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RSS订阅原创 在线plotly绘制动态旭日图，展示复杂数据层次结构
旭日图，以环环相扣的视觉效果，清晰展现数据的层级关系。搭配Plotly的动态可视化技术，不仅让数据层次一目了然，更通过交互式操作，让用户轻松探索每个层级的详细信息，享受数据探索的乐趣。
2026-03-13 16:20:07
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原创 在线绘制带颜色标注的美国地图
地图可视化是一种将地理信息以图形、颜色等视觉元素呈现出来的技术，它可以帮助用户更直观地理解和分析空间数据。本文介绍了如何将连续数值或者分类数值以颜色的形式映射到美国地图上。
2026-03-13 15:51:43
348
原创 测序公司给的分析报告中为什么没有Ensembl GTF注释版本？
在做RNA-seq等测序分析时，通常会用到Ensembl的GTF基因注释文件，它有不同的版本。我们调研了十几家测序公司的报告，令人惊讶的是，在报告中明确说明GTF版本的公司几乎没有，甚至个别公司连基因组版本都没有明确说明。本文以human为例，比较了不同版本GTF所包含的基因情况，以帮助大家更好地理解基因注释的变化。
2026-03-12 17:06:03
274
原创 使用pathview在线渲染KEGG Pathway Map，给感兴趣的基因、化合物添加颜色
通过将用户提供的基因表达定量数据，化合物定量数据映射并渲染到相关的KEGG通路图上，能够帮助我们直观且系统地研究基因、酶、化合物间的关系。
2026-03-12 16:45:34
811
原创 在线绘制带颜色标注的大脑脑区图
大脑是人体最为复杂的器官之一，由多个功能特化的脑区构成。每个脑区承担着特定的生理和认知功能。通过应用定量数据映射技术，将数值以色彩编码的形式呈现于各个脑区，可以显著增强对不同脑区定量信息的视觉识别和理解。
2026-03-11 11:15:08
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原创 在线绘制带community的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图
分子相互作用网络图揭示了细胞内部分子间的复杂相互作用。通过识别网络中密集连接的节点所形成的社区（community），可以揭示它们之间以前未知的功能联系。这些社区可能代表了具有共同功能的功能模块，对于理解细胞生物学过程、疾病机制以及药物靶点的识别具有重要的科学和临床价值。
2026-03-11 11:08:38
504
原创 在线绘制cancer cell同款双向条形图展示富集结果
将上调和下调pathway富集结果以双向条形图的形式在一张图中展示，不仅优化了绘图空间，还通过对称布局增强了图片的美观性。
2026-03-10 14:49:17
413
原创 给热图矩形加个标注--在线绘制带任意文字、符号标注的热图
在聚类热图中，除了颜色编码外，添加文本信息可以提供更精确的数据解释。例如直接在热图的方块内标注p值显著性，从而使得数据的显著性水平一目了然，有助于研究者更快速、准确地理解数据背后的含义。
2026-03-10 13:53:38
321
原创 Fastq文件的Q30能达到100%吗？且看Cell文章的神操作
最近在进行ac4C-seq数据分析时，从GEO上下载了Cell文章“Acetylation of Cytidine in mRNA Promotes Translation Efficiency”的原始数据，发现GSM2724031这个原始文件的Q30竟然是100%。
2026-03-09 14:03:07
346
原创 在线绘制Nature Communication同款双X轴富集分析结果条形图+折线图
将上调和下调pathway富集结果以双向条形图的形式在一张图中展示，不仅优化了绘图空间，还通过对称布局增强了图片的美观性。
2026-03-09 11:59:29
727
原创 在线绘制Nature Communication同款双色、四色火山图，突出感兴趣的基因
火山图通常使用三种颜色分别表示显著上调，显著下调和不显著。通过为特定的数据点添加另一种颜色，可以创建双色或四色火山图，从而更直观地突出感兴趣的数据点。
2026-03-06 14:40:25
477
原创 在线绘制cell metabolism同款多组配对连线散点图
《Cell Metabolism》文章“A key role of PIEZO2 mechanosensitive ion channel in adipose sensory innervation”fig 2E的多组配对连线散点图展示了iWAT中5个感兴趣基因（Ucp1、Cidea、Fasn、Acacb、Adrb3）的相对表达水平。左侧灰色为Cre-组，右侧蓝色为Cre+组，共12个样品，每个样品以直线连接Cre-样品和Cre+样品。从图中可以直观地看出Cre+组的基因表达水平相对较高，并且显著（校正p
2026-03-06 14:18:28
336
原创 【项目文章】空间转录组揭秘EBV相关淋巴瘤微环境差异
EBV⁺ nTNKL 与 ENKTL 的肿瘤微环境在空间结构、细胞组成上究竟存在哪些本质差异？二者恶性细胞的增殖、代谢分子通路有何亚型特异性？细胞间的核心通讯信号通路是否不同？免疫微环境的活化状态差异是否是导致二者临床预后不同的关键原因？这些问题的解答，是实现两种淋巴瘤亚型精准分型、制定个体化治疗策略的关键。
2026-03-02 12:13:46
563
原创 在线绘制特殊形状（三角行，菱形，五边形，六边形，椭圆，圆形）聚类热图
当热图褪去方正的色块，化为一片星罗棋布的圆形矩阵，数据的呈现便瞬间轻盈而灵动。
2026-02-28 15:14:52
573
原创 在线绘制带分组的圆圈热图以展示数值变化
《广雅》有云：“玦（jué）如环，缺而不连”。让热图化身为首尾相望的圆环，在有限的空间里，让元素如星辰般环列延展。这是科学与美学的共舞：以“不完整”的形态，承载更完整的生物医学故事。
2026-02-28 15:09:19
492
原创 在线绘制单核苷酸多态性SNP密度图
《PLoS One》文章“Genome-wide association study of cassava starch paste properties”fig 2的SNP密度图展示了18条染色体1Mb区间内的SNP数。行是染色体，不同的颜色表示不同的SNP密度，灰色表示没有SNP，绿色表示密度较低，红色表示密度最高。从这张图可以直观地看出SNP的分布情况，为疾病研究提供思路。
2026-02-26 16:53:19
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原创 在线绘制单细胞测序scRNA-seq marker基因火山图
《Frontiers in Immunology》单细胞测序文章“Fibroblast growth factor receptor risk signature predicts patient prognosis and immunotherapy resistance in colorectal cancer”Fig1B的火山图展示了8种不同细胞类型中top5差异表达marker基因。
2026-02-26 16:28:21
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原创 在线绘制单细胞测序scRNA-seq marker基因火山图
《Frontiers in Immunology》单细胞测序文章“Fibroblast growth factor receptor risk signature predicts patient prognosis and immunotherapy resistance in colorectal cancer”Fig1B的火山图展示了8种不同细胞类型中top5差异表达marker基因。
2026-02-25 11:37:23
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原创 在线临床指标分类信息表转甜甜圈矩阵图
在临床研究中，临床指标分类信息表记录了患者的年龄、性别、肿瘤分期等关键信息。为了高效分析这些信息，可采用甜甜圈矩阵可视化方法。甜甜圈图中每个扇区代表该变量的一个类别。这种可视化方式能清晰呈现不同分类变量的分布和关联，便于快速识别数据中的模式和差异。
2026-02-25 10:43:21
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原创 代谢组数据上传攻略：手把手教你从零搞定Metabolomics Workbench！
还在为代谢组数据存储和共享发愁？本文为你带来最全上传指南——从注册账号、填写元数据，到数据上传、审核反馈，一步步教你获得专属DOI号，让数据可追溯、可引用！
2026-02-24 17:26:32
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原创 在线绘制Nature Communication同款两组数据交集venn+Bar组合图
将传统维恩图与条形占比图相结合，在展示集合关系的同时，直接呈现各部分的数量与比例，避免了读者的心算过程，提升了信息传达的效率和准确性。
2026-02-24 16:25:15
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原创 在线绘制染色体叠加密度和标记图
生物信息学数据分析的本质在于解决实际的生物学、医学问题。将诸如基因密度、标记基因等特征在染色体上进行可视化展示，能够帮助我们更直观地将分析结果与生物学意义联系起来。
2026-01-14 17:00:57
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原创 在线绘制Nature Communication同款p值渐变的富集分析结果条形图
《Nature Communication》文章Endothelial RAB5IF is required for pathological and developmental retinal angiogenesis. Fig 5B （左图）的渐变条形图展示了蛋白组中上调蛋白的显著富集条目。X轴是-log10(Pvalue)，Y轴是富集条目，条形颜色以-log10(Pvalue)进行映射。
2026-01-14 16:45:59
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原创 在线绘制Nature Biomedical Engineering同款基因排序图
基因排序点图是基因表达分析的可视化利器。它按基因倍数变化从大到小排序，清晰呈现表达差异显著的基因。结合颜色编码 p 值，可直观判断基因表达变化的统计学意义，助力高效筛选关键基因。
2025-12-18 15:46:27
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转载 在线绘制展示基因集交集细节的网络venn图
传统韦恩图宏观展示基因集间的重叠数量，却无法揭示具体基因。网络韦恩图将每个基因视为节点，通过其空间布局直观呈现共有与特有基因。它使研究者能够直接锁定关键候选基因，如驱动核心通路的具体成员，实现了从“有多少”到“是谁”的洞察深化。
2025-12-16 15:52:16
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转载 在线绘制展示两组学联合分析bar+dot图
水平条形图上叠加渐变散点，整合了 四个关键维度：基因列表（Y轴）、转录组倍数变化（条形长度）、表观组peak倍数变化（点位置）及其统计显著性（点颜色）。该设计通过整合两种组学数据，精准共定位协同变化的基因，为解析调控逻辑提供直观证据。
2025-12-16 15:16:48
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转载 JS网站广告屏蔽插件推荐
JS一直是我们学习知识的来源，上面有非常多的优秀博主和优秀文章。以前基本没有广告，最近确实被JS的广告烦（恶心）到了。本文推荐一款智能屏蔽广告插件。
2024-06-26 13:52:46
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转载 复现CELL文章图片，在线绘制scRNA-seq多个cluster的差异火山图
火山图表示两组间的差异，而在scRNA-seq中，同时会有多个cluster（vs其他cluster）的差异。如果用常规火山图展示，可能需要绘制十几个图。有没有更高效的展示方法呢？今天给大家带来CELL文章“A Spatiotemporal Organ-Wide Gene Expression and Cell Atlas of the Developing Human Heart”中展示scRNA-seq差异基因的多组火山图的绘制方法。
2024-06-26 13:27:36
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原创 还在单细胞测序？单核更出色
单细胞RNA-seq（single cell RNA-seq, scRNA-seq）是目前用于细胞类型、细胞状态研究的核心工具，很多实验室也同时围绕scRNA-seq技术建立了多种计算方法并且优化了建库方法，不同方法在如何鉴别分子的细胞来源和文库建立方面有所区别。scRNA-seq技术不断革新、升级的同时，随之产生的高分辨、高通量数据也助力发表了多项研究成果，以Human Cell Atlas (HCA)为代表的大型单细胞综合数据库也被建立，致力于在单细胞水平上绘制所有人类细胞转录组图谱，推动发展疾病的诊断
2022-07-21 15:05:57
1189
原创 2022年科技期刊最新影响因子在线查询
影响因子已经成为国际上通用的期刊评价指标，通俗地讲就是影响因子高的期刊，它的论文质量高，学术水平也高。因此，影响因子收获了大量粉丝，可以用来申请基金，评职称等等，总之只要你论文的影响因子高，你就能够在科研领域占据一席之地。...
2022-07-17 04:49:22
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原创 NCBI ORFfinder结果在线可视化
1，ORF简介开放阅读框（Open Reading Frame，ORF）从起始密码子开始，到终止密码子结束的连续碱基序列，具有蛋白质编码潜能。由于密码子（codon）读写起始位点的不同，mRNA序列可能按照6种ORF阅读和翻译。如图1所示，对于序列1，可以从A开始读，也可以从T开始读，也可以从G开始读，因此一条序列上就有3种读码方式。同样的，互补链上也有3种，共6种ORF阅读方式。理论上，6种读码框都有“开放”的可能，但是现实世界中，生物体一般会使用不多于2个“开放读码框”。图1. 6种读码框示意图2，NC
2022-07-12 16:38:39
2700
原创 circlize R包在线绘制圆形热图，bug修复版
热图是我们论文中非常常见的一款图，使用颜色的深浅来代表数值的大小，直观且优美，深受人们的喜爱，一般我们使用的热图是矩形形式，circlize R包大神给我们带来了环形热图，让人耳目一新，微生信后台利用该包绘制环形热图。...
2022-07-02 05:53:31
601
原创 GeneToList – 基因名转换（ID convertion）网络服务器
随着高通量组学技术的日益流行，处理它们所产生的数据集变得越来越困难，因此需要借助于编程语言或者在线服务器，将一个数据库中的基因名转换成另一个数据库中的基因名。
2022-06-22 14:13:17
1582
原创 ToxinPred – 多肽毒性预测、突变设计和理化性质预测
多肽是由多个氨基酸通过肽键连接形成的化合物，是生物体中普遍存在的小分子活性物质，它们作为激素、神经递质、生长因子等参与多种生命活动。近年来，人们对多肽的研究也日渐深入，例如抗菌肽具有广谱抗菌活性，可以快速杀灭革兰氏阳性菌，革兰氏阴性菌，真菌，寄生虫等。Cecropin类抗菌肽作用于细胞膜，可以形成跨膜离子通道，破坏细胞膜完整性，从而杀死细胞；抗癌肽（Anticancer peptides，ACPs）主要通过诱导细胞凋亡、破坏细胞的膜结构，改变细胞周围或细胞内pH以及增强免疫应答等多种机制来抑制癌细胞增殖。.
2022-06-20 07:05:35
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原创 染色体外环状DNA：肿瘤研究新方向
染色体外环状DNA（ecDNA）是癌症中活化原癌基因扩增的主要方式。区别于常染色体，这类生物大分子主要以环状的形式存在于细胞核当中，长度分布在103-106数量级，无中心粒。ecDNA序列中包含一个或者多个基因与调控元件，结构开放，转录活性强，相比于在棒状染色体结构基因，ecDNA的生物功能活性更强。癌症中，成环的基因区域拷贝数往往增高，而超过一半的高拷贝数事件是ecDNA驱动生成。...
2022-06-18 02:57:18
723
原创 piRNA-疾病研究最新综述 – 数据库、软件工具、webserver和计算模型
2022年6月7日发表在Briefings in Bioinformatics上的这篇综述为我们整理了39个piRNA特异性和非特异性数据库及生物信息学资源；并根据piRNA的功能，包括piRNA预测，转座元件和mRNA相关的piRNA预测，piRNA簇预测，特征检测，靶点预测和疾病相关性等对33种计算模型进行了回顾；深入分析了公共资源中的piRNA数据，它们对特定人类疾病的影响等。展示了目前piRNA研究的最新地图。...
2022-06-15 04:49:02
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