Bowtie2生成linux的动态链接库.so文件

首先下载bowtie2的源码

https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2

选择source文件。

将下载好的源码解压

执行(centos6.5需要自行升级g++的版本)

g++ -O3 -m64 -msse2  -funroll-loops -g3 -DCOMPILER_OPTIONS="\"-O3 -m64 -msse2  -funroll-loops -g3 -DPOPCNT_CAPABILITY\"" -DPOPCNT_CAPABILITY -fno-strict-aliasing -DBOWTIE2_VERSION="\"`cat VERSION`\"" -DBUILD_HOST="\"`hostname`\"" -DBUILD_TIME="\"`date`\"" -DCOMPILER_VERSION="\"`g++ -v 2>&1 | tail -1`\"" -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_GNU_SOURCE  -DBOWTIE_MM  -DBOWTIE2 -DBOWTIE_64BIT_INDEX -DNDEBUG -Wall -I third_party -c bt2_search.cpp ccnt_lut.cpp ref_read.cpp alphabet.cpp shmem.cpp edit.cpp bt2_idx.cpp bt2_io.cpp bt2_util.cpp reference.cpp ds.cpp multikey_qsort.cpp limit.cpp random_source.cpp tinythread.cpp qual.cpp pat.cpp sam.cpp read_qseq.cpp aligner_seed_policy.cpp aligner_seed.cpp aligner_seed2.cpp aligner_sw.cpp aligner_sw_driver.cpp aligner_cache.cpp aligner_result.cpp ref_coord.cpp mask.cpp pe.cpp aln_sink.cpp dp_framer.cpp scoring.cpp presets.cpp unique.cpp simple_func.cpp random_util.cpp aligner_bt.cpp sse_util.cpp aligner_swsse.cpp outq.cpp aligner_swsse_loc_i16.cpp aligner_swsse_ee_i16.cpp aligner_swsse_loc_u8.cpp aligner_swsse_ee_u8.cpp aligner_driver.cpp bowtie_main.cpp -lpthread

然后将所有的.o文件 移动到tmp目录下

执行

g++ -Wl --gc-sections -fPIC -shared -lstdc++ -o libbowtie2.so tmp/*.o -lrt -lz

即可