【利用perl的基因数据处理】1.基础的的DNA文件读写和碱基特征统计

我尚且处于生物信息学的小白状态，前两天刚学习了perl的基础语法，之后通过对“Begin Perl for  Bioinformatics ”书籍的学习，将生物信息学的基础数据处理和perl语言的编程有了基础的知识框架和应用了解。

一下是在学习过程中对DNA的基本信息统计写的一串小代码,之后可能会将自己在学习过程中发现的一些实用小工具整合成pm包，方便以后使用：

use warnings;
use strict;

my $filename;
my @DNA;
my $DNA;

# main:read the DNA file
sub clean_data{
    $filename = <STDIN>;
    chomp $filename;
    unless(open(DNAFILE,$filename)){
        die "Can't read the file and I'm exiting!\n";
    }
    @DNA = <DNAFILE>;
    close DNAFILE;
    print "Have read the file sucessfully!\n";

    # modify the base sequence
    $DNA = join('',@DNA);
    $DNA =~ s/\s//g;
    return $DNA;
}
# the base number counter and percentage analysis
sub base_counter {
    my
    @DNA = split('',$DNA);
    my $count_of_A = 0;
    my $count_of_T = 0;
    my $count_of_C = 0;
    my $count_of_G