NCBI ORFfinder结果在线可视化

1，ORF简介

开放阅读框（Open Reading Frame，ORF）从起始密码子开始，到终止密码子结束的连续碱基序列，具有蛋白质编码潜能。由于密码子（codon）读写起始位点的不同，mRNA序列可能按照6种ORF阅读和翻译。如图1所示，对于序列1，可以从A开始读，也可以从T开始读，也可以从G开始读，因此一条序列上就有3种读码方式。同样的，互补链上也有3种，共6种ORF阅读方式。理论上，6种读码框都有“开放”的可能，但是现实世界中，生物体一般会使用不多于2个“开放读码框”。

图1. 6种读码框示意图

2，NCBI ORFfinder

ORF识别是确定哪种开放阅读框对应真正的多肽编码序列的过程。NCBI ORFfinder为最常用的ORF预测在线工具，使用也非常简单。

2.1，打开NCBI ORFfinder网站

在浏览器中输入网站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/