TCGA之GDC-client工具下载安装与使用

文章主要是对GDC-client工具下载TCGA数据库数据整个过程的一个记录

1.下载GDC-client工具

GDC-client工具网址：GDC Data Transfer Tool | NCI Genomic Data Commons (cancer.gov)

我这里下的是上图中红圈中的版本，

2.解压安装

从网上了解的是不能解压到带中文的路径里，解压后是一个.exe文件，为了能直接在cmd命令行下使用，将其加入系统环境：

 

 点击新建之后，输入将文件解压到的路径，然后，一路点确定就可以了

测试是否添加成功：

 这个结果显示已成功

3.修改配置文件

这是默认的参数

 在解压GDC-client的路径创建一个dtt文件，将上图参数存入其中，任意一个参数的值按自己需求修改，可参考https://www.jianshu.com/p/bea374ce82b3

4.下载数据

将你需要的数据加入下图中的红框所示位置

然后将红框中所示文件下载到你解压GDC-client的路径（这里也不一定，后面用的时候把全路径写上也行，只是前面已将GDC-client加入环境变量了，下载到你解压GDC-client的路径可以直接用）

开始下载

 显示下载成功