LSF常用命令

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leon.sh

#!/usr/bin/csh

#BSUB -o ./log.log -e ./err.err

#BSUB -W 10

#BSUB -n 1

#BSUB -J xief

#BSUB -m Jasta

perl ./test.pl  

exit

 

 

提交作业 bsub < leon.sh

 

 

LSF 使用 bsub 命令来提交作业。 
bsub 命令常见用法如下： 
bsub –n z –q QUEUENAME –i inputfile –o outputfile COMMAND 
其中z代表了提交作业需要的cpu数，–q指定作业提交到的队列，如果不采用–q选项，系统把作业提交到默认作业队列。
inputfile 代表程序需要读入的文件名（例如 namelist等），outputfile 代表一个文件，作业提交后标准输出的信息将会保存到这个文件中。COMMAND是用户要运行的程序。 
（1）对于串行程序COMMAND可以直接使用用户的程序名 
例如，对一个串行作业mytest， 提交方式为： 
bsub –n 1 –q debug –o mytest.out ./mytest 
（2） 对于并行作业COMMAND为“mpirun.lsf 程序名” 
例如对于一个72个小时内完成，使用16个cpu的并行作业mytest，提交方式为： 
bsub –n 16 –q normal –o mytest.out mpirun.lsf ./mytest 
例如对于一个72小时内完成，使用64个CPU的并行作业mytest，提交方式为：
bsub –n 64 –q hpc_linux –o mytest.out mpirun.lsf ./mytest 
bsub 命令可以使用输入脚本提交具有相同参数的作业，格式为： 
该脚本的参数与命令行 
“ bsub –n Z –q QUEUENAME –o outputfile COMMAND”参数相同。 
提交时为 bsub < 脚本名 
例如要提交一个72小时内完成，需要16个cpu的并行作业mytest，可以编写作业脚本 bsub.scriptfile 
#BSUB –n 16 
#BSUB –q normal 
#BSUB –o mytest.out 
mpirun.lsf ./mytest 

作业提交方法为：bsub<bsub.scriptfile 

bsub -Is ./mytest 这种提交方法可以将mytest的标准输出打印在屏幕

几个常用的指令： 
1. bjobs 检查提交作业状态 
    bjobs 
    bjobs -w 
    bjobs –r 显示正在运行的作业 
    bjobs –a 显示正在运行的和最近完成的作业 
    bjobs -p 显示等待运行的作业和等待原因 
    bjobs –s 显示正在挂起的作业和挂起的原因 
    bjobs -l 显示该作业的所有信息 
2. bhist 显示最近完成作业或正在运行作业的历史情况 
    bhist <jobid> 
3. bkill 删除不需要的作业 
    bkill <jobid> 
    bkill –r <jobid> 
4. bpeek 当作业正在运行时显示它的标准输出，监视作业运行 
    bpeek <jobid> 
5. bqueues 显示队列信息 
    bqueues 
    bqueues –l <queue name> 
6. bhosts 显示各节点作业相关情况 
    bhosts 
    bhosts <hostname> 
7. lsload 显示各节点负载信息 
    lsload 
    lsload <hostname> 
8. lshosts处理各节点静态资源信息 
    lshosts 
    lshosts <hostaname>