024...
2016-08-17 16:19:00
334
转载 用TCGA收集的mRNA表达数据作差异表达
做差异表达的软件DEseq和edgeR所需要的数据格式必须是原始counts,经过normalization和log2后的数据都不适合，所以对于做差异表达计算的童鞋可以使用ExperimentHub下载TCGA的原始数据。GEO地址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE62944安装：首先安装环境要求BioC 3....
2016-08-11 11:26:00
1502
转载 外显子测序数据拷贝数变异分析（带更正）
Step-1: Run varscan2 on normal-tumor-mpileup and make copy-number call.java -jar $varscan copynumber normal-tumor-mpileup $outputFile --mpileup 1 --p-value 0.005 --min-coverage 30 --min-map-qual ...
2016-07-28 11:44:00
1787
转载 gastic 安装
所有文件下载地址：ftp://ftp.broadinstitute.org/pub/GISTIC2.0/cd /home/software/tar zxf GISTIC_2_0_22.tar.gzcdGISTIC_2_0_22#安装MCR环境./MCRInstaller.bin（安装到当前文件夹中的MATLAB Component Runtime文件夹中）然...
2016-07-22 12:17:00
357
空空如也
空空如也
TA创建的收藏夹 TA关注的收藏夹
TA关注的人