R语言实现多重插补法

>library(lattice) #调入函数包

 > library(MASS)

> library(nnet)

> library(mice) #前三个包是mice的基础

> library(openxlsx)#书写xlsx的包

>data <- read_excel("E://ACT.xlsx", sheet = 1)#读取数据

#插补数据，data是需要插补的数据集，m是插补5次，method使用的方法是pmm，seed是随机种子，print=FALSE是结果不打印

> imputed_Data <- mice(data, m=5, maxit = 50, method = 'pmm', seed = 500,print=FALSE)

#在fit时需要注意：lm是线性模型，result（结局变量），~之后的是自变量，自变量命名时不得有空格，“-”等特殊符号，这里需要将所有的自变量都纳入

> fit=with(imputed_Data,lm(result ~ age + nation + height + weight + BMI + BSA + classification +TNM +transfer + underlyingdisease + cycle + GCSF + therapyleukocyte + Hemoglobin + Platelet + Neutrophils + Whiteblood + Hemoglobinafter + Plateletafter + Neutrophilsafter + erythrocyte + HCT+ MCV + PDW + ALC + MONO + TBLT + DBLT + TP + ALB + AG + ALT + AST + BUN + SCR + UA + LDH + PT+ PTA + INR + FIB +APTT + DDimer + CEA + Ca125 + Ca153))

#将5次插补的数据进行整合后查看，如何选择插补后的数据集，我是根据AIC和BIC值进行选择的，两个越小越好，其实应该使用5次数据集整合的结果，但由于我需要数据进行下一步的分析

> summary(fit,type="glance")

> pooled<-pool(fit)#整和插补数据

> summary(pooled)#查看插补数据情况

> bwplot(impt)#画箱式图看插补的效果

> densityplot(impt)#画密度图，看插补后数据的分布

> stripplot(imputed_Data, col=c("grey",mdc(2)),pch=c(1,20)) #画插补后数据的点状图

> completeData <- complete(imputed_Data,5)#补全数据，此处的5表示选择第五次的插补数据进行补全

> write.xlsx(completeData, "E://completeData.xlsx", sheetName = "Sheet1", rowNames = FALSE)#将完整数据保存在指定的路径

• mice() 多重插补
• with() 分析完整数据集
• pool() 整合数据
• complete() 输出插补完的数据集
• imputed_Dat$imp #查看插补数据集
• install.packages("plm") #安装包
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