Conda的一些基础的操作

对于生信工作者，有一个方便可用的环境可以极大地方便我们开展分析，conda可以让我们在非root的情况下较为方便地切换不同的工作环境。对于conda的一些具体的介绍，可以从生信技能树的文章中学习。 我想写一个我自己觉得相对常用的一些知识，作为自己的总结。

传送门 阅读量过万的conda使用总结，跨越一年的更新

1 下载、安装、配置conda

对于日常工作来说，使用miniconda就足够，需要什么软件时再安装。由于国外的网络传输非常慢，我们可以从清华开源镜像网站下载。
目前已经更新到4.8.3版本，使用内置python3.8。我是用来安装到Linux环境下，所以下载完后直接sh *.sh，然后跟着提示走就好了。

2 创建以及激活环境（比如我们想要python2.7版本的环境）

##创建环境，指定python版本，以及可以预装一些需要的包。-n代表环境名称。
conda env create -n PY2.7 python=2.7 pandas numpy
##环境激活
conda activate PY2.7
##查看当前环境下安装的包
conda list -n PY2.7
##删除不想要的包
conda remove packages_name
##回到基本环境
conda deactivate

3 其他常用命令

##查看当前conda版本
conda --version
##查看环境
conda env list
##删除环境
conda env remove -n PY2.7
##升级conda
conda update --all -y
##定期清理下载的缓存文件
conda clean -a -y
##删除没用的包，会检查哪些包没有在包缓存中被硬依赖到其他地方并删除
conda clean -p
##打包压缩为tar压缩包，可以帮助节省空间
conda clean -t
##查看配置
conda config --show
##搜索包
conda search package
##安装特定版本的软件，conda会卸载已安装版本，然后重新安装指定版本。
conda install software=version

4 更换镜像源

为了让我们下载包更快一些，可以使用以下的操作切换清华镜像源(之前源失效了一段时间，不过还好又回来了)，将这些加入到了conda的~/.condarc文件中。此操作会将逐条新添加的源放在最前面，也就是最后添加的将在第一行。

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

当然，如果源失效了，也可以删除掉。如果想删除channels，conda config --remove channels 'defaults'

5 关于R的友情提醒

自己在配置好conda后，使用R，会提示缺少library，在我的报错中是缺少库文件 (之前忘了保存图了)。

libiconv.so.2:cannot open shared object file: No such file or directory

但是不在conda的环境下启动R就没事，使用 locate 整个服务器都没有发现类似的文件，这个时候需要使用conda安装libiconv才可以正常使用R。
之前搜索问题的时候，看到健明老师有过类似的问题，conda首次使用R会报错，不过我们缺少的库文件名称不一样。大家如果遇到类似的问题，可以安装库试试。

6 写在后面

总结这些常用的知识点除了给自己一个总结加深印象的过程，还就是想让大家参考下自己的做法。之前自己的环境管理确实比较的混乱，经常性运行程序也不知道程序是哪个地方的。对此，我的建议是，对于那种非root非常容易安装的，还是不要用conda安装，在后面使用相关工具时，可以用绝对路径也可以赋值给一个变量进行使用。当然，也可以写入环境变量，看个人习惯。对于那种需要特定环境的，比如不同版本的python，不同版本的R之类，则建议用conda来操作。

对于某个项目，可以建立对应的环境，以便以后可以重复相关的操作。有些用到的软件，大版本更新后是会有较大的改动的，这样不方便结果的复现。

如果感兴趣可以关注下公众号，慢慢记录下自己的积累，一点一滴，聚沙成塔！由于不同平台，部分内容形式可能不一样，能帮助到大家就好~