RGDV-CSDN博客

原创 Python-Matplolib

文章目录概述基础绘图原理**作图的方式**基于面向对象基于pyplot接口基于GUIFigure和Axes整体布局方式一方式二方式三Axes中的图形柱状图垂直柱状图水平柱状图跳跃柱状图散点图线性图阶梯图频率分布直方图表格直方图饼图轮廓和伪彩色极坐标图3D图例Axes中的注释（annotate）Axes中的网格（grid）Axes中的边线（spines）Tips概述# Version# pip install matplotlib==3.42import numpy as npimport pan

2021-07-13 16:58:02 296

原创 OUfti中文教程

文章目录概述分割：Segmentation探测：cellDection概述一款专为显微镜图片数据分析开发的开源软件。分割：Segmentation分割现在可以在交互式窗口中执行，而不需要记忆不同的分割参数。有三种算法用于分割(高斯、山谷和交叉检测)，可通过旁边的按钮来选定。通过load phase按钮加载phase images，点击File按钮选择分析结果被存储的位置；点击Segmentation；参数已调好，可自己改动，点击OK可保存。探测：cellDection校准算法

2021-07-07 21:11:29 167

原创五分钟GO、KEGG和COG注释和富集分析

文章目录GeneOntology(GO)数据库简介GO注释原理方式一方式二利用eggnog可视化富集分析原理方式可视化GeneOntology(GO)数据库简介GO数据库把生物的生命活动主要分为三个过程：细胞组分分子功能生化过程主要针对的是基因（Gene）的产物（RNA或Protein），而不只是gene本身；因为某个gene存在可变剪切，同一个gene有多种表达产物；这个gene 产物有个专有ID即GO term。GO term之间的关系（Relationship）：is apart

2021-02-17 16:08:54 26180 1

原创操作NCBI数据库

操作NCBI数据库批量从NCBI相应数据库检索和下载数据：conda install entrez-directesearch -db gene -query |efetch -db protein -format fasta >result.ffa

2020-12-24 09:41:44 819 1

原创网络分析

网络分析简介网络图基本类型有向图无向图节点、边和图的拓扑结构网络数据文件邻接列表边列表邻接矩阵其他可视化软件GephiCytoscapeRPython简介该“网络”是指数学中分析数据的一种方法，不是“互联网”，也不是“神经网络”之类的。网络图基本类型有向图无向图节点、边和图的拓扑结构节点和边的拓扑结构：http://blog.sciencenet.cn/blog-3406804-1193906.html网络图的拓扑结构：http://blog.sciencenet.cn/blog-3406

2020-09-09 16:21:01 998

原创 NCBI Local BLAST

LOCAL BLAST#安装、配置、使用#!/bin/bashfunction install_blast(){ #install local balst programs wget tar -zxvf export PATH=/home/xx/ncbi/bin:${PATH} balstp -version #产看是否安装成功}function download_database(){ #download databases from NCBI websites #wget

2020-08-23 20:42:08 1169

原创 Python: Biopython

ContentsBiopython Introductionpip install biopythonQuick Startfrom Bio.Seq import Seqmy_seq = Seq("AGTACACTGGT")from Bio import SeqIOSeqIO.read("ORF.faa","fasta") #sigalSeqIO.parse("ls_orchid.fasta", "fasta") #multiSeqIO.write("w_ORF.faa","fasta"

2020-06-27 14:47:23 320

原创 Genomics

ContentsBioLinux Installation In VirtualBox比较基因组学（微）BioLinux Installation In VirtualBox1. Whole Genome Sequencing and Comparative Genomics Analyses of Pandoraea sp. XY-2, a New Species Capable of Biodegrade TetracyclinePandoraea sp. XY-2 chromosome, com

2020-06-25 19:31:18 244

原创 Python: Matplotlib

目录基础基础# -*- coding: utf-8 -*-"""Created on Wed Jun 24 13:51:48 2020@author: Bio-windows"""import numpy as npimport matplotlib.pyplot as plt#数据x = np.linspace(0.05, 10, 100)y = np.cos(x)#绘图plt.plot(x, y, ls="-", lw=2, label="plot figure")

2020-06-24 16:52:16 335 1

原创五分钟学会Pandas

目录基础读取文件基本操作基础Pandas DataframeIndex/colum01230XXXX1XXXX2XXXX3XXXX4XXXX5XXXXExcel data frameIndexIDGenecountleng1XXXX2XXXX3XXXX4XXXX5XXXX6XXXX读

2020-06-23 13:20:46 125

原创五分钟学会Seaborn

SeabornNormal form1. 基本绘图2. Categorical Plots(分类)3. Distribution Plots(分布/直方)4. Regression Plots(回归)5. Matrix Plots(矩阵)6. FaceGrid7. PairGrid8. Theme9. ColorNormal formFunction(x= , y= , data= , hue= ) #data->dataframe, hue->分类1. 基本绘图1. 散点图：scat

2020-06-23 11:28:11 148

原创十分钟学会Python

Python小结数据类型：字符型数值型（整型、浮点型）转换：str() int() float()数据结构：序列字符串 ‘’ #count()序列列表list() or [] #append()序列元组tuple() or () #不可操作非序列字典dict() or {} #append()序列内置操作：切片listName[::]、len()、min()、max()、常用内置常量:逻辑运算符：比较运算符：增量赋值运算符：控制流：if判断流：for循环流：内置迭代函数：while循环流：推导或内涵

2020-06-22 18:55:24 291

原创十分钟学会Bash Shell

Bash Shell ScriptContentsShells in LinuxCreationCommandsBash的快捷键Bash的标准输入、输出：Bash的输出重定向：把命令的输出结果由显示器改为文件中Bash输入重定向：改由键盘输入方式为由文件读入输入的方式Bash多条命令顺序执行Bash管道符Bash通配符Bash变量命名Bash用户自定义变量Bash的环境变量Bash的位置参数变量Bash接受键盘输入Bash的运算符bash变量环境变量配置文件Shell编程正则表达式基础正则表达式扩展正则表达

2020-06-22 11:08:24 457 1

原创 RNA-seq流程

简述Tophat2-Cufflinks流程Hisat2-Stringtie流程条件Tophat2-Cufflinks代码#!/bin/bashfunction index(){ printf "[%s %s %s %s %s %s]::建立索引bowtie2-build\n" $(echo `date`) #单引号',和`是不同的。 start=$(date +%s.%N) mk...

2020-04-14 00:42:50 265

原创 Linux安装bioconda

Linux安装bioconda简述安装使用简述bioconda，一个类似于360软件管家、yum、apt功能而致力于管理生物信息学相关软件的包。conda：包管理软件。miniconda：conda和python的集成环境。anaconda：conda、python、科学计算等工具的集成环境。可以通过安装miniconda后通过更改channels来配置成bioconda。安装......

2020-04-11 20:41:32 4469 1

beiaidewoniu的博客