linux中安装R包的最优解

windows上一下子就能安装好的R包，在linux上可能会出各种问题。主要是缺乏特定依赖库、编译工具版本太低两个问题。下面总结了在linux中安装R包的操作流程：

1 先使用`conda search`看看conda中有没有。如果有，直接：

mamba install r-seurat

注意，有的包在默认的conda channel里面是没有的，比如r-base就需要指定conda-forge这个channel。这时候需要使用conda config加上对应的channel，或者在命令中指定相应的channel：

mamba install -c conda-forge -c bioconda bioconductor-[r包名字]

比如安装monocle：

mamba create -n monocle -c bioconda -c conda-forge bioconductor-monocle

2 如果没有bioconductor上没有，那就在较新的操作系统（rocky linux优于centos, ubuntu 22优于ubuntu 20）中安装。低版本的系统，容易出现编译工具版本太低的问题。

3 如果没有新的操作系统，再尝试用旧的操作系统安装。

• 如果是编译工具版本的问题，尽量不要碰，换用别的方法。
• 如果是缺库，而且你有管理员权限，可以直接在系统安装相应的库文件。

4 如果在操作系统上直接安装的R不行，再尝试用conda里面的R来安装。由于R包的构建一般依赖系统的动态库，而conda里面的动态库常常是不全面的，所以很容易出现缺库的问题，因此直接使用install.packages()或者BiocManger::install()的方法来安装R包失败率很高。同理：

• 如果是编译工具版本的问题，尽量不要碰，换用别的方法。
• 如果是缺库，可以尝试用conda安装相应的库文件。

5 再不行，可以考虑：

• 更换电脑。
• 使用docker或者singularity来安装
• 如果这个R包有其他替代方案，使用其他软件

如果想要加速编译过程，可以换用rstudio的源。参考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/687738179

使用conda安装的时候，可以切换国内的conda源。