better_strong-CSDN博客

原创 windows Tensorflow安装及在jupyter notebook中使用虚拟环境

在win虚拟环境安装tensorflow及keras，并将虚拟环境导入到jupyter notebook中

2022-12-18 11:39:18 3860 2

原创关于R数据框是行列是数字不能做相关性，apply之后却可以做相关性分析的问题探讨

1.基本数据格式2.选取第一行做相关性分析，报错：x不是数字向量3.直接加1同样是报错4.通过使用apply将第一行每一列加1，cor.test()就不报错了5.第一个标题中的数据格式没添加一列字符列是可以跑一下代码的：final_mrna_exp<-mrna_exp[,comm_sample]final_mirna_exp<-mirna_exp_subet[,comm_sample]bb=apply(final_mrna_exp[2:5,1:466]

2022-05-28 19:56:28 208

原创从githup安装MACS软件失败记录

一.第一种失败安装方式1.在githup下载macs压缩包2.安装python setup.py install报错：3.安装gccyum install gcc3.再次安装：python setup.py install报错：没解决二.使用Conda安装输入conda install macs2就成功了记录一下，等有时间了再探讨一下以解决第一种安装方法的问题，...

2022-05-26 21:30:24 615

原创关于电脑卡死机导致正在跑的虚拟机文件分区出错解决记录

情况：电脑卡死导致正在跑程序的虚拟机中断，再打开用ssh连接，显示没有这个目录解决过程：1.虚拟机报错，显示Welcome to the emergence.....首先通过网上搜索是文件系统出问题了有个分区没挂载上，以下内容借鉴这篇文章Centos 7 虚拟机启动，Entering emergency mode问题解决_不如打代码KK的博客-CSDN博客_centos7进入安全模式先登录root账户，然后按截图中所说输入journalctl -xb，然后按shift+9到结尾在往上

2022-05-26 21:06:44 687

原创已安装虚拟机磁盘扩充（记录）

1.设置修改先将虚拟机关机，然后找到设置，点击硬盘，然后点击扩展，输入你想扩展磁盘的大小。打开虚拟机，就可以开始按照第二步的链接开始扩充了2.扩充步骤依据此链接使用VMware创建的虚拟机磁盘空间不够了，如何扩充磁盘并生效_码出人生_1024的博客-CSDN博客_虚拟机空间不足怎么扩充扩充之前:3.上文链接中的一些改变我要扩展的是上图中红圈部分，所以下图蓝色框内修改代码（其实也不算修改）如下：lvextend -l +100%FREE /dev/mapper/.

2022-05-13 15:53:26 228

原创 TCGA之GDC-client工具下载安装与使用

文章主要是对GDC-client工具下载TCGA数据库数据整个过程的一个记录1.下载GDC-client工具GDC-client工具网址：GDC Data Transfer Tool | NCI Genomic Data Commons (cancer.gov)我这里下的是上图中红圈中的版本，2.解压安装从网上了解的是不能解压到带中文的路径里，解压后是一个.exe文件，为了能直接在cmd命令行下使用，将其加入系统环境：点击新建之后，输入将文件解压到的路径，然后...

2022-03-24 14:41:17 7792 6

原创单细胞学习：下载单细胞数据

一.安装下载单细胞数据的工具1.下载数据所用工具prefetch,它在sratoolkit.3.0.0-centos_linux64.tar.gz工具中(我的是centos,根据你的服务器自己选择)网址：Download : Software : Sequence Read Archive : NCBI/NLM/NIH下载：wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.0/sratoolkit.3.0.0-centos_linux6

2022-03-05 22:35:29 2342

原创云服务器（一）：anaconda安装记录以及R、Rstudio安装

1.下载anacondanohup wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2021.11-Linux-x86_64.sh &2.开始安装bash Anaconda3-2021.11-Linux-x86_64.sh是否接受许可证：yes下图是是否初始化conda,我选的yes,具体选yes或no可参考这篇Linux安装anaconda3是否初始化的区别_青山呦的博客-CSDN博客_ana...

2022-02-26 20:26:58 3781 7

原创 Win10安装Pytorch过程及问题记录

1.安装anaconda3，推荐在清华镜像网站下载。网址：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/安装过程直接按默认，安装后将anaconda加入环境变量；如图：然后打开Anaconda Prompt2.安装Pytorch进入Pytorch官网，根据相应的情况选择，下图中红圈中有安装代码如果直接按图中红圈代码安装，可能会出现下图中的问题，对于此种情况，将清华镜像加入anaconda仓库中（内容来自：https://blo

2021-01-26 20:20:41 201 2

原创去污染(宿主)过程记录

去宿主污染用了两个软件kneaddata、bowtie一.kneaddata (虽然去除了，但结果是不符合要求的)首先是用kneaddata去污染整个过程的记录：1.构建污染物(宿主)的基因组索引(假设污染物参考基因组为genomic.fa)bowtie2-build genomic.fa genomic2.使用kneaddata去除宿主(污染物)kneaddata...

2020-01-10 11:52:09 7373

原创 win8安装theano及Keras过程记录

（转载请注明来源：https://blog.csdn.net/better_strong/article/details/88358029，谢谢）一.安装theano1.在Anaconda Prompt中首先更新conda（不知道是不是必须的，页面显示please update conda by ..........,就更新了）更新代码：conda update -n...

2019-03-08 21:06:03 151

原创 centos7安装anaconda3及Python3.7环境配置记录

1.centos7最小化安装一些功能没有先安装yum install wget2.wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2018.12-Linux-x86_64.sh3.在已创建的download下bashhttps://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2018.12-Linux-x86...

2019-02-20 11:56:07 5017 2

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