在ubuntu中更新cmake与curl

安装软件时,要求3.3及以上的cmake版本,而ubuntu的apt-get最多只能更新到3.1,所以尝试自己安装。同时也更新curl。


首先卸载原有的cmake和curl

$ sudo apt-get remove cmake
$ sudo apt-get remove curl
由于之后更新curl时需要openssl的支持,所以先安装此依赖库

sudo apt-get install libssl-dev

然后在官网下载curl源码包,解压进入后执行下列命令:

/CurlExtractFolder$ ./configure --with--ssl
/CurlExtractFolder$ make
/CurlExtractFolder$ sudo make install
安装完成后,可以通过 curl --version命令查看,当前curl是否支持https协议

然后在cmake源码包中执行下列指令

$ ./bootstrap --system-curl
$ make
$ sudo make install

make时报错找不到curses.h文件,补装这个库就行:

sudo apt-get install libncurses5-dev

完成安装


配置生信环境需要安装一些生信软件和依赖库,以下是在双系统Ubuntu22.04配置生信环境的具体步骤: 1. 安装基本的软件和依赖库 在终端输入以下命令安装基本软件和依赖库: ``` sudo apt-get update sudo apt-get install build-essential gcc-multilib aptitude cmake git wget curl unzip zlib1g-dev libncurses5-dev libbz2-dev liblzma-dev libcurl4-openssl-dev libssl-dev libxml2-dev libpng-dev libjpeg-dev libtiff-dev libcairo2-dev libxt-dev libx11-dev libgtk-3-dev libpq-dev libmysqlclient-dev libsqlite3-dev libhdf5-dev libbz2-1.0 liblzma5 libcurl4 libssl1.1 libxml2 libpng16-16 libjpeg-turbo8 libtiff5 libcairo2 libxt6 libx11-6 libgtk-3-0 libpq5 libmysqlclient21 libsqlite3-0 libhdf5-103 ``` 2. 安装生信软件 在终端输入以下命令安装生信软件: - 安装Samtools ``` sudo apt-get install samtools ``` - 安装Bedtools ``` sudo apt-get install bedtools ``` - 安装BWA ``` sudo apt-get install bwa ``` - 安装HISAT2 ``` sudo apt-get install hisat2 ``` - 安装STAR ``` sudo apt-get install star ``` - 安装StringTie ``` sudo apt-get install stringtie ``` - 安装RSEM ``` sudo apt-get install rsem ``` - 安装FeatureCounts ``` sudo apt-get install subread ``` 3. 安装conda 在终端输入以下命令安装conda: ``` wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ``` 安装过程需要按照提示进行设置。 4. 创建conda环境 在终端输入以下命令创建conda环境: ``` conda create -n myenv ``` 5. 启动conda环境 在终端输入以下命令启动conda环境: ``` conda activate myenv ``` 6. 安装Python和Python库 在conda环境输入以下命令安装Python和Python库: ``` conda install python=3.8 conda install pandas numpy matplotlib seaborn scipy scikit-learn jupyterlab ``` 7. 安装其他生信软件 在conda环境输入以下命令安装其他生信软件: - 安装GATK ``` conda install gatk4 ``` - 安装Picard ``` conda install picard ``` - 安装Trimmomatic ``` conda install trimmomatic ``` 配置生信环境的具体步骤因人而异,以上仅供参考。
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