使用英特尔尔集成众核MIC卡进行LAMMPS运算。

LAMMPS即Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator，可以翻译为大规模原子分子并行模拟器，主要用于分子动力学相关的一些计算和模拟工作，一般来讲，分子动力学所涉及到的领域，LAMMPS代码也都涉及到了。

使用英特尔的集成众核卡MIC进行LAMMPS运算的步骤如下：

1. 安装MPSS

2. 安装Intel Composer.

3. 安装Intel MPI

4. 解压LAMMPS

5. 修改makefile文件.

6. 编译出可执行文件

7. 传输文件到MIC上。包括需要的库文件。

8. 配置password-less。免密码登陆。

9. 使用MIC进行运算

10. Scp    /opt/intel/impi/4.1.3.049/mic/bin/pmi_proxy mic0:/opt/intel/impi/4.1.3.049/intel64/bin/pmi_proxy

11. Scp */mic/* mic0:*/intel64/*

12. 注意文件的永久性问题，scp并不能满足。MIC的文件如果想常驻卡上，一般通过配置common.fileslist

 

注意：ERROR: Invalid atom style一般是需要启用其他的包如：molecule等。