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RSS订阅原创 Centos7.0 部署 GPU-BLAST
首先我们来认识几个词汇： NIH（National Institutes of Health）美国国立卫生研究院； NLM（National Library of Medicine）美国国立医学图书馆； NCBI （National Center for Biotechnology Information）美国国立生物技术信息中心。 由于意识到信息计算机化过程方法...
2018-08-30 10:49:45
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原创 ubuntu 16.04 部署 mxnet
mxnet 是深度学习领域的主流框架之一，是 Amazon 的 AWS 默认的深度学习引擎，本文详细描述了在 ubuntu16.04 系统安装 mxnet 的步骤。 1. 安装 ubuntu16.04； 默认设置即可。 2. 安装 CUDA； 安装CUDA9.0。 可参考“...
2018-08-02 16:28:44
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原创 用 windows 自带命令比较文件
要想知道两个文件是否内容相同，方法有很多，例如可以使用专门的工具软件，不过最简单实用的还是使用 Windows 自带的工具。 1. comp命令 comp 可以比较同一驱动器内或者不同驱动器内、同一目录或者不同目录的文件，可以名称相同（文件在不同驱动器或目录）、可以不同大小（使用 /n 参数），还可以通过使用通配项在一条命令内对多个文件执行顺序比较，命令会逐字节地比
2014-08-25 14:38:03
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原创 Ubuntu 12.04 安装 gromacs 4.6.5
本文描述了在 Ubuntu 12.04 系统下安装 Gromacs 4.6.5（CPU 版和 GPU版）的详细步骤。 编译机器安装的 NV 显卡驱动为 319.82，CUDA 版本是 5.5（安装在/usr/local/cuda目录下），已经正确安装软件 freeglut 和 g++。 安装 gromacs 之前，需要先安装 fftw、openmpi 和 cmake。各软件的安装版...
2014-06-13 10:11:20
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原创 linux 系统，查看某目录下有多少个文件
linux 操作系统中，如果想查看某目录下有多少个文件，命令格式为： find 目录名 -type f | wc -l 其中目录名，可以使用绝对路径或者相对路径。例如： find . -type f | wc -l find /home/tester -type f | wc -l 如果想查看某种类型的文件都多少个，例
2014-06-12 09:29:06
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原创 win7，远程桌面连接如何调用 C2050 卡
今天测试的时候发现，客户远程桌面连接测试服务器，无法调用GPU卡。 背景：测试服务器安装的是windows7 64位操作系统，GPU卡的型号是C2050。 研究发现： 1. Windows 7 操作系统，如果安装K20等GPU卡，监控GPU使用情况时，显示信息如下图：
2014-05-26 15:05:45
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原创 Centos 网络设置修改
如果没有图形界面，你该如何完成Centos系统的网络设置呢？ 背景：机器安装的操作系统是Centos6.5，图形界面无法显示，网络没有正确配置，机器的eth0对应1片网卡，连接路由器；eth1对应另一片网卡，暂时没有使用。 操作步骤： 1. vi /etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-eth0
2014-05-22 08:52:59
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原创 ubuntu 12.04 开启 vncserver
尽管我们可以使用 SSH 连接远程通过字符界面来操作 Linux，但是对于更多熟悉图形界面的用户来说是很不方便的，所以本文讲述 Ubuntu 12.04 系统开启 VNCServer。 Virtual Network Computing（VNC）是进行远程桌面控制的一个软件。客户端的键盘输入和鼠标操作通过网络传输到远程服务器，控制服务器的操作；服务器的图形界面通过网络传输会客户端显
2014-05-06 10:23:46
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原创 Centos 中 yum 安装或者卸载软件
在 centos 系统中，root 用户使用 yum 来安装软件，命令为： # yum install 软件名 例：# yum install screen 安装多个软件的方法是： # yum install screen,mysql,httpd 如果不确定软件名，也可以使用匹配符*，如： # yum install a
2014-05-05 08:29:54
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原创 ldconfig 命令
你是否在 linux 系统上，运行程序的时候，遭遇过如下的提示信息： error while loading shared libraries: lib*.so.*: cannot open shared object file: No such file or directory 这个提示信息的含义是系统找不到库文件lib*.so.*。系统默认查找库文件的目录是
2014-04-30 10:07:21
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原创 Centos6.5 安装 gcc4.7
Centos 6.5 自带的 gcc 版本是 4.4.7，客户要求 4.7 以上，所以今天在 Centos 6.5 上进行安装 gcc4.7，步骤如下： wget http://ftp.gnu.org/gnu/gcc/gcc-4.7.0/gcc-4.7.0.tar.gz tar xzf gcc-4.7.0.tar.gz cd gcc-4.7.0 ./
2014-04-29 09:45:27
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原创 怎样和远程的测试服务器交换文件？
我使用的笔记本安装的是 windows7 64 位操作系统，经常需要登录到测试服务器上（windows 或者 linux 系统），往服务器上拷贝文件，或者从服务器上传回文件。根据测试服务器安装操作系统的不同，笔记本和测试服务器之间交换文件，可以按照以下两种方法来操作： 1. 如果测试服务器安装的是 linux 系统，使用 Xmanager 的 Xftp。 a
2014-04-28 10:37:50
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原创 Linux 系统下如何查看 CPU 个数
Linux 操作系统中，CPU 的信息保存在文件 /proc/cpuinfo 中，可以用 cat 或者 more 命令来查看。 统计逻辑CPU个数： #cat /proc/cpuinfo |grep "processor"|sort -u|wc -l 统计物理CPU个数： #cat /proc/cpuinfo |gr
2014-04-25 09:37:12
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原创 修改 excel 文件中的日期格式为 yyyy-mm-dd
在 excel 文件中，日期格式提供了以下格式（以2013年2月14日为例） 1. 2013/2/14 （yyyy/m/d) 2. 2013年2月14日 3. 二〇一三年二月十四日 4. 二〇一三年二月 5. 二月十四日 6. 2013年2月 7. 2月14日 8. 星期四 9. 四 10. 2
2014-02-14 09:04:39
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原创 tar 命令详解
访问linux服务器，难免会要用到压缩，解压缩，打包，解包……这时候，tar，是必不可少的一个功能强大的工具。下面，就来详细介绍下 tar 的用法。 命令格式：tar 参数 文件目录列表 tar参数详解： 1） 5个独立的命令，压缩解压都要用到其中一个，也只能用到其中的一个，可以和可选命令或 -f 命令连用； -c: 建
2014-01-22 10:15:31
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原创 Ubuntu修改系统时间
Linux将时钟分为系统时钟(System Clock)和硬件时钟(Real Time Clock，简称RTC)两种。系统时钟是指当前Linux Kernel中的时钟，而硬件时钟则是主板上由电池供电的那个主板硬件时钟，这个时钟可以在BIOS的“Standard BIOS Feture”项中进行设置。 当Linux启动时，硬件时钟会去读取系统时钟的设置，然后系统时钟就会独立于硬件运
2013-10-24 10:06:29
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转载 数学常数e的含义
作者：阮一峰 来源： 阮一峰的网络日志 http://www.ruanyifeng.com/blog/2011/07/mathematical_constant_e.html发布时间：2011-07-09 22:25:49 1. e是一个重要的常数，但是我一直不知道，它的真正含义是什么。 它不像π。大家都知道，π代表了圆的周长与直径之比3.14159，可是如果
2013-10-23 10:47:56
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原创 Centos 系统，如果忘记了root用户密码
Centos系统，忘记了root用户密码，没问题，还可以通过单用户方式进入修改，方法如下： 1. 重新启动系统，进入grub菜单 2. 如果有多系统，用上下键选择忘记root密码的那个系统，键入“e” 来进入编辑模式 3. 选择第二行（kernel......），键入“e”
2013-10-22 08:32:56
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原创 Ubuntu闪屏和drm出现＂forcing panel scaling＂问题的解决
Ubuntu 12.04安装后，每隔10s左右，系统就会闪一次屏，并且Console上会同时出现"[drm] nouveau 0000:01:00.0: No native mode, forcing panel scaling"报警消息。 解决方法： 1. 编辑 /etc/default/grub文件，将其中的GRUB_CMDLINE_LINUX_DEFAUL
2013-10-21 10:36:29
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原创 Ubuntu12.04安装及Waiting for headers问题的解决
安装Ubuntu12.04系统多次，昨天最是不顺利，特此记录。 1. 安装显卡驱动 （NVIDIA-Linux-x86-319.49.run） $ sudo stop lightdm $ sudo sh NVIDIA-Linux-x86-319.49.run $ sudo start lightdm 2. 安装CUDA
2013-10-11 09:56:58
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原创 Centos，远程连接，中文乱码解决办法
安装Centos中文版后，远程连接如果输出是中文的话，会显示乱码。这个问题，通过以下方法可以得到有效解决（我使用的系统是Centos5.9中文版，远程连接用putty和XShell都试过）。 # cd /etc/sysconfig/# cp i18n i18n.bak #备份i18n文件# vi i18n #将i18n文件修改为以下内容
2013-09-13 11:30:00
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原创 想测试4片GPU卡，LAMMPS的设置方法
1. 编译出支持并行的LAMMPS可执行文件，网上有很多文章，大家可以找找，有问题联系我。我编译出的可执行文件是lmp_gpu； 2. 修改输入文件，加入如下内容： package gpu force/neigh 0 3 1 其中第二位数字3是指定支持GPU卡的数量的，也就是说： package gpu force/neigh 0
2013-08-23 11:12:22
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原创 Centos下远程连接断开后让程序继续运行解决办法
预计52小时的测试还没有结束，客户说是ssh总是断开，这样程序就需要重新运行，试过以下两种方法都不行： 1. 后台执行 命令的执行方式是： mpirun -np 2 ./lmp_gpu -sf gpu -c off 后台执行命令即： mpirun -np 2 ./lmp_gpu -sf gpu -c off
2013-08-09 13:29:01
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原创 VMD 1.9.1 安装和使用（Centos6.3）
今天使用了 VMD 1.9.1，过程如下： 1. 下载安装包 下载地址是http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/，选择适合自己系统的安装包。 我的系统是Centos 6.3，所以下载的安装包是：vmd-1.9.1.bin.LINUXAMD64.opengl.tar.gz 2. 解压缩包
2013-08-07 15:53:50
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原创 Linux 分区
在安装 Linux 系统进行分区一般设置为：根区 10G，SWAP区 10G，/usr区100G，剩下的分给export。 但上次测试的时候忘了告知客户分区情况，客户默认使用home区，偏偏那天下午利用那台机器（客户没有测试）编译不同版本的LAMMPS，下载了N多版本，又没有及时删除，导致根区被写满，直接影响了测试数据的准确性。 同事测试程序的时候发现，SWAP区应
2013-08-07 09:43:39
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