7.9.2008

 
1、sspord重新预测,之前预测的是脂溶性。要用predict_ssa.sh预测。
机器:10.10.119.60
分割为p1-7000.txt和p7000-16632.txt两文件,分别在ssprod和BACKUP中运行。运行结果正常。
 
2、PROFphd
(1)要求输入格式为HSSP:HOMOLOGY DERIVED SECONDARY STRUCTURE OF PROTEINS
(2)单序列也可以,预测精度要低一些
 
3、jnet结果的整合:
 
结果整合的新思路:
分别的到name.txt protein.txt structure.txt prediction.txt
并且只保存单一信息,即预测结果只保存2级结构。
再通过combine.cpp整合四个文件信息
 
/*
combine.cpp
By DYS
Function:Combine name real structure and prediction structure
Inputfile:name.txt real_structure prediction_structure
Onputfile:result.txt
*/
 
#include <stdio.h>
#include <fstream>
#include <iostream>
 
using namespace std;
 
int main()
{
    ifstream name("name.txt");
    ifstream aa("protein.txt");
    ifstream real_structure("re_sturcture.txt");
    ifstream prediction("jnet_prediction_result.txt");
    ofstream combine("result.txt");
   
    string name_str,aa_str,real_structure_str,prediction_str;
   
    name>>name_str;
    while(!name.eof())
    {
         
          aa>>aa_str;
          real_structure>>real_structure_str;
          prediction>>prediction_str;
         
          //name_str>>endl>>aa_str>>endl>>real_structure_str>>endl>>prediction_str>>endl>>combine; 
          combine<<name_str<<endl<<aa_str<<endl<<real_structure_str<<endl<<prediction_str<<endl;
         
          name>>name_str;           
    }
}//int main
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