关于R数据框是行列是数字不能做相关性，apply之后却可以做相关性分析的问题探讨

1.基本数据格式

2.选取第一行做相关性分析，报错：x不是数字向量

3.直接加1同样是报错

4.通过使用apply将第一行每一列加1，cor.test()就不报错了

5.第一个标题中的数据格式没添加一列字符列是可以跑一下代码的：

final_mrna_exp<-mrna_exp[,comm_sample]
final_mirna_exp<-mirna_exp_subet[,comm_sample]

bb=apply(final_mrna_exp[2:5,1:466],1,function(x)
  {
  apply(final_mirna_exp[2:5,1:466],1,function(y)
    {
    cor_result<-cor.test(x[1:length(x)-1],y[1:length(y)-1])
  })
})

是有结果的：

 加了这两列：

final_mrna_exp$ID<-rownames(final_mrna_exp)
final_mirna_exp$ID<-rownames(final_mirna_exp)
#此时第467列分别是miRNA ID;gene ID,这样也是不报错的
bb=apply(final_mrna_exp[2:4,1:466],1,function(x)
  {
  apply(final_mirna_exp[2:4,1:466],1,function(y)
    {
    print(x[1:length(x)-1])#输出的结果也是数字类型的
    cor_result<-cor.test(x[1:length(x)-1],y[1:length(y)-1])
  })
})

输出的结果：

更改成以下代码就报错了，输出结果是double但不是数字类型的

bb=apply(final_mrna_exp[2:4,1:467],1,function(x)
  {
  apply(final_mirna_exp[2:4,1:467],1,function(y)
    {
    print(x[1:length(x)-1])
    cor_result<-cor.test(x[1:length(x)-1],y[1:length(y)-1])
  })
})

输出结果：

这样做cor.test()就会报错

记录问题，以后遇到就知道不能这样做了（以上原因还未弄清，还有待学习）