Centos 6.5 下GBrowse 2.0安装（详细版）

最新推荐文章于 2021-01-20 22:43:18 发布

睡了皮皮虾

最新推荐文章于 2021-01-20 22:43:18 发布

阅读量1k

点赞数 1

分类专栏：随手记点文章标签： centos perl

本文链接：https://blog.csdn.net/bianenze/article/details/76636811

版权

随手记点专栏收录该内容

9 篇文章 0 订阅

订阅专栏

1.查看系统自带的perl版本

 perl -v

提示：This is perl, v5.10.1 (*) built for x86_64-linux-thread-multi
显然这个系统自带的perl版本较低，我们需要更换高版本的perl,因为如果用低级版本的perl后边加载的依赖也是低版本。
例如：
centos 7自带的perl 的DG模块是2.49,而GBrowse需要>=2.50。

2.卸载自带的 perl

 yum remove perl
 y 回车
 此时输入perl -v 发现no such file 表示卸载成功

3.安装新版本的perl

 下载地址：http://www.cpan.org/src/5.0/perl-5.26.0.tar.gz
 tar -zxvf perl-5.26.0.tar.gz
 cd perl-5.26.0
 ./Configure -des -Dusethreads -Dprefix=/usr/local/perl
 make
 make test
 make install
 //这三个命令要依次都执行而且在要在perl-5.26.0目录下
 //此过程较慢耐心等待
 完成后输入
 perl -v

出现提示：This is perl 5, version 26, subversion 0 (v5.26.0) built for x86_64-linux-thread-multi 表示成功！

4.安装git，下载项目程序

 因为要从github上获取项目资源，而系统默认没有装git
 输入 yum install git 一路y回车即可

输入：git clone git://github.com/GMOD/GBrowse.git 下载项目到当前路径下

5.安装cpan和依赖

 sudo yum -y install perl-CPAN 
 cpan -i Algorithm::Diff Class::Singleton DBI DBD::mysql Log::Dispatch Log::Log4perl    
 Mail::Send Net::Ping Proc::Daemon Time::HiRes Params::Validate Net::ARP

一路回车
又是个漫长的过程……
最后出现ok完成
下面很关键了：

先安装 yum install gd-devel     //这个一定要先安装,不然GD模块装不上
输入：cpan                      //进入cpan终端
输入：install GD Module::Build IO::String Capture::Tiny CGI::Session JSON JSON::Any 
libwww::perl DBD::SQLite File::NFSLock Net::SMTP::SSL Crypt::SSLeay Net::SSLeay 
Template::Toolkit Bio::Perl Bio::Graphics GD DBD::mysql GD::SVG DBI DBD::Pg 
Digest::MD5 Statistics::Descriptive Template

一路回车
依旧是个漫长的过程……
最后回到命令行，过程中有些模块可能缺少依赖没装上
输入exit退出
在GBrosers路径下
输入 perl Build.PL
这块很关键！！！
这块我们通过输出的信息可以看到哪些模块没有装上，还有哪些模块推荐安装
例如这是必须安装的：
这里写图片描述
这里发现利用cpan安装模块，这些没有装上，我们利用yum补全
首先安装
yum install perl-libwww-perl
yum install perl-CGI-Session
yum install perl-TermReadKey
最后剩一个Bio::Graphics
这个得在前三个装上以后再利用cpan安装
输入cpan
输入install Bio::Graphics
安装完，此时exit退出
再次输入 perl Build.PL
此时应该requires没有了
那么所有的准备工作基本要结束

6.安装GBrowse

 在GBrowse路径下
 输入
 ./Build test
 注意看它默认端口号是不是80，如果不是改成80（一般第一次都是默认80）
 然后回车即可
 在输入
 ./Build demo
 一路回车
 在输入
 ./Build install
 一路回车

最后我们看到
INSTALLATION COMPLETE
Load http://localhost/gbrowse2 for demo and documentation.
Visit the http://gmod.org for more information on setting up databases for users and custom tracks.

于是我们满心欢喜的去点开这个链接，最后发现无法连接
这是因为我们的apche服务没有开启
在终端输入
httpd -k start
然后打开链接即可
然后打开
http://your.host/cgi-bin/gb2/gbrowse/yeast (simple example)

如果发现错误(一般不会有吧……)
那么可能是在var/www/路径下的cgi-bin文件夹缺少
可以把/usr/local/apache/cgi-bin 直接考过了
ps:具体问题具体分析了

到此全部结束……

网上关于GBrowse的安装都是一样的，亲测没能成功，无奈之下自己摸索出来的，有什么问题还可以联系我。