医学和生信笔记的博客

聚类分析和主成分分析是常见的两种研究方法，可用于发现规律、探索异常观测等，在医学研究和生信数据挖掘中都是必学的方法，主成分分析也是机器学习中常见的降维方法之一。这里总结了R语言中常见的聚类分析和主成分分析可视化的方法。

在生信文章中很常见的可视化突变数据的瀑布图，就是基于画出来的。瀑布图可用于展示多个基因的突变情况，是热图的一种变体。包提供用于画瀑布图。默认的样式是提供的，可以根据自己的喜好进行更改。直接使用的数据画一张图，肺癌数据已内置在包中。可以自己去官网下载其他癌症数据，前提是要有一定的生物学知识哦！首先为不同的变异类型设置颜色。也提供了另外一种设置颜色的方法：下面就是画图时刻：当一个样本或基因没有突变时，默认也会画出来，可以通过设置去除。需要注意一个小问题，当此图和其他注释条、热图等联合时，可能会出错，需

熟悉几个常用函数及参数后，剩下的就是各种排列组合，可以尽情发挥你的想象力。

包的一大特色就是可以同时绘制多个热图，本章主要介绍水平排列的热图，垂直排列的热图原理与此类似，会在后面简要介绍。单列热图有时在将可以显示的热图列表连接起来时很有用，例如，如果行是基因，则基因的类型（即是否编码蛋白质）可以表示为一列字符矩阵，而差异表达分析的p值或倍数变化可以表示为一列数字矩阵，并连接到主热图。对于多个热图来说，每个小热图的注释条高度是不一样的，但是使用。这里的标题是表示全局标题，也包括行标题和列标题，需要借助。除了热图之间可以排列，热图和注释条之间也可以排列。包会自动调整，使其高度一致。

时隔一年多，超级详细的R语言热图绘制系列之2终于来了！注释条是热图的重要组成部分，ComplexHeatmap包提供灵活的注释条设置。注释条可以放在热图的上下左右四个位置，通过、、、设置，所有的注释条都是通过函数完成的（还有一个，但是可以通过设置实现，可以看做是变体）。一个简单的小例子：也可以改变位置：在上面的例子中，和这种被称为简单注释条，和这种被称为复杂注释条，它们都应该被设置成名字-向量这种形式。注释条也可以独立于热图，将在第四章讨论简单注释条最常见，颜色用来映射数值，只需要一个向量和

有了数据，画图就很简单了。

在R语言中绘制表格的包我们介绍了非常多，除了专门绘制基线资料表的compareGroups/tableone/table1，还介绍了绘制普通表格的gt，以及扩展包gtExtra。gtsummary包是专门用来画表格的，高度自定义的多种选项，快速绘制发表级表格。可用于总结汇总数据集、多种模型等。快速绘制描述性统计表格、基线资料表(例如医学期刊常见的表1！) 。自动检测数据集中的连续、多分类和二分类变量，选择合适的描述性统计方法，还包括每个变量的缺失值。绘制回归模型结果。自动识别常见的回归模型，如逻辑回归

临床研究中基线资料表必不可少，通常也是你文章中的第一张表！一般我们会通过Word或者Excel进行绘制基线资料表，但是这种方法很麻烦，需要不停的复制粘贴。。。今天介绍的这个tableone，就是专门为这个基线资料表而生的！和之前介绍过的comparegroups有点像哦~ 但是功能不止于基线资料表，还可以做非常多统计描述的工作！支持连续性变量及分类变量，支持自动标注P值，加权数据也是支持的，真的是一步到位了！安装使用基本描述功能选择变量&指定变量类型显示所有水平非正态分布变量分层显示导出不同

专注R语言在临床医学中的使用，R语言数据分析和可视化。主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。

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获取更多R语言知识，请关注公众号：医学和生信笔记前面介绍了包的查询参数，今天继续介绍组合图形！组合图形分为两种，一种是函数自带的参数，使用起来非常简单，用于显示不同交集的属性情况。还是使用昨天的df数据。竟然很炫酷有木有？？:laugh那这个箱线图有啥意思啊？其实也很简单，它展示的是交集的某个属性的分布情况。就比如col2的第一个条形，展示的就是c,d,e,f,g5个集合的交集（共163个元素）,在col2的分布情况。另外一种添加图形的方式是通过参数实现。包含以下参数：下面是自带的2个组合图形，直方图和散

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本文首发于公众号：医学和生信笔记“医学和生信笔记，专注R语言在临床医学中的使用，R语言数据分析和可视化。主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。在几年前出现了一个ggcor包，可以用来可视化mantel test的结果，最开始还可以通过cran安装，不过后来也不行了，而且这个包由于一些原因已经停止维护了，最近的更新是2年前了！但是那张图却一直很风靡。。。其实原作者已经开发了新的包用于可视化mantel test，名字叫linkET，只是由于缺少宣

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有了数据，画图就很简单了。如果你发文章用的话，横坐标多数都是loglambda，所以你可以把第2张和第3张拼一起，完全不影响使用。医学和生信笔记医学和生信笔记，专注R语言在临床医学中的使用，R语言数据分析和可视化。主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。httpshttpshttpshttpshttpshttpshttpshttps。......

是一个电影类型数据，共有3883行（3881部电影），21列。，专注R语言在临床医学中的使用，R语言数据分析和可视化。，专注R语言在临床医学中的使用，R语言数据分析和可视化。这个数据一共21列，其中4列是属性，剩余17列是电影类型，例如动作片、剧情片、恐怖片、惊悚片等。OK，非常简单就显示了每种类型电影的烂番茄评分，以条形图的形式展示在最左侧。前面的组合图形都是关于交集的，或者关于总体的一些统计汇总可视化，今天说的。当然也可以是其他类型的图形，比如热图。前面讲了组合图形，今天继续组合！.........

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欢迎关注我的公众号：医学和生信笔记本系列是对ComplexeHeatmap包的学习笔记，部分内容根据自己的理解有适当的改动，但总体不影响原文。如有不明之处，以原文为准。原文请见：ComplexHeatmap Complete Reference第一章 简介复杂热图可用于展示同一个数据集或不同数据集之间的关系或揭示内部规律。ComplexHeatmap包可提供灵活的热图展示及高度自定义的注释图形。1.1 设计理念一个完整的热图由热图主体和热图组件构成。热图主体可以被分为不同的行和...