LSF系统

最新推荐文章于 2023-08-03 16:55:02 发布

Augusdi

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分类专栏： LSF

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基本上當您登入後，系統就已將LSF 相關的環境變數載入，因此您不需再做任何設定。您可以透過以下的命令，來檢驗系統是否已幫您完成 LSF 的相關設定。

$ env | grep LSF

LSF_ENVDIR=/opt/lsf/conf

LSF_BINDIR=/opt/lsf/6.2/hpuxia64/bin

LSF_LIBDIR=/opt/lsf/6.2/hpuxia64/lib

LSF_SERVERDIR=/opt/lsf/6.2/hpuxia64/etc

XLSF_UIDDIR=/opt/lsf/6.2/hpuxia64/lib/uid

$ echo $PATH

...:/opt/lsf/6.2/hpuxia64/etc:/opt/lsf/6.2/hpuxia64/bin:…

基本操作的幾個指令為：bsub、bqueues、bhosts、bjobs、bkill、bhist、bacct

`bsub`
【說明】	`bsub` 為LSF 提交(submit) 計算工作的指令，常用的參數有：`-n`、`-q`、`-o`、`-e`、`-J`

	`-n`	`指定計算工作所需的計算核心數目。可省略，預設值是：1`
	`-q`	`指定執行計算工作的佇列的名稱。可省略，預設名稱是：xfer`
	`-o`	`指定程式訊息(stdout) 的輸出檔案名稱。可省略，預設名稱是：$job_id.out`
	`-e`	`指定錯誤訊息(stderr) 的輸出檔案名稱。可省略，預設名稱是：$job_id.err`
	`-J`	`指定計算工作在佇列中的名稱。可省略，預設名稱為所執行的程式名稱`

【範例】	`1.`	非平行(serial ) 程式(其中以紅色粗體標出的部分，是您要執行的程式名稱)：
		$ bsub ./my_program
		$ bsub -n 1 -q xfer -o output.txt -e error.txt -J TEST ./my_program
		上述兩例執行後產生的結果皆相同，都是提交到xfer 這個佇列裡。不同的是程式訊息輸出檔及錯誤訊息輸出檔，前例會以$job_id 做為檔案名稱。除此之外，後例在佇列中顯示的名稱為TEST，但前例則是my_program。

	`2.`	平行程式(其中以紅色粗體標出的部分，是您要執行的程式名稱)：
		$ bsub -n 4 -q xfer /work1/my_small_job
		$ bsub -n 16 -q mono my_paralle_job
		上述兩例的差別在於指定執行程式的路徑位置，若未列出指定執行程式的完整路徑，則預設是認為執行程式位於目前的目錄下。

	3.	MPI 的程式(其中以紅色粗體標出的mpi_program，即是您在互動模式(interactive mode) 下所執行的程式名稱)
		$ `bsub` -n 16 -q mono `mpirun -np 4 mpi_program`

bqueues
【說明】	查看各個佇列的排隊狀況
【範例】	$ bqueues QUEUE_NAME PRIO STATUS MAX JL/U JL/P JL/H NJOBS PEND RUN SUSP mono 50 Open:Active 80 80 4 - 224 160 64 0 xfer 50 Open:Active 80 32 4 - 0 0 0 0

bhosts
【說明】	查看佇列系統中的各個計算主機(host) 的狀態
【範例】	$ bhosts HOST_NAME STATUS JL/U MAX NJOBS RUN SSUSP USUSP RSV hale ok - 88 64 64 0 0 0 halen ok - 8 0 0 0 0 0

bjobs
【說明】	查看佇系統中各個計算工作的執行狀態。常用參數有：`-u`、`-q`、`-l`、`-p`
	`-u 指定要查詢的使用者帳號。可省略，預設值是目前使用的帳號。`
	`-q 指定要查詢的佇列名稱。`
	`-l 以長格式(long format) 的方式，顯示詳細的佇列資料。`
	`-p 只顯示暫停中(pending) 的計算工作。`
	不加任何參數時，只會顯示目前使用者執行中或暫停中的計算工作。若要查看其他使用者計算工作的執行狀態，可使用-u 參數指定要查詢的使用者帳號，或使用all 查詢所有使用者的執行狀態。(註：all 亦可套用在佇列名稱上。)
【範例】	$ bjobs -u all JOBID USER STAT QUEUE FROM_HOST EXEC_HOST JOB_NAME SUBMIT_TIME 4001 u11aaa0 RUN mono halen 32hale igen-1010 Jan 1 02:03 4002 u12bbb0 RUN mono halen 32hale igen-1020 Jan 1 03:04 4003 u13ccc0 RUN xfer halen hale igen-1030 Jan 1 04:05 4004 u14ddd0 PEND mono halen igen-1040 Jan 1 05:06 4005 u15eee0 PEND mono halen igen-1050 Jan 1 06:07 4006 u16fff0 PEND mono halen igen-1060 Jan 1 07:08 4007 u17ggg0 PEND mono halen *igen-1070 Jan 1 08:09

bhist
【說明】	用來查看(包括已執行完成的) 計算工作的執行歷程及結束的原因。常用的參數有：-b、-l
	-b簡短格式
	-l 詳細資料
【範例】	$ bhist -l4001 Job <4001>, User , Project , Command Sat Jan 1 21:31:06: Submitted from host , to Queue , CWD , Output File , 32 Processors Requested; Sun Jan 2 17:10:38: Dispatched to 32 Hosts/Processors <32*hale>; Sun Jan 2 17:10:38: Starting (Pid 18479); Sun Jan 2 17:10:38: Running with execution home , Execution CW D , Execution Pid <10000>; Summary of time in seconds spent in various states by Sun Jan 2 16:04:18 PEND PSUSP RUN USUSP SSUSP UNKWN TOTAL 243572 0 168820 0 0 0 412392

bacct
【說明】	統計在佇列系統中執行的CPU 時間及相關資料。常用的參數有：`-C`、`-l`、`-q`、`-u`
	-C 指定時間。可省略，未指定則是從系統紀錄開始時間到現在時間。
	-l 詳細資料。可省略，未指定則僅顯示統計數據不會顯示每一筆記錄。
	-q 指定佇列名稱。可省略，未指定則是所有佇列都算。
	-u 指定使用者帳號(可省略)。
【範例】	$ bacct -u user -q mono -C 03/01,05/31
	統計user 從今年3/1 日到5/31 間，提交到mono 這佇列中的使用資料。

以上各指令的詳細用法，皆可由man page 取得。例如：man bacct、man bjobs、…

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